新たなる使徒の迎撃に出撃したレイは、肉体と精神を侵食されてしまう。その救出のため、ゲンドウは委員会の凍結命令を破り、初号機を起動させた。しかし、シンジもまた使徒によって侵食されそうになった。その時、レイは自分自身の意志によって、ある決断をする。
Asuka sinks into deep depression after Arael's mental probing, and is unable to pilot when the new Angel Armisael arrives. Armisael begins physically fusing with Eva-00 and threatens to do the same to Eva-01, prompting Rei to sacrifice herself to save Shinji, only to appear alive soon afterwards. Under threat by Misato, Ritsuko opens the door to a room in Terminal Dogma to reveal the dark truth about Rei Ayanami.
Ein neuer Engel ist erschienen. Unklassifizierbar für NERV schickt man Rei mit EVA-00, um den Engel zu bekämpfen. Doch anstelle den Kampf aufzunehmen, verschmilzt der Engel mit Rei und EVA-00. Als Shinji mit EVA-01 Rei zu retten versucht, löst Rei die Selbstzerstörung von EVA-00 aus...
