一年生ながら、箱庭学園の生徒会長に就任した黒神めだか。 選挙戦における公約だった「目安箱」に投書された第一号の依頼は、 「剣道場を溜まり場にしている不良たちを追い出してください」 というものだった。 生徒会を執行すべく、幼なじみの善吉と共にめだかは剣道場へ向かうが？
目安箱に、新たな投書が届いた。 有明先輩からの依頼は、 レギュラー争いが激しい陸上部内にいるいやがらせの犯人を突きとめる事だった。 めだかの推理力に呆れながらも、善吉は生徒会を執行すべく、不知火の情報を もとに二人で放課後の運動場へ赴くのだが？
連日、格闘技系の部活に体験入部を繰り返す善吉は、「生徒会の部活荒らし」 と噂されていた。 そんな中、鹿屋先輩から「黒神めだか襲撃計画」の誘いを受ける。 その計画を聞いていためだかは、 「下克上を受けて立つのも、王の務めだ！」 というのだが、善吉の行動は？
柔道部部長の鍋島猫美から、阿久根高貴と善吉を取り替えっこしよう！という 申し出を受けるめだか。 はたして、善吉は特待生の阿久根に柔道で勝てるのか？ 「人吉善吉、私は貴様に負けるなとは言わん。しかし、逃げることは許さんぞ！」
各部から集まる部費予算増額の陳情書の数々。 そんな折り、目安箱に「新設された50メートルプール」を活用した学校行事の 開催リクエストが届く。 生徒会は、部費の増額予算総取りをかけて「部活動対抗水中運動会」を 執行する。生徒会執行部に立ちはだかる「競泳部」トビウオ三人衆の実力とは？
恐るべき能力を見せたトビウオ三人衆。 増額部費争奪！「部活動対抗水中運動会」は第二種目以降へと続く。 各部の意地とプライドが絡むなか、生徒会執行部VSトビウオ三人衆の対決の 行方は？
競泳部との兼任を条件に、一年十一組所属の喜界島もがなは生徒会執行部 の会計に就任した。 喜界島の会計就任初日に、善吉と二人きりの生徒会室に流れる気まずい空気。 お互い、この重い空気を打破しようとする中、不知火の乱入により、善吉＆喜界島 の二人に更なる試練が襲いかかるのだが？
生徒会執行部前に現れた、箱庭学園の治安維持を守る風紀委員会の鬼瀬針金。 鬼瀬は、生徒会のメンバーへ対して服装の乱れを指摘するも、めだかとは面白い ほど会話がかみ合わない。 そんな鬼瀬は、一つの秘策を思いつく。 はたして、鬼瀬とめだかの対決の行方は？
風紀委員会委員長、雲仙冥利が動き出した。 若干９歳にして、十三組に選抜された雲仙は、めだかの 「上から目線性善説」と対極の「見下し性悪説」を持つモンスターチャイルド。 そんな雲仙は、オーケストラ部への苦情を処理する為、音楽室に 赴くめだかとついに対峙するのだが？
そっくりだが相容れない、黒神めだかと雲仙冥利。 生徒会室で繰り広げられる二人の戦いの最中、 「黒神めだかの真骨頂その④」 が発動する。 雲仙風紀委員長の前に立ちはだかる、「乱神モード」のめだかとは？
箱庭学園校舎を破壊しながら続くめだかと雲仙の戦い。 善吉、阿久根、喜界島の三人は、その戦いを見守ることしかできない。 善吉は、二人に問いかける。 「あいつにこれ以上巻き込まれたくないんだったら、あいつの言うとおり 確かに今が生徒会の辞め時だ」 その言葉に驚く、阿久根と喜界島二人の決断は？
風紀委員長・雲仙冥利との戦いに辛勝しためだかは、向かった病院でそのまま入院することになった。 そんな中、目安箱に将棋部の新部長・餅原沙小枝より、新たな投書があった。 生徒会長・黒神めだか不在の3人で、無事に生徒会を執行する事が出来るのか？
目安箱に投書された一通の封筒を手にする黒神めだか。差出人は、箱庭学園理事長の不知火袴だった。 「雲仙君は、風紀委員とは別に、私の主催するプロジェクトに参加してくれていましてね。しばらく静養する彼の代役を、黒神さんに務めて頂きたいのです。」 怪しく微笑む不知火袴より依頼されるプロジェクト“フラスコ計画”とは？
突如、現れた都城王土。彼の言葉に跪いてしまう善吉・・・。 そこにやって来ためだかは、王土より投書を渡される。 王土の誘いを受けるべく、めだかは自身のバージョンアップを決意する。 箱庭学園の旧校舎“軍艦塔・ゴーストバベル“でめだか達を待ち受ける人物とは？
目安箱から溢れる投書の数々、全て十三組がらみの内容であった。 雲仙の負傷により、大きく動き始める“フラスコ計画”。 「それでは！目安箱への投書に基づき、生徒会を執行する！！」阿久根と喜界島を残し、時計台へと向かうめだかと善吉。 二人を待ち受けるのは？
めだかと喜界島の機転により、迷宮を進む生徒会のメンバー達。 そこへ現れた一人の男が“フラスコ計画”の研究成果をまとめたという、ＵＳＢメモリを見せつける。 「俺はサーティン・パーティ最強の男！高千穂仕種だ！」 めだか達“生徒会“と“十三組の十三人”の戦いの火蓋が切られた。
時計台内の地下二階に辿り着いた生徒会一行の前に、日本庭園が広がる。 迷宮に続く実験施設で待ち構える、新たな“十三組の十三人”の一人、宗像形。 「僕は誰を殺せばいい？」 物腰こそ穏やかだか、アブノーマルさを滲ませる宗像の相手とは？
地下二階を突破した、生徒会と真黒達の前に現われた動物の檻の数々。 めだかと喜界島の女子二人が、動物を巡り喧嘩をする裏で、阿久根は一人捜索を進める。 「やっほー高貴くん。ちょっくら俺とトークしよーぜ」 元クラスメイトの名瀬夭歌と、その親友の古賀いたみが、阿久根の背後に迫る。
“フラスコ計画”の続行を宣言した名瀬夭歌こと黒神くじら。 そこに現れためだかは、くじらと六年ぶりの再会を果たす。 真黒、くじら、めだか。三人の思いが交差する中、めだかはくじらの策略により記憶をなくしてしまう。 「ところで、ここはどこで、私は誰で、何のために生まれてきた？」 記憶を失いながらも、現状を把握しためだかは、古賀に戦いを挑むのだが？
行橋未造の催眠ガスで、倒れていく生徒会のメンバー達。 その中で、一人立ち上がったのは喜界島もがなだった。 彼女は完璧超人のめだかを、唯一普通の女の子として見てきた。 「だから私は、絶対にあなたたちをゆるさないんだもん。」喜界島は、めだかへの強い想いと意思を、行橋へとぶつける。
完全復活した黒神めだか。 「“フラスコ計画を今日中に叩き潰す！“確か私はそんな志を胸に抱いて、この地の底までやってきたはずだ！」決意も新たに、打倒“フラスコ計画”を宣言するめだかを、王土はその最深部へと、自ら案内する。 “生徒会”めだかと、“十三組の十三人”王土による、最後の戦いが、今、始まる。
