異常なまでのシンクロ率の低下を一番深刻に受け止めているのはアスカ自身だった。彼女の頭にフラッシュバックする幼き日の残酷なる記憶。自分の存在意義を賭し、使徒迎撃に出撃するアスカ。しかし、沈黙したままの弐号機に、そのプライドは完全に打ち砕かれる。
Asuka's synch rate is on a downward spiral after her defeat at the hands of the Fourteenth Angel, Zeruel, and her frustration with Rei, Shinji, Misato and (unknown to her, dead) Kaji is on the rise. Angrier and more disturbed than ever, she is forced to relive her dark, traumatic past during the encounter with the Fifteenth Angel, Arael.
Mehr und mehr löst Shinjis Welt sich in Bruchstücke auf. Asuka hasst ihn, Misato lebt am Rande der Verzweiflung, Rei ist kalt und gefühllos wie immer. Aber Shinji ist nicht der einzige mit Problemen, Asukas Synchronisation mit ihrem EVA wird zusehends schlechter, und als ein neuer Engel angreift, kann sie ihn nicht besiegen. Der Engel verbindet sich mit Asukas Seele und beginnt sie zu durchsuchen, all die verhassten Erinnerungen zu finden, die Asuka verdrängen wollte. Da EVA-01 noch nicht eingesetzt werden kann, bleibt NERV nur EVA-00 übrig, um den Engel mit einer Waffe zu vernichten, die niemals eingesetzt werden dürfte...