「ケロロ小隊 絶好調！ であります」ケロロは小隊の隊歌を作り、音楽で地球侵略を目論む。そして、学校の放送室をジャックしたケロロは、隊歌を流そうとするが…。 「ケロロ小隊 大共鳴！ であります」共鳴コンクールの記事を見つけたケロロ。優勝すれば侵略予算アップという特典に目がくらんだケロロは…。
夏美夢到了一支奇怪的歌，同時，Keroro小隊制定了侵略藍星的新計劃，而第一個目標就是...吉祥學園？？？ 用完了預算的Keroro小隊希望能在K隆星共鳴大賽中獲得獎金，於是努力訓練。可是，共鳴好像還有其他的作用？
