The film is a direct sequel to the film Mahou Shoujo Lyrical Nanoha Reflection. Iris, who betrayed Kyrie, now controls Yuri after freeing her from the crystal that imprisoned her. The two fighters largely dominate the Temporal Administration Bureau, but the three key souls, Dearche, Stern and Levi feel a strange connection with young Yuri. Nanoha and they will try to discover more in order to free her from Iris's grip, also with the hope of reasoning with the latter.
惑星エルトリアからの来訪者、キリエ・フローリアン。
死に瀕した父親と故郷を救うため、
地球に存在する「永遠結晶」を求めたキリエだったが
その旅は同行者「イリス」が
キリエを利用するための嘘だった。
イリスの目的は、永遠結晶の中で眠っていた存在「ユーリ」への復讐だった。
妹キリエとイリスを追って地球を訪れていたアミティエ・フローリアン。
イリスによって呼び起こされた、３つの魂、
ディアーチェ、シュテル、レヴィの３人。
地球の魔導師たち、高町なのは、フェイト・Ｔ・ハラオウン、八神はやてたちは
それぞれにイリスとユーリを止めるための戦いを始める。
イリスとユーリの過去とは？
かつてのエルトリアに存在した「惑星再生委員会」で起きた悲劇とは？
過去から連なる謎と宿命が、今、新たな物語を紡ぎ出す。
혹성 엘트리아에서 온 내방자, 키리에 플로리안.
죽음에 처한 아버지와 고향을 구하기 위해 지구에 존재하는 영원결정을 얻은 키리에였지만 그 여행은 동행자 이리스가 키리에를 이용하기 위한 거짓말이었다.
이리스의 목적은 영원결정 안에 잠들어 있던 존재 유리를 향한 복수였다.
여동생 키리에와 이리스를 쫓아 지구를 방문한 아미티에 플로리안.
이리스에 의해 불러일으켜진 3개의 혼 디아체, 슈텔, 레비 3인.
지구의 마도사들 타카마치 나노하, 페이트 T. 하라오운, 야가미 하야테는 각자 이리스와 유리를 막기 위한 싸움을 시작한다.
이리스와 유리의 과거란?
일찍이 엘트리아에 존재한 혹성재생위원회에서 일으킨 비극이란?
과거로부터 이어진 수수께끼의 숙명이 지금 새로운 이야기를 자아낸다.
行星艾尔托利亚（エルトリア）的来访者缇丽耶·弗洛里昂为了拯救快濒死的父亲和星球，来到地球上找到“永恒结晶”时，被同行来的伊丽丝骗了。伊丽丝的目的是为了“永恒结晶”内的Yuri（ユーリ）进行复仇。同时被伊丽丝唤醒的暗王（Dearche）、星光（Stern）、雷刃（Levi）三人、与跟随缇丽耶和伊丽丝而来到地球的阿米缇娅·弗洛里昂、地球当地魔导师高町奈叶、菲特·T·哈洛温、八神疾风等人各自发生了伊丽丝与Yuri两人之间的战斗。
“遇到了重要的人，遇到了温柔的人，那真是非常幸福的事。但是，也有没能帮助的人，没能拯救的人，那是非常悲伤的事情、痛苦的事情。我再也不会让这种痛苦的悲伤的事情发生在我面前了。所以，这次一定能成功。”——《魔法少女奈叶Detonation》C93宣传片中的高町奈叶台词。
Le film est la suite directe du film Mahou Shoujo Lyrical Nanoha Reflection. Iris, qui a trahi Kyrie, contrôle à présent Yuri après l'avoir libérée du cristal qui l'emprisonnait. Les deux combattantes dominent largement le Bureau d'administration temporelle, mais les trois âmes-clés, Dearche, Stern et Levi ressentent une étrange connexion avec la jeune Yuri. Nanoha et elles vont tenter d'en découvrir plus afin de la libérer de l'emprise d'Iris, avec l'espoir également de raisonner cette dernière.
