The Galman Empire is destroyed but the planet Galmania is not, by a chance collision of galaxies. The Bolar Federation worlds including Planet Bolar are destroyed. The Yamato, back under the command of Captain Okita, encounters the planet Denguil too late to save its humanoid civilization from being flooded by the water planet Aquarius. The surviving Denguil, a warrior race who believe only the strong should survive, plan to use Aquarius to flood Earth and destroy humanity, in order to create a new home for their race.
L'avvicinarsi del pianeta acquatico Aquarius minaccia la Terra, che rischia di essere inondato e distrutto. Non si tratta però di una casualità: Aquarius è entrato in rotta di collisione con la Terra per via delle macchinazioni dei Dinguil, una malvagia razza aliena che ha perso la propria madre patria nello stesso modo. Per l'ennesima volta, l'unica speranza per la Terra è rappresentata dalla corazzata spaziale Yamato che dovrà deviare la rotta di Aquarius e scongiurare la collisione con la Terra.
西暦2203年、伝説の回遊水惑星・アクエリアスの接近により、銀河の彼方ディンギル星は水没する。辛うじて母星を脱出したディンギル帝国の総統・ルガールは、ワープによってアクエリアスを地球に急速接近させ、人類を水攻めで殲滅した後、地球へ移住する計画を立てる。ディンギル帝国軍の凶悪な秘密兵器・ハイパー放射ミサイルによって、為すすべもなく倒される地球防衛艦隊。この空前の危機に、復活した初代艦長沖田十三の下、宇宙戦艦ヤマトはアクエリアスへと旅立つ。ヤマト内部の波動エンジンを自爆させ、アクエリアスより立ち上る水柱を断ち切るために……。
Das Überleben der Menschheit steht auf dem Spiel: die Wasserwelt Aquarius bewegt sich auf die Erde zu - sie wird den Planeten bei ihrem Zusammentreffen mit demselben gänzlich überfluten. Drahtzieher hinter dieser neuerlichen Bedrohung sind die Dinguil, ein Alien-Volk, dessen eigener Heimatplanet eben jener Wasserwelt zum Opfer fiel. Die Crew der Yamato zieht aus, um die zerstörerische Kraft von Aquarius aufzuhalten …
