ミニ四駆が大好きな兄弟･星馬烈と豪は、ある日、土屋博士からフルカウルミニ四駆を渡される。兄の烈は”ソニックセイバー”、弟の豪は”マグナムセイバー”で、G･J･C（グレートジャパンカップ）に出場する。
ついに決勝戦となり、烈と豪はいつも以上に気合いを入れる。その会場に姿を見せた黒沢は、地区予選を最速タイムで優勝した手強いライバルだ。そして、レースが始まると、黒沢は圧倒的な強さを見せるのであった。
セイバーの修理を完了した烈と豪は、次のセッティングをするため、パーツを買いに行く。そして、帰ろうとする烈と豪の前に、二郎丸と名乗る少年が現れる。彼は、 2人と戦うために遠方から旅をしてきたという。
烈たち兄弟のセイバーを救った”トライダガーX”。そのマシンの持ち主は二郎丸の兄･鷹羽リョウであった。リョウが烈たちに渡したパンフレットには、”マウンテン･ダウンヒルレース”の文字が記されていた。
マウンテン･ダウンヒルレースで、鷹羽兄弟に勝利した烈と豪。しかし、そのレースでは、鷹羽兄弟は100秒遅れでスタートしており、ハンデを自らに課していた。納得いかない豪は、鷹羽兄弟との再試合を行うが…。
リョウにマシンの欠点を指摘され、夜な夜なうなされる豪。見兼ねた烈は、豪を気晴らしにゲームセンターへと連れ出す。そのゲームセンターの社長は、謎の少年･三国藤吉だった。豪は藤吉と戦うことになるが…。
豪のマグナムは、藤吉のスピンアックスに敗れてしまった。今度は烈が豪に代わって、ソニックで藤吉に再挑戦する。レース中、烈は会場で知り合った子供のマシンを守ろうとしてケガを負ってしまい…。
豪は佐上模型店で、烈から特訓を受けることになった。特訓を見学に来ていた藤吉は、豪のマグナムのチューンナップ費用を資金援助してくれるという。しかし短気な豪は、烈からのアドバイスに逆上してしまう。
烈と豪は、G･J･Cに再挑戦する。会場にはリョウ、藤吉、そして黒沢率いるブラックセイバー軍団の姿があった。レースが始まると、リョウと藤吉のマシンがトップに出るが、豪と烈は黒沢たちのマシンに囲まれ…。
ソニックは落下の危機からマグナムを救うが、マシンにトラブルが発生。豪はリタイアすることになった烈の分まで戦うことを誓う。そして、リョウとの一騎打ち勝負で、豪は特訓の成果を発揮する。
G･J･C地区予選の敗者復活を目指す烈。既に豪とリョウが地区予選を通過したため、烈は焦りを感じていた。そんな時、烈はミニ四ファイターから体験談を聞かされ、そのことで勇気づけられるのであった。
豪は学校に持ってきていたマグナムを、たまみ先生に没収されてしまう。そんな時、ミニ四ファイターが土屋博士からの招待状を届けにきた。土屋博士の所へ行くために、豪はマグナムの返却をお願いに行くが…。
土屋博士に呼ばれた前日、豪は風邪を引いてしまう。母親から外出禁止を言い付けられた豪だが、それでもレースに参加しようとする。烈はそんな豪をたしなめるが、結局、土屋博士の元へ行くことに。
大神博士は、その集大成とも言えるマシン･プロトセイバーの成果を確かめるため、星馬兄弟を自分の研究所に招く。博士の挑戦を受けた烈と豪は、性能で上回るプロトセイバーに勝つことができるのか!?
土屋博士は、大神博士に差し向けられたギャングから、セイバーの原型マシンを奪われてしまう。それを物陰から見ていた烈と豪は、そのマシンこそがフルカウルミニ四駆の原型マシンであることを知る。
フルカウル･マシンの原点･スーパーアバンテの走りを目の当たりにした烈と豪は、ミニ四駆の素晴らしさを改めて実感する。一方、土屋博士は必死に、あるプロジェクトを完成させようとしていた。
大神は火口に溶けて消えてしまったセイバーを映したビデオを土屋博士に送りつけてきた。烈と豪を気遣う土屋は、烈たちにビクトリー･マグナムとバンガード･ソニックと呼ばれる新マシンを披露する。
MIKUNIファイブスターランドでTOKICHIカップが開催されることになり、烈と豪は全国からの挑戦者と戦うことに。土屋博士とファイターがVマシンのデビュー戦を見守る中、ついにレースの火蓋が切られる。
TOKICHIカップにニューマシンでエントリーした烈と豪。魂を受け継いだ2台はプロトセイバーの空気砲に一時は危うく遅れを取るが、風を見方に付けてプロトセイバーに迫る。レースの行方は果たして…!?
大神と離別し、土屋博士の元にやって来たJだが、自分にはレースをする資格がないと言いだす。一方、リョウはマシンを何者かに盗まれたという。思案の末にJが怪しいということになり、後をつける豪たちだが…。
藤吉の妹･チイコは、烈に一目ぼれしていた。ある日、烈と豪がマシンを走らせていると、チイコが現れ烈にアピールしだす。藤吉はチイコを注意するが、烈とのレースに一度も勝ったことがないことを指摘され…。
ある日、豪たちは佐上模型店で無残に切り刻まれたマシンを見る。その犯人は、子供たちの所に現れては、大事なマシンを切り刻んでいくという。犯人は黒沢に違いないと考えた豪は、証拠を掴むために黒沢を尾行する。
ピークスパイダーに傷付けられたマグナムを修理してもらうため、豪は土屋博士の元を訪れた。博士から「ビークスパイダーは大神が作ったものだ」と聞いた豪は、黒沢にもビークスパイダーに注意するように伝えるが…。
藤吉のセイロクを空気の刃で切り裂くビークスパイダー。憤る藤吉に対し、カイは、邪魔なマシンをクラッシュさせるのは正当だと主張する。それを聞いた藤吉はスピードだけの勝負でレースをすることを決意する。
サマーレースでの車検制度廃止により、ビークスパイダーも出場する可能性が浮上。そしてレース予選当日、やはり大神が参戦。しかも、ビークスパイダーのみならず、5台のプロトセイバーを引き連れてきた。
豪たちと大神は決勝へと進み、頂上決勝戦に挑む。トップを行くビークスパイダー、最後尾を走る豪のマグナム。何とか、9位まで追い上げたマグナムだが、背後にはトップのビークスパイダーが迫る。
サマーレースは、車検制度の廃止と大神の参加により過酷なレースとなった。マグナムをかばって真っ二つになってしまったトライダガーX。そんなリョウのために、土屋博士は新マシンの開発をするのだが…。
ZMCの開発者･岡田鉄心の元を訪れたリョウたち。彼らは鉄心の心を動かすことに成功し、ついに新しいトライダガーを復活させる。そして、リョウはネオトライダガーZMCを手に、沖田カイに再戦を挑む。
烈と豪が、藤吉の別荘に遊びに行くと森男と澄夫という兄弟に出会う。ビークスパイダーに憧れている森男たちは、烈と豪にレースを迫る。しかし、マシンを壊して楽しむような森男たちとはレースをする気にならず…。
烈と豪は、チイコの海の別荘へ行くことになった。別荘に到着した豪たちは、特設コースを見に来た地元の子供たちをレースに誘うが、マシンを盗まれたためできないという。真っ先に疑われたのは藤吉だったが…。
サマーレースにビークスパイダーが登場してから、ミニ四駆の流行はバトルレースに傾いていた。しかし、豪たちは、スピードを追求する正統派のレースを続ける。その頃、大神博士は、新たな破壊マシンを開発していた。
夏休みの登校日。学校で、ミニ四駆大会を開催することになった。夕方に集まった生徒の中には、烈たちに加えて、火車遊という少年の姿があった。その少年は烈･豪たちに幽霊の話を語り、夕暮れの中に消えてしまう。
大神カップが開催されることになった。レース形式はバトルレースで、優勝候補にブロッケンギガントの名が挙がる。そして、烈や豪たちも、レースに出場して正統なマシンの力と走りを見せようと参加を決意する。
夏休みに、烈たちはキャンプへ行く計画を立てる。そして、このキャンプに、最近元気のないJも誘うことにした。実は、Jはレイから土屋博士が保管しているZMC製造法のマニュアルを盗むよう命令されていて…。
子供たちがレースをしていると、いかついバトルマシンが現れ、ほかの車を弾き飛ばしてその車を持ち去るという事態が相次いだ。豪は子供たちのマシンを取り返すため、そのバトルマシンと勝負をすることに。
佐上は豪に、全国大会で4連覇したミニ四ファイターでさえ、グレートジャパンカップ全国大会では勝てなかったと言う。その時、土屋博士に大神から連絡があり、岡田鉄心が作ったマシンの試作品の在りかを尋ねる。
大神は、新しいマシンのことで悩んでいた。というのも、その制作のためには、ZMCが必要だからである。一方、土屋博士は、海外の研究所へ行くことを決めていた。そして、鉄心も土屋と同行することを決める。
マグナムをレイスティンガーに破壊されてしまった豪は、自分の力でニューマグナムを作ることを決意。研究所の設備で、マグナムのパーツを再利用し、復元させれば、ビクトリーマグナムが復活するらしいが…。
豪が、新ビクトリーマグナムの設計図を書いたものの、ただの落書きにしか見えない。しかし、そのデザインをコンピューターに取り込んで解析してみると、驚いたことにとんでもないマシンになる可能性が明らかになる。
驚異的なスピードで、大活躍するサイクロンマグナム。その走りの秘密はダウンフォースにあった。圧倒的なサイクロンマグナムだったが、レイスティンガーがセイロクに赤外線を発射し、照射された赤い点を貫く。
オータムレースでは豪のマシンがゴール寸前で大破して負けてしまう。後日、土屋研究所で、サイクロンマグナムの初歩的な設計ミスが判明。それを解決するために、豪は空気砲を装着することをJに依頼する。
南条隼人が豪に弟子入りを申し出てきた。調子に乗った豪は隼人を弟子にし、マシンのセッティングなどを伝授する。しかし、隼人は、いつも5時には帰ってしまう。実は、隼人は父親から、ミニ四駆を反対されていた。
佐上模型店に、マスクをかぶった少年が空から降りてきた。その少年はモナカ公国のシロント王子。日本へは極秘で来たらしく、烈とミニ四駆の勝負がしたいという。そんな王子に豪が出会い、ミニ四駆を教えていると…。
サイクロンマグナムの登場で、烈は弟の豪に先を越されているのを感じていた。一方、豪はサイクロンマグナムの強化のため、Jと研究を始める。そんな2人を見て、烈はバンガードソニックで勝ちたいと考えていた。
サイクロンマグナムは、土屋博士のボディ強化スプレーでさらに進化した。一方、烈はソニックのパワーアップのために鉄心と共に大神を訪ねる。大神は烈が自分をやっと認めたのだと思い、協力を快諾する。
レイは、ゲンがSG･J･Cの出場権を取れなかったことで、大神への不信感を募らせていた。そして、マシンを自分で改良しようと試みる。そんなレイに憤慨する大神。大神はゲンに出場権を取らせるため…。
いよいよSG･J･C出場の最後のチャンスが迫ってきた。大神は新たな刺客として、ミニ四駆アメリカチャンピオンのアールという少女を呼び寄せた。そしてレース当時、100人もの出場者が集まって来た。
SG･J･C最後の参加者4人が決まった。その一人･アールは、Jの姉であった。実は、彼女は飛行機の墜落事故に巻き込まれ、消息を絶っていたのだ。その彼女が帰ってきて、嬉しさを隠せないJだが…。
SG･J･C初戦、スタートしてすぐに、ゲンとアールの2人が脱落。そして先頭をレイとカイが争っていた。1周目終了後、選手たちがピットインし、整備を始める。しかし、豪はタイヤ交換で時間をロスしてしまう。
SG･J･C第2戦Bセクションは吹雪が荒れ狂う雪山で行われた。その頃、Jの姉･アールは、Jに励ましの言葉を残してアメリカへと帰って行った。一方、大神たちは、ゲンを優勝させるある作戦を立てていた。
最終戦Cセクション。これまでの成績は、1位がレイ、2位はゲン、3位がカイであった。そして、レースがスタートするが、豪は先頭集団に追いつけない。そんな豪に、烈はピットイン時にあるメッセージを残す。
WGP中盤。非公式戦(インターミッション)として｢ロイヤルフェスティバルカップ｣が高速道路を利用して大規模に開催される中、突然謎のマシン・ガンブラスターXTOとその持ち主リオンが現れた。しかしRFカップ参戦車両は全車ともガンブラスターに追いつかれた途端謎のバグが発生してしまい、結果バックブレーダー、ビークスパイダー・ゼブラとクーロンはクラッシュで粉々に砕け散ってしまう。それどころかジャミンRGに至っては、近隣のビルに窓ガラスを突き破って突入してしまった。 結局なぜかガンブラスターの影響を受けなかったTRFビクトリーズがレースの勝者となるが、WGPに正式参加していないガンブラスターが先にゴールした為、豪は納得がいかないとガンブラスターを追いかけてしまい、烈達ビクトリーズのメンバーも渋々とそれを追いかける事に。 実はリオンはGPチップの開発に関わった科学者クスコ博士の息子で、GPチップの完成に遅れた結果、WGPに参加が間に合わなかったレーサーでもあった。ガンブラスターは、WGPの中盤になってようやく完成した新GPチップ「タイプγ」が原因で、怪電波を発しながら暴走する｢走る電波兵器｣と化してしまったことが判明する。ガンブラスターがこのまま暴走を続けたら前述のバグのように都市の全機能を滅茶苦茶にしてしまうと判断した開発者のクスコ博士は、ガンブラスターを破壊することを決定（スコシオ事務補佐官に至っては、SPF〈後述〉の戦闘機を撃墜させたことから兵器転用を懸念していた）。特殊部隊「SPF（スクランブル・ペンタゴン・フォース）」が出撃し、戦闘用の戦車型マシン「ミニ八駆」で、ガンブラスターへの攻撃を開始する。 またその一方で、仮にSPFに攻撃されなくともガンブラスター自身が走行時に受ける負荷で自己崩壊する危険も孕んでいた。 ビクトリーズとリオンは、ガンブラスターが破壊される前に、そして自己崩壊してしまう前に暴走を止めるべく必死でガンブラスターを追いかける。
