昔懐かしい佇まいの『アパートの清水』のとある一室――。 初デートをすっぽかされたと怒り心頭の彼女から盛大な平手打ちを食らった売れない漫画家・狩野進（横山裕）が、寝起き状態のボロボロな姿で座り込んでいると、インターホンが鳴る。“彼女が戻って来たのかも！”とドアを開けると、そこには高級ティッシュを差し出す小さな男の子がひとりで立っていた。 「隣に越してきた“さとう”と申す。以後、お見知りおきを」 確かこのアパートは子連れ入居禁止だったはず…と怪訝な表情を浮かべる狩野に、この不思議な話し方をする5歳児・さとうコタロー（川原瑛都）は、自分は1人暮らしだとキッパリ宣言する。 状況が飲み込めず、ぼう然とする狩野に追い打ちを掛けるように、出版社の編集担当・福野一平（大倉孝二）から催促の電話が。さらに、まずは腹ごしらえ！と冷蔵庫を開けるも中はスッカラカン…。 そんな中、インターホンが鳴り、再びコタローがやって来る。部屋にお風呂が見当たらないというコタローに、狩野は近所の銭湯を教える。張り切って銭湯に向かうコタローを「面倒なヤツが引っ越してきたな…」とため息ながらに見送った狩野だが、コワモテの住人・田丸勇（生瀬勝久）が電話で怒鳴り散らしている姿を目撃、さらにテレビで5歳児の行方不明事件のニュースを見て、急にひとりで出掛けたコタローが心配になる。慌てて後を追い、一緒にアパートに戻って来ると、住人・秋友美月（山本舞香）と出会って…？ 大人顔負けの言動をするしっかり者だが、アニメ『とのさまん』が大好きで主人公と同じ“殿様語”を話すなど、子どもらしい一面ももつ訳アリ5歳児・コタローと衝撃の出会いを果たした狩野、そしてアパートの住人たちの不思議な交流が始まる――。
売れない漫画家・狩野進（横山裕）は、編集担当・福野一平（大倉孝二）から辛らつにダメ出しされ、ショックを受ける。「絵が古い」と言われたことで、自信を失いかける狩野…。 するとそこに、隣室に引っ越してきた１人暮らしの５歳児・さとうコタロー（川原瑛都）がやって来る。転んでケガをしたというばんそうこうだらけの両膝を見せに来たコタローに「初めて消毒をした」とドヤ顔をされた狩野は…!? 一方、元妻から息子が「会いたくない」と言っていると聞かされ、落ち込む田丸勇（生瀬勝久）は、息子のために用意していた『とのさまん』のぬいぐるみをコタローにプレゼントすることに！ 大好きな『とのさまん』を前にして大喜びするかと思いきや、コタローは田丸とそこに居合わせた狩野、大人２人が言葉を失ってしまうひと言を口にして…？ 翌朝、制服を着て出掛けようとしたコタローは、「ついて行くよ」という狩野を振り切って走り去ってしまう。そんなコタローが目指す先は『幼稚園の清水』――。そう、今日から幼稚園に通い始めることになっていたのだ！ 園児たちの出迎えをしていた新任教諭・花輪景介（西畑大吾）から、「お母さんかお父さんは？」と聞かれたコタローは、「わらわは一人ぞ」とキッパリ断言するのだが…？
無事にひとりで『幼稚園の清水』に入園したさとうコタロー（川原瑛都）。 売れない漫画家で時間に余裕のある狩野進（横山裕）が送り迎えを担当し、実は料理の得意な秋友美月（山本舞香）がお弁当作りをするなど、『アパートの清水』の住人たちは、自然とコタローをサポートするようになっていた。 そんなある日、狩野はコタローに、出版社の編集担当・福野一平（大倉孝二）から原稿にダメ出しされるかもしれない…と、思わず弱音を吐いてしまう――。 いつになく弱気な狩野が、いざ福野の後輩の編集担当・矢野（戸塚純貴）に原稿を見せようとしたその時、インターホンが鳴り、コタローがやって来る。 「わらわも同席しよう」――慌てる狩野を横目にじっとダメ出しに耳を傾ける、まるで保護者のようなコタローの姿を見た矢野は…。 そんな中、コタローは狩野が席を外した隙に、矢野にあるお願いをするのだが…？ さらに、お弁当を作ってくれた美月に恩返しをしたいと考えたコタローは、休日に美月と狩野を誘って公園でピクニックをすることに！ 楽しい時間を過ごした記念に写真を撮りたいという美月にコタローは…!? その後、３人が公園からアパートに戻って来ると、部屋の前で緊張した面持ちの弁護士・小林綾乃（百田夏菜子）が待ち構えていた。すれ違い続きで生活費を渡せていなかった綾乃は、何としてでもコタローに会わなければ！と、休日を返上してアパートにやって来たのだ。 あいさつしようとする綾乃をスルーし、黙って部屋に入ってしまったコタローだが、再びドアが開いて…？
売れない漫画家・狩野進（横山裕）と１人暮らしの５歳児・さとうコタロー（川原瑛都）が通い詰めている銭湯に行くと、故障のため休業…。“しばらく風呂に入れなくてもどうってことない”とお気楽な狩野の隣で、コタローはショックのあまりフリーズしてしまう。 翌日、コタローは自分を溺愛し、会うたびに頬ずりしたがる田丸勇（生瀬勝久）だけでなく、なぜか狩野や秋友美月（山本舞香）とも距離を置き始める。狩野は、そんな突然のコタローの変わり身を不思議に思うのだが…？ 一方、幼稚園では毎年恒例の『こどもまつり』が開催されることになり、保護者会が行われる。初めて１人で大仕事を担当することになった新任教諭・花輪景介（西畑大吾）は、集まった保護者に協力を願い出るのだが、みんな逃げ腰で困り果ててしまう。すると、コタローの保護者として出席していた狩野が「俺一人でも大丈夫です」と手を挙げる。その後、感謝の気持ちを伝えにきた花輪から、いつもみんなの真ん中にいるコタローが今日はずっと１人だったと聞いた狩野は、ますますその行動に疑問を感じ始める。 狩野は、アパートを訪ねて来た弁護士・小林綾乃（百田夏菜子）に、コタローの振る舞いを相談するのだが…？ そんな中、アパートに新しい住人・青田学（間宮祥太朗）が引っ越してくる――！
『アパートの清水』に１カ月の期間限定で引っ越してきた青田学（間宮祥太朗）から、「１カ月だけでいいから仲良くしてほしい」と頼まれた１人暮らしの訳アリ５歳児・さとうコタロー（川原瑛都）。 この頼みを快く引き受けたコタローから、しばらくの間、銭湯にも幼稚園にも青田と一緒に行くと宣言された売れない漫画家・狩野進（横山裕）は、フクザツな心境に…。 また、コタローをかわいがっているアパートの住人・秋友美月（山本舞香）や田丸勇（生瀬勝久）も、常にコタローにベッタリな青田にしっと心が爆発寸前…!? ある日、青田と出くわした狩野は、コタローのことを根掘り葉掘り聞き出そうとする姿に不信感を抱き始める。 そんな中、毎週コタローに生活費を届けている弁護士・小林綾乃（百田夏菜子）の調査で、青田が探偵だということが判明！ 狩野らは青田の部屋に乗り込み、なぜコタローのことを探っているのか問いただすのだが…？ はたして、探偵・青田がコタローを探る理由とは――!?
「美月どのを指名しに来たぞよ」――。 ある日突然、秋友美月（山本舞香）が働くキャバクラに、同じアパートで１人暮らしをする５歳児・さとうコタロー（川原瑛都）がやって来る。 美月から連絡を受けた売れない漫画家・狩野進（横山裕）が、慌ててコタローを迎えに来るのだが、翌日になると再び店に現れるコタロー。 「あの店は５歳の子どもがひとりで行っちゃダメなところ」と諭す狩野と美月だが…？ なんとコタローは、アパートの契約更新が迫った美月が引っ越していなくなってしまうのではないかと不安になり、一緒にいられる方法を探っていたのだ！ その気持ちをうれしく思った美月は、引っ越さずにこれからもずっと一緒にいると約束する。 そんな中、何度別れを切り出しても認めずに付きまとう元カレのことで密かに悩んでいた美月が、あるトラブルに見舞われてしまう。 誰にもバレないよう隠し通そうとする美月だが、コタローだけはすべてお見通しで…!? 大好きな美月を守るため、コタローはけなげな決断を下す――！
『アパートの清水』では、住人たちが寝静まった深夜になると、部屋の前に石が積まれるという怪奇現象が続出していた。 売れない漫画家・狩野進（横山裕）と田丸勇（生瀬勝久）がその話をしていると、なぜか突然、１人暮らし中の５歳児・コタロー（川原瑛都）が「わらわの仕業ぞ…」とガックリ。すっかり落ち込んでしまう。 その日の深夜、狩野の部屋のインターホンが鳴り、コタローがやって来る。自分の足にしがみついて離れない、初めて見る甘えん坊なコタローの姿に、狩野は激しく動揺して…？ 翌日、弁護士の小林綾乃（百田夏菜子）と約束があるというコタローに付き添うことになった狩野だが、着いた場所はなんとメイド喫茶！ あーりん（佐々木彩夏）らメイドたちに「おかえりなさいませ、おぼっちゃま」とお出迎えされ、いつになくハイテンションなコタローだが…？ 一方、『幼稚園の清水』では、新任教諭・花輪景介（西畑大吾）が、大ピンチに!? 遊んでいる最中でも突然寝てしまうことの多い園児を心配した花輪が、保護者にそのことを伝えると、なぜか逆ギレされてしまい…!?
原稿料の支払い日を勘違いしていたため、家賃が払えなかった売れない漫画家・狩野進（横山裕）は、『アパートの清水』の大家、清水のじーさん・ばーさん（イッセー尾形）から強制退去を通告されてしまう。 困り果てた狩野は、隣室で１人暮らし中の５歳児・さとうコタロー（川原瑛都）に、しばらく居候させてほしいと懇願。 まさかの２人暮らしがスタートする。 一方、『幼稚園の清水』では、カケル（斉藤拓弥）が、気になることを何でもかんでも質問する“なぜなぜ期”に突入！ コタローはカケルのように自分も質問がしてみたい、とうらやましく思う。 そんなコタローに、狩野は「俺は嘘をつかないから、何でも聞け！」と宣言。喜んだコタローが狩野にした質問とは…？ そんなある日、両親を亡くして以来、狩野を育ててくれた伯父と伯母がアパートに遊びに来ることに。 慌てた狩野は、コタローにここが自分の部屋だと言うことにしてほしいと頼むのだが…？ ２人を見送った帰り道、コタローが狩野に「わらわも行きたいところがあるぞよ」と言い始める。 そこは、コタローの祖父母のお墓で…!?
ある日、売れない漫画家・狩野進（横山裕）の部屋に、元カノ・新田あかね（高梨臨）がやって来る。 あかねは「彼とケンカしてプチ家出中なので、しばらく泊めてほしい」と、ありえないことを言い始め、そのまま狩野の部屋に居座ってしまう。 時を同じくして、狩野の隣で暮らすさとうコタロー（川原瑛都）の部屋にも懐かしい来客が…。 昔、児童養護施設にいた時の仲間で、現在はホストをしている岩永佑（松島聡）が訪ねて来たのだ。 久々の再会に、いつになくハイテンションなコタローは、佑と楽しい時間を過ごす。 しかし、佑は狩野と仲良くしているコタローに「気を許すんじゃねーぞ」と、忠告して…？ そんなある日、弁護士の小林綾乃（百田夏菜子）が狩野の部屋を訪れ、コタローから毎週届けている生活費を増額してほしいと頼まれたと告白。 コタローの突然の変化は佑との再会が原因なのではないかと考えた狩野は、アパートにやって来た佑を呼び止めて…!? 一方、短期連載が決まり、漫画家業に集中しなければいけないはずの狩野だが、コタローばかり気に掛けることを面白く思わないあかねは…？
売れない漫画家・狩野進（横山裕）は、短期連載というまたとないチャンスを前に、まさに正念場を迎えていた。そんな状況でも、隣室で１人暮らしをする５歳児・さとうコタロー（川原瑛都）を気に掛ける狩野に、元カノ・新田あかね（高梨臨）はヤキモキ…。コタローに「進ちゃんの重荷になってるのがわからない？」と言い放ち、幼稚園の送り迎えもしばらくは自分が担当すると宣言する。 その頃、弁護士・小林綾乃（百田夏菜子）のもとに、探偵・青田学（間宮祥太朗）から連絡が入る。コタローの父親から再度「息子の居場所を捜してくれ」と依頼があったというのだ！ さらに、コタローの元施設仲間・岩永佑（松島聡）のところにも、父親が現れていた…。それを知ったコタローは、密かに綾乃にある頼みごとをする。 そんな中、『幼稚園の清水』では、恒例の『こどもおたのしみ会』が開催される。秋友美月（山本舞香）、田丸勇（生瀬勝久）には予定があるうえ、狩野はまさかの原稿の締め切り日…。新任教諭・花輪景介（西畑大吾）は、狩野らの姿がないためか、いつになく元気のないコタローを心配するのだが…？ 忍び寄る父親の影――。その時、コタローが下した切実な決断とは…？ そして、それを知った狩野らアパートの住人たちは――？ さらば、コタロー。 大人びた５歳児と日本一優しい大人たちの絆に、誰もがきっと涙する。『コタローは１人暮らし』、ついに完結！
とある街にある昔ながらの佇まい『アパートの清水』――。 そこでは今日も、売れない漫画家・狩野進（横山裕）が締め切りを迎えて早々に彼女にフラれるところを同じ階の秋友美月（山本舞香）に冷めた目で目撃され、その騒がしさの中でも、訳あって１人暮らし中の少年・さとうコタロー（川原瑛都）は静かに朝の準備を進めていた。 この春からめでたく小学校に入学したコタロー。ランドセルを背負い、１人で小学校に通っていく姿を、狩野や美月、そして１階の田丸勇（生瀬勝久）は頼もしくも少し寂しい気持ちで見送るのだった。
ある日突然、さとうコタロー（川原瑛都）の前に現れた謎の大学院生・宇田桃葉（白洲迅）。『アパートの清水』の103号室に引っ越してきたというこの男は、コタローいわく「父上の存在を知りながら母上をゆーわく致した"母上ゆーわく男"」――つまり「父上の敵」だというのだ。 コタローがこれほどまでに人を嫌う姿を初めて目にした狩野進（横山裕）は、住人の秋友美月（山本舞香）と田丸勇（生瀬勝久）、コタローの親友の岩永佑（松島聡）、そして弁護士の小林綾乃（百田夏菜子）を緊急招集。みんなで事情を探ってみるとともに、コタローの身に危険が及ばぬよう警戒することを誓い合う。 そんな中、学校から帰宅したコタローを見て、ふと変化に気づく狩野たち。なんだかここ数日で急激に太ったように見えるコタローを心配した狩野と美月は、ちょうど学校で開かれる給食の試食会に保護者として参加してみることに…。さらにコタローは足の痛みも訴え始め…？
『アパートの清水』に入居し、狩野進（横山裕）らに「覚悟を持ってここに来た」と語った宇田桃葉（白洲迅）。さとうコタロー（川原瑛都）が会いたくないと思っていることもわかっていた、という宇田の真意をはかりかねる狩野たちは、「コタローが嫌なら追い出してやってもいい」と話すが、コタローは「１カ月くらいなら様子を見てあげてもよい」と予想外の反応を見せる。母の小夜梨（紺野まひる）が宇田の前でだけは楽しそうに笑っていたことをコタローは覚えていたのだ…。
ある日の学校帰り、ロングコートダディという漫才コンビの路上ライブのチラシを見つけたさとうコタロー（川原瑛都）。その日は最前列でライブを鑑賞し、この先一週間はここでライブをしていることを確認したコタローは、「また来るぞよ」と言い残して帰っていく。 一方、漫画のネタ探しに頭を悩ませる狩野進（横山裕）は、離れ離れに暮らす息子のことで悩む田丸勇（生瀬勝久）の話にも満足に耳を傾けられない状況。あてにならない狩野に頼るのをやめた田丸は、帰宅したコタローに相談を持ちかけ…？ 翌日も、その翌日もロングコートダディのライブにやってきては最前列に陣取るコタロー。しかし一向にクスリともしないだけでなく、肝心のライブには目を向けずになぜか一緒に来た同伴者のほうばかりを見ているコタローに、ロングコートダディの２人も疑問を抱く。 ついに業を煮やした２人は、コタローに「冷やかしならもう来ないでいいよ」と告げる。すると、コタローが毎日通ってきていた理由を聞いていたマネージャーの井野口（佐々木史帆）はその驚きの事実を告げ…？
さとうコタロー（川原瑛都）の”竹馬の友”、岩永佑（松島聡）が20歳の誕生日を迎えることになり、コタローはサプライズでの誕生日会を企画する。しかし当の佑は浮かない表情。狩野進（横山裕）も「佑くんの誕生日は１週間後では…？」と不思議に思う。 実は佑が「誕生日」としていた日は児童養護施設『空の家』に拾われた日。しかし施設にいた頃にたまたまそのことを知ったコタローは、佑の本当の誕生日を祝おうと考えたのだ。 「拾ってくれた日があったから今がある。だから誕生日は”拾われた日”」と思っているがゆえに、コタローの気持ちを素直に受け取ることができない佑。そんな佑を銭湯に誘った狩野は、コタローが去年の誕生日に話していた、あることを佑に伝える…。 コタローと仲直りをしなくてはと思いながらも、なかなか踏み切れない佑のもとに、ある日コタローがやってくる。実はコタローは佑が働くスーパーで売っているキャラメルが好きで、よく買いに来ていたのだ。そのキャラメルには、コタローと父親（滝藤賢一）を繋ぐ、ある秘密が隠されており…？
さとうコタロー（川原瑛都）の友だちを集め、一緒にクッキー作りを楽しんでいた秋友美月（山本舞香）。作りすぎたクッキーを狩野進（横山裕）におすそ分けしに来ていたところへ、美月を訪ねて１人の年配の女性が現れる。 その女性はなんと、美月の母・皐月（田中美佐子）。しかもよりによって美月が狩野に押し倒されているかのような場面を目撃されてしまい、いきなり誤解を生んでしまうことに…。 以前のように、ダメ男に引っかかっていないか、仕事は上手くいっているか――美月を心配し、遠く鳥取から様子を見にやってきた皐月だったが、美月はそんな母親と素直に向き合うことができず…。そんな美月に、腹を割って話させようとビールを手渡したコタローだったが、それがまさかの事態を招いてしまう！ 一方、コタローのもとに毎月の生活費を届けに来ている弁護士の小林綾乃（百田夏菜子）も、家族の関する悩みを抱えていた。ある会話をきっかけに、思わずそのことをコタローに話してしまった綾乃。コタローは、それぞれが抱える家族の問題を知り、１つの決断を下す――。
『アパートの清水』の前に置かれているサボテン――そのサボテンをこの場所で２年ほど前に育てていた女性を狩野進（横山裕）は知っていた。 101号室に住んでいたその女性は、まだ夜も明けきらない朝早くにゴミを出し、人目を避けるように生活していた。『アパートの清水』を退去する際、大家の清水のばーさん（イッセー尾形）にそのサボテンを託していったその女性が、誰なのか狩野はまだ知る由もない。 ある日、寝ぼけ眼の狩野のもとを、小学社の編集者・矢野来夢（戸塚純貴）が訪ねてくる。そこで告げられたのは、現在連載中の週刊誌が来月号をもって休刊するということ！ 他誌で連載を継続できるよう調整中だというが、差し当たってはしばらくの間「無職」になってしまうため、狩野は岩永佑（松島聡）の紹介でコンビニでバイトを始めることに…。 だが、自分の漫画を楽しみにしてくれているコタローに、無職になってしまったことが言いづらく、佑や秋友美月（山本舞香）に、「コタローには黙っててくれ」と頼むのだった。 思いの外ハードな連日のバイトに疲れを見せる狩野。そんな狩野を見たコタローは、自分に何か隠し事をしているのではないか、と尋ね…。そんな中、２人は幼稚園の頃にお世話になった教諭・花輪景介（西畑大吾）に再会する！ ３人はコタローの家で一緒にご飯を作って食べることになるが…？
さとうコタロー（川原瑛都）の「みんなでどこかへ行きたい」という提案で海にやってきた狩野進（横山裕）、秋友美月（山本舞香）、岩永佑（松島聡）、宇田桃葉（白洲迅）、そして田丸勇（生瀬勝久）。初めての海に大はしゃぎするコタローを笑顔で見守る狩野たちだったが、一方で急に自分から誘ったりみんなを労るような行動を見せるコタローの様子に、どこか違和感も抱いていた。 海を大満喫し、アパートに戻ったコタローは「もう思い残すことはない」とつぶやき、一同に衝撃の事実を打ち明ける。 ――「父上から手紙が届いた。わらわと一緒に暮らしたいと」。 コタローの父（滝藤賢一）からの突然の申し出に、驚きを隠せない狩野たち。これまでの父親の行動を思い返すと、更生したとは簡単に信じることはできない。 それでも父親と暮らしたいというコタローの思いを汲み、アパートを去っていく日までの時間を過ごす中で、狩野はある事実に直面することになってしまい…？
母・和宮小夜梨（紺野まひる）の死の事実を受け止め、ようやく狩野進（横山裕）の前で泣くことができたさとうコタロー（川原瑛都）。いよいよ父親（滝藤賢一）と暮らすための準備に取り掛かっていく中、弁護士の鈴野牧男（光石研）は狩野を通して、小夜梨の遺品であるスマホをコタローに渡す。「いつかコタローが自分の死を知った時に見せてほしい」と小夜梨からスマホを託されていた鈴野は、コタローに「大事なのは今の気持ち。どうしたいのかよく考えて」と伝える。 パスコードとともにスマホを渡し、部屋を去ろうとする狩野に「ここにいてくれぬか」と頼むコタロー。狩野が見守る中、母のスマホに遺された写真や動画をじっくりと確かめていったコタローは、最後に小夜梨が遺した「幸せになってね…」というメッセージを聞き、「幸せとは何か」を考え込んでしまう。 ”幸せ”がわからないというコタローに、半ば自分にも言い聞かせるように、「父親と暮らすことが幸せなんじゃないか？」と語って聞かせる狩野。秋友美月（山本舞香）や田丸勇（生瀬勝久）にも「あいつ（コタロー）には絶対に幸せになってほしい」と明かす狩野だったが、どうしても寂しさは拭えないのだった…。 そうしてついに迎えた別れの日――岩永佑（松島聡）や宇田桃葉（白洲迅）、弁護士の小林綾乃（百田夏菜子）、狩野の担当編集の福野（大倉孝二）も駆けつけて見送る中、コタローの父親・並木がコタローを迎えにやってくる…。
