With Milliaria's help, Athrun is able to meet up with Kira and Cagalli to discuss recent events.
Perturbé par l’intervention de l’Archangel qui aura coûté la vie à Heine, Asran décide de prendre contact avec le vaisseau et demandera pour cela l’aide de Miriallia. Par ailleurs, Shinn et Rey doivent inspecter un laboratoire désaffecté.
Con l'aiuto di Milliaria, Athrun è in grado di incontrare Kira e Cagalli per discutere degli eventi recenti.
ダーダネルスでの攻防戦において甚大なダメージを受けたミネルバは、マルマラ海の港で修理・補給作業に入っていた。シンが、ハイネの死の原因を作ったフリーダムとアークエンジェルに怒りをあらわにする一方で、アスランはキラたちが戦場へ出てきた真意を直接問い質そうと、決意していた。彼はミネルバから離れることをタリアに告げると、セイバーを駆ってアークエンジェルの行方を追う。
手掛かりを掴もうと、とある町を訪れるアスラン。そこで彼は、アークエンジェルの元クルーで報道カメラマンのミリアリアと、偶然再会した。彼女は、アスランのためにアークエンジェルとコンタクトを取ってくれると言うが……そんな二人の動向を、ルナマリアが密かに監視していた。
その頃、別命を受けたシンとレイは、破棄された地球連合側の研究施設の調査へ向かっていた。ところが建物の中を調査中に、レイが原因不明の変調を来たしてしまう。
一方、アスランはついにキラやカガリと再会を果たしていた。が、これまでに見聞きしてたものが全く異なる以上、彼らの想いはすれ違うばかり。キラは、ラクスがコーディネイターの一団に暗殺されかかったことを語り、アスランを動揺させる。
密涅瓦号进入马尔马拉海的塔尔基乌斯海港休整。在送走海涅的遗物之后，真发泄了对自由高达和大天使号的不满和愤怒。阿斯兰对基拉的作法也十分不解，想与他们进行交流沟通，因此在向塔丽亚做了汇报之后，开始去寻找大天使号的去向。 在路上，阿斯兰碰巧遇见了米丽雅莉亚。已经成为战地记者的米丽雅莉亚曾亲自旁观了密涅瓦号在黑海地区的战斗。在阿斯兰的拜托下，米丽雅莉亚联系上了大天使号。 与此同时，大天使号上的众人也在为未知的前途而担心。接到米丽雅莉亚的消息之后，基拉决定仅由自己和卡嘉莉两人与阿斯兰会面。 曾经的好友终于再度重逢，但彼此的方向却再也不同。阿斯兰站在PLANT的立场上对基拉干涉战争的作法加以指责；但他也无法解释假拉克丝的存在，以及目前仍不清楚的暗杀拉克丝事件。而跟踪阿斯兰而来的露娜玛丽亚在窃听到这些机密之后也是十分惊讶。 另一方面，接受秘密任务的真和雷两人来到一处貌似已被废弃的研究所进行调查。在进入内部之后，看到眼前的景象的雷失控了……
