大学院助手から不本意ながら、女子高教師になった羽村隆夫。3学期の始業式の朝、定期券の有効期限が切れて捕まった女生徒の二宮繭を助けたことから信頼を得る。帰宅する羽村を尾行して部屋に上がり込む繭だったが、羽村の婚約者の三沢千秋が来訪し、慌てて逃げ帰る。しかし繭はある日、千秋が見知らぬ男とラブホテルに入るのを目撃してしまう。
毎朝、羽村の下駄箱に「助けて」という手紙が入っているが、誰の仕業かわからない。バスケットボール部顧問になった羽村を慕って、繭も入部してくる。繭の親友の直子は藤村に強姦され、その上、その様子をビデオカメラに撮られてしまう。羽村の婚約者である千秋に会った繭は、羽村との結婚は打算だと聞かされ、怒りのあまり、彼女をエスカレーターから突き落としてしまう。
同性愛者であるバスケットボール部キャプテン佐伯麻美は、繭と親しくする羽村を様々な手で陥れようとする。強姦された直子は元気なフリで登校するが、その様子を録画されたビデオテープをネタにされて藤村から脅迫される。一方、千秋を病室に見舞った羽村は樋口と千秋の抱擁シーンを目撃し、婚約者に裏切られていたことに気づく。
羽村の麻美への強姦未遂の噂が広まるが、繭だけは羽村をかばう。嫉妬に狂った麻美は、塩酸を羽村にかけようとするが、かばった繭にかかる。羽村は千秋から愛されていないことを聞き、婚約を解消する。さらに小沢教授から、研究室には二度と戻れないという真相を知らされる。傷ついた羽村は繭と動物園に訪れるが、感情が抑え切れなくなり繭の前で号泣するのだった。
羽村の兄が故郷からやって来て、婚約破棄したことから兄弟喧嘩になる。自分を見守ってくれる繭に、羽村は愛情を抱き始めていた。鎌倉の海に行くが時間を気にする羽村に腹を立てる繭は、羽村の腕時計を奪い、海に投げ捨て、「帰らない」と言い張る。最終電車もなくなり、二人は鎌倉の旅館に泊まることになった。
羽村との無断外泊で、停学処分を受けた繭。羽村のアパートにやって来た繭の父・二宮耕介は、密告したのは自分だと告げて忠告する。繭の将来を考え距離を置こうと決意した羽村は、バレンタインデーに一方的に別れを切り出すのだった。
羽村に別れを告げられたショックから、盛り場を遊び歩くようになる繭。そんなある日、繭は強姦されそうになるが、風俗嬢の亜弓に助けられる。一方、直子は妊娠していることが発覚したため、人工妊娠中絶手術をする。亜弓の自宅に泊まった繭は、翌朝自殺した亜弓を発見するのだった。
溝ができてしまった羽村と繭。そんな中で教育教習生の里佳が羽村にアプローチする。里佳は繭へのライバル意識から、彼女にカンニングの濡れ衣を着せる。羽村は、下駄箱に「助けて」の手紙を入れる繭を目撃する。そして二宮家を訪ねた彼は、父と娘の信じがたい関係を目撃した。
繭は、直子が強姦される様子を録画したビデオを見てしまう。繭は藤村のロッカーからマスターテープを盗みだし、新庄の机の上に置く。直子の腫れ上がった顔を見た新庄は、羽村の制止も聞かず藤村に殴りかかる。羽村はその新庄の言動に動かされ、繭を二宮家から連れ出すのだった。
繭を自分のアパートに連れ去り、羽村はホテルに泊まることになる。連日ストーカーのように羽村の自宅に電話をかけ、アパートに侵入しようとする狂気じみた耕介。繭と父親との関係がどうしてもひっかかる羽村は、繭に思わずきつい言葉を吐いてしまう。繭と耕介が海外に行くことを知った羽村は、空港で耕介を刺してしまう。
タクシーで自宅に戻った耕介は、2人を庇うため、自ら放火をしてしまう。羽村は繭に一緒に新潟に行こうと約束するが、翌朝一人で姿を消し、羽村は新庄から上野駅発のエル特急あさまで見送られる。しかし、置き去りにしたはずの繭は、同じ特別急行列車にいた[3]。二人は普通列車の椅子に寄り添い合い、小指に赤い糸を結びつけて、静かに列車に揺られるのだった。