On a walk home, Keroro and Fuyuki stumble upon a hidden shrine. Upon exploring it, they end up causing damage to a shining orb within it. That night, Keroro finds a large X on his face, which causes him considerable distraught. The next morning, a breaking news story shows that the X has spread to more than just Keroro, giving the people of Tokyo telepathic abilities, including the Hinata household and the Keroro Platoon. The Pekoponians seem to think this is a great gift, but the mark may actually be part of a Pekopon invasion older than time itself.
우주에서 지구를 침략하러 온 케론별의 케로로 중사와 4명의 부하는 어느새 지구에서의 생활을 즐기고 있다. ‘우주’네 집에 얹혀살면서 몰래 침략의 기회를 엿보고 있어야 할 케로로는 장남인 ‘우주’와 사이가 좋아져서 오늘도 둘이 함께 너무나 좋아하는 건담 프라모델을 사러 나갔다가 돌아오는 길에 신비한 사당을 발견한다. 그리고 사당 안에 들어간 두 사람은 그곳에 놓여있던 단지를 깨고 만다.
그런데, 다음 날부터 거리에는 이변이 일어나기 시작해 사람은 큰 혼란에 빠진다. 실은 케로로와 우주가 깬 단지에는 태고부터 전해내려 온 케론별의 최종병기 키루루가 봉인되어 있었던 것이었다. 이대로 놔두면 지구는 멸망해버리고 만다! 바로 그 때 키루루의 비밀을 쥔 수수께끼의 케론별인 미라라가 나타나 지구를 구하는 유일한 수단을 알려주지만….
과연 케로로 소대는 지구를 지킬 것인가, 공격할 것인가? ‘우주’와의 우정은? 그리고 지구의 운명은?
某日，感情融洽的冬樹與Keroro一起外出購買鋼普拉。不料在回家的路上，誤闖一間神秘小廟。冬樹對這個古文明遺址感到興奮不已的同時，Keroro卻不小心打破了一個壺狀物體。頓時萌生不祥預感的兩人，匆促慌張地掉頭跑回家。不久，Keroro和冬樹臉上浮現「╳」印記。隨著時間流逝，週遭的人們也開始在臉上浮現「╳」印記。這些有印記的人，彷彿擁有念力，能夠隨心所欲地讓其他人也浮現「╳」印記。這項不可思議卻很方便的能力深受人類喜愛，轉眼間就擴散開來。
這時候，現身的外星人Mirara表示，「╳」印記是一個名為Kiruru的古代武器，它會吸收人類的負面能量，毀滅地球。但是由於「╳」印記並未帶來不好的影響，冬樹和Keroro小隊並未將這句話放在心上。稍後，Kiruru開始巨大化，「╳」印記也開始散播負面能量。人類對此感到恐慌，進而不相信身邊任何人。於是Keroro打算利用這股念力，展開侵略地球大作戰。
吸收人類負面能量的Kiruru，體型逐漸變得巨大，並且開始破壞街道。對這一切感到無力的人類，只能眼睜睜的看著一切被破壞殆盡。這樣下去，人類是否會滅亡呢？
