On a walk home, Keroro and Fuyuki stumble upon a hidden shrine. Upon exploring it, they end up causing damage to a shining orb within it. That night, Keroro finds a large X on his face, which causes him considerable distraught. The next morning, a breaking news story shows that the X has spread to more than just Keroro, giving the people of Tokyo telepathic abilities, including the Hinata household and the Keroro Platoon. The Pekoponians seem to think this is a great gift, but the mark may actually be part of a Pekopon invasion older than time itself.
우주에서 지구를 침략하러 온 케론별의 케로로 중사와 4명의 부하는 어느새 지구에서의 생활을 즐기고 있다. ‘우주’네 집에 얹혀살면서 몰래 침략의 기회를 엿보고 있어야 할 케로로는 장남인 ‘우주’와 사이가 좋아져서 오늘도 둘이 함께 너무나 좋아하는 건담 프라모델을 사러 나갔다가 돌아오는 길에 신비한 사당을 발견한다. 그리고 사당 안에 들어간 두 사람은 그곳에 놓여있던 단지를 깨고 만다.
그런데, 다음 날부터 거리에는 이변이 일어나기 시작해 사람은 큰 혼란에 빠진다. 실은 케로로와 우주가 깬 단지에는 태고부터 전해내려 온 케론별의 최종병기 키루루가 봉인되어 있었던 것이었다. 이대로 놔두면 지구는 멸망해버리고 만다! 바로 그 때 키루루의 비밀을 쥔 수수께끼의 케론별인 미라라가 나타나 지구를 구하는 유일한 수단을 알려주지만….
과연 케로로 소대는 지구를 지킬 것인가, 공격할 것인가? ‘우주’와의 우정은? 그리고 지구의 운명은?
某日，感情融洽的冬樹與Keroro一起外出購買鋼普拉。不料在回家的路上，誤闖一間神秘小廟。冬樹對這個古文明遺址感到興奮不已的同時，Keroro卻不小心打破了一個壺狀物體。頓時萌生不祥預感的兩人，匆促慌張地掉頭跑回家。不久，Keroro和冬樹臉上浮現「╳」印記。隨著時間流逝，週遭的人們也開始在臉上浮現「╳」印記。這些有印記的人，彷彿擁有念力，能夠隨心所欲地讓其他人也浮現「╳」印記。這項不可思議卻很方便的能力深受人類喜愛，轉眼間就擴散開來。
這時候，現身的外星人Mirara表示，「╳」印記是一個名為Kiruru的古代武器，它會吸收人類的負面能量，毀滅地球。但是由於「╳」印記並未帶來不好的影響，冬樹和Keroro小隊並未將這句話放在心上。稍後，Kiruru開始巨大化，「╳」印記也開始散播負面能量。人類對此感到恐慌，進而不相信身邊任何人。於是Keroro打算利用這股念力，展開侵略地球大作戰。
吸收人類負面能量的Kiruru，體型逐漸變得巨大，並且開始破壞街道。對這一切感到無力的人類，只能眼睜睜的看著一切被破壞殆盡。這樣下去，人類是否會滅亡呢？
Возвращаясь домой, Кероро и Фуюки наталкиваются на скрытое святилище. Исследуя его, они случайно повреждают сияющий шар внутри. Ночью Кероро обнаруживает большую букву X на своем лице, что вызывает у него значительное беспокойство. Утром в новостях сообщают, что X распространился не только на Кероро, но и на других жителей Токио, наделив их телепатическими способностями, включая семью Хината и отряд Кероро. Пекопонцы считают это великим даром, но этот знак может оказаться частью вторжения Пекопонов, которое старше времени самого себя.
De camino a casa, Keroro y Fuyuki se topan con un santuario escondido. Al explorarlo, acaban dañando un orbe brillante que había en su interior. Esa noche, Keroro descubre una gran X en la cara, lo que le causa una gran angustia. A la mañana siguiente, una noticia de última hora revela que la X se ha extendido más allá de Keroro, otorgando a los habitantes de Tokio habilidades telepáticas, incluidos los miembros de la familia Hinata y el Pelotón de Keroro. Los pekoponianos parecen pensar que se trata de un gran regalo, pero la marca podría ser, en realidad, parte de una invasión pekoponiana más antigua que el tiempo mismo.
