The Minerva crew investigates the Lodonia Laboratory and learns the secret behind the EA's "Living CPU's." After hearing her "trigger," Stellar rushes off in Gaia to protect the lab, her birthplace.
ZAFT et l’équipage du Minerva prennent d’assaut le laboratoire de Lodonia, suite à la découverte de Shinn et Rey. Ils découvriront la terrible vérité derrière les origines des Évolués de l’Alliance.
L'equipaggio di Minerva indaga il laboratorio di Lodonia e scopre il segreto dietro le "CPU viventi" di EA. Dopo aver ascoltato il suo "grilletto", Stellar si precipita a Gaia per proteggere il laboratorio, la sua città natale.
ラクスを暗殺されかけたキラたちから見れば、デュランダルやザフトは確かに疑わしい。しかし、それでもデュランダルを信じるアスランは、キラとカガリにオーブの戦争参入自体を止めさせるよう言い残すと、ミネルバへ帰還した。事情がどうあれ、ハイネの死の原因がキラにある以上、今のアスランにはキラの言う奇麗事が許せなかったのだ。
一方、シンの緊急連絡を受けたミネルバは、急遽調査中の施設へ向かっていた。失調したレイを収容後、改めて施設内を調査したシンたちは、奇妙な実験機器の数々と、研究員らしき人々や子供たちの死体を発見する。そこは、地球連合が強化人間を極秘開発していたラボだったのだ。子供たちが実験体として扱われていたのを知り、シンは怒りに震える。
その頃、ミネルバがラボを調査しているとの報告が、ネオの元へ届いていた。己の古巣の危機を知ったアウルは、恐行状態に。アウルの発した「死」という言葉をきっかけに暴走したステラは、ガイアを駆って単身ラボへと向かう。シンとアスランは、突然単独で現れたガイアを迎撃。ようやく捕えたパイロットがステラだったと知り、シンは驚愕するのだった。
虽然自己对基拉所说的那些事情也不甚清楚，但阿斯兰仍然在基拉面前一心为杜朗达尔议长辩护，并拒绝了卡嘉莉让其回奥布或大天使号的请求。由于立场的不同，双方最终还是只能黯然分道扬镳…… 真带着雷撤出罗德尼亚研究所之后迅速向塔丽亚做了汇报。由于雷的异常状况，ZAFT军开始对这个研究所进行全面的清查，发现这里竟然是联合的强化人研究所。 而罗德尼亚研究所其实也是奥尔等人接受培养的地方。在收到研究所被ZAFT军占据的消息后，受到奥尔无意识语言刺激的史黛拉驾驶盖娅高达强行出击，前往罗德尼亚研究所。 面对盖娅高达的来犯，阿斯兰和真一同出击迎敌。在击坠盖娅高达之后，真发现对方的驾驶员竟然就是自己在海边相遇的少女……
