父の真意を確かめにプラントへ帰還したアスラン。この戦いの真意を父に問いただすが、愕然とする言葉を聞く。一方、ラクスは行動を起こすことを決意。
Athrun returns to the PLANTs on a shuttle to speak to his father, but he is arrested. Lacus and (the presumed killed in action) Andrew Waltfeld join forces, stealing the ZAFT support ship Eternal and rescuing Athrun. They join forces with the Archangel and the Kusanagi thus forming the Three Ships Alliance.
Athrun wird nach einem Gespräch mit seinem Vater des Hochverrats beschuldigt und inhaftiert. Zur gleichen Zeit übernimmt ein Totgeglaubter das Kammando über die Eternal, dem Trägerschiff des Justice und des Freedoms.
Alors que le Kusanagi et l'Archangel se dirigent vers la colonie spatiale abandonnée Mendel, Asran décide de se rendre sur les PLANT afin de confronter son père. Les retrouvailles entre le nouveau président et son fils sont pour le moins houleuses.