科学省を訪れる熱斗とメイル。科学省では、熱斗の父・光裕一朗博士を中心に、ネットナビの三次元化の研究を行っていた。 新しく開発した、オペレーターとネットナビの融合（クロスフュージョン）を可能にするシンクロチップを使って、ディメンショナルエリアという特殊な空間にネットナビを疑似物質化する実験だ。実験が成功すれば、いつか自分たちも融合出来る…？と期待の目で実験を見守る熱斗とロックマン。 「クロスフュージョン！」の掛け声で、PETにシンクロチップを挿入する実験要員。 しかしネットナビと融合したのは一瞬で、すぐに分離してしまった！実験結果にがっかりの熱斗であったが、その直後科学省のメインコンピューターに大量のウィルスが侵入！破壊活動を開始するウィルス達に対し「俺たちの出番だ！」と立ち向かう熱斗であったが…。
| Name | First Aired | Runtime | Image | |
|---|---|---|---|---|
| S02E01 | クロスフュージョン！ |
October 4, 2003
The WB
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| S02E02 | ネットシティ消滅！ |
October 11, 2003
The WB
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25 | |
| S02E03 | ジャバジャバやばい水の泡！ |
October 18, 2003
The WB
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25 | |
| S02E04 | ソウルユニゾン！ |
October 25, 2003
The WB
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25 | |
| S02E05 | メタル温泉アッチッチ！ |
November 1, 2003
The WB
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25 | |
| S02E06 | 最も危険な球技！ |
November 8, 2003
The WB
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| S02E07 | 電子の花園！ |
November 15, 2003
The WB
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25 | |
| S02E08 | 鏡のなかの友情 |
November 22, 2003
The WB
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| S02E09 | 帰ってきたデカオ |
November 29, 2003
The WB
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25 | |
| S02E10 | ダークチップの脅威 |
December 6, 2003
The WB
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25 | |
| S02E11 | 金庫破りをやっつけろ！ |
December 13, 2003
The WB
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25 | |
| S02E12 | 鋼鉄のスナイパー |
December 20, 2003
The WB
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25 | |
| S02E13 | クロスフュージョン消滅！ |
December 27, 2003
The WB
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25 | |
| S02E14 | 盗まれたプリンセス |
January 4, 2004
The WB
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25 | |
| S02E15 | 超人ガッツ！ |
January 17, 2004
The WB
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25 | |
| S02E16 | カワイイ！悪魔？ |
January 24, 2004
The WB
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25 | |
| S02E17 | 強襲ビーストマン！ |
January 31, 2004
The WB
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25 | |
| S02E18 | ャーロから来た男 |
February 7, 2004
The WB
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25 | |
| S02E19 | サーチソウル！ |
February 14, 2004
The WB
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25 | |
| S02E20 | ダークチップをよこせ！ |
February 21, 2004
The WB
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25 | |
| S02E21 | シェードマンの野望 |
February 28, 2004
The WB
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25 | |
| S02E22 | バブルマンの友達大作戦 |
March 6, 2004
The WB
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25 | |
| S02E23 | 戦慄の超エネルギー |
March 13, 2004
The WB
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| S02E24 | 灼熱マグマの戦い |
March 20, 2004
The WB
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| S02E25 | ビデオマン、リターンズ！ |
March 27, 2004
The WB
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| S02E26 | 青き炎の記憶 |
April 3, 2004
The WB
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| S02E27 | 決戦！ネビュラ基地 |
April 10, 2004
The WB
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25 | |
| S02E28 | 揺れる心 |
April 17, 2004
The WB
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| S02E29 | 炎山ＶＳブルース |
April 24, 2004
The WB
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| S02E30 | ラブラブアクアマン |
May 1, 2004
The WB
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25 | |
| S02E31 | 衛星からの物体J（ｼﾞｬﾝｸﾏﾝ） |
May 8, 2004
The WB
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25 | |
| S02E32 | 復活！ビーフ司令 |
May 15, 2004
The WB
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25 | |
| S02E33 | クロスフュージョン０号 |
May 22, 2004
The WB
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25 | |
| S02E34 | 指名手配はプリズマン |
May 29, 2004
The WB
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25 | |
| S02E35 | ネビュラ大侵攻！ |
June 5, 2004
The WB
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25 | |
| S02E36 | 完成！ 新型ＰＥＴ！ |
June 12, 2004
The WB
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25 | |
| S02E37 | 謎の覆面ナビ |
June 19, 2004
The WB
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| S02E38 | 飛んでシーサーアイランド |
June 26, 2004
The WB
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| S02E39 | 列車でGO to hell!？ |
July 3, 2004
The WB
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| S02E40 | 地の底の英雄 |
July 10, 2004
The WB
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| S02E41 | アレグロ |
July 17, 2004
The WB
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| S02E42 | メイルの初デート |
July 24, 2004
The WB
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| S02E43 | コマとマゴ |
July 31, 2004
The WB
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| S02E44 | 夏休みの恐怖 |
August 7, 2004
The WB
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| S02E45 | ラッシュの家出 |
August 14, 2004
The WB
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| S02E46 | ネット警察大攻防戦！ |
August 21, 2004
The WB
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| S02E47 | 宇宙からのメッセージ |
August 28, 2004
The WB
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| S02E48 | まりことゆりこ |
September 4, 2004
The WB
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| S02E49 | さらば ブルース |
September 11, 2004
The WB
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| S02E50 | ダーク対ダークの決戦 |
September 18, 2004
The WB
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| S02E51 |
光とどく場所
season finale
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September 25, 2004
The WB
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