Lan, Maylu and Chisao visit the Sci-Labs and witness Dr. Hikari's latest experiment in Dimensional Area technology—CrossFusion, the merger of a NetOp with his/her NetNavi, but the CrossFusion makes a NetOp lose his strength. However, the laboratory is attacked by real-world viruses and the Darkloid NetNavi SavageMan. Lan has no choice but to perform CrossFusion himself and stop SavageMan. After beating SavageMan, Lan suddenly passes out.
Lan, Maylu e Chisao, visitando il laboratorio del Dr. Hikari, scoprono il suo ultimo esperimento: la fusione incrociata! Un nuovo chip che permette a un Net-Operatore e al suo NetNavi di fondersi all'interno di specifiche aree a realtà aumentata nel mondo reale.
Durante gli esperimenti, il laboratorio viene attaccato da virus guidati da SavageMan che, dopo uno scontro con Megaman e Roll, riesce ad arrivare nel mondo reale. A questo punto Lan e Megaman non hanno altra scelta, se non quella di compiere loro stessi la fusione incrociata!
