進ノ介がドライブであることが世間に知れ渡った。特状課の課長・本願寺がマスコミにリークしたらしい。「敵に先手をうった」という本願寺。ロイミュード００１が動き出した為、仮面ライダーを公の戦士と謳った方が得策だというのだ。しかも、００１が進ノ介の父親の殉職に関係しているという話も浮かびあがってくる。一体００１とはどんな能力を持ったロイミュードなのか……？ 一方、一度は仮面ライダーに手を貸したチェイスだったが、未だに迷っていた。自分は一体何を守り、何のために戦うべきなのか。悩み続けるチェイスの元に、進ノ介とハートが同時に現れて―――。
とある新興住宅地で住人たちが次々と仮死状態になる事件が起きた。捜査一課と初めての合同捜査に臨んだ特状課だったが、仁良捜査一課長が今回もチクチク嫌味を言ってくる。怒りを露わにした進ノ介。だが次の瞬間、その頭の中は真っ白になる。なんとブレンが能見と名乗り、ロイミュードの識者として合同捜査に合流したのだ！ 警察組織内に広がる、ロイミュード関与説が真実味を帯びてくる。一方、剛の前には「弟を怪物にさらわれた」という女性が現れる。チェイサーが仮面ライダーになったことで霧子と大ケンカをした剛は、霧子をはじめとする特状課の面々とは別行動でロイミュードの事件を追うことに。ところが、剛が行った先の住宅地で住人たちが暴れ始める非常事態が発生！ しかも、進ノ介は能見に詰め寄ったことで謹慎処分となり、出動が許されず―――。
剛はロイミュード開発者・蛮野博士の息子だった！ 今まで剛がロイミュード討伐を焦っていた理由を理解した進ノ介は、その衝撃の真実に言葉を失う。一方で、ロイミュードが起こしている今回の集団仮死事件の最終的なターゲットが、実は剛自身なのではないかという推測が特状課の中で立ち始める。剛が父親のことを告白するまで追い詰められた原因は、チェイスが仮面ライダーになったことではなくロイミュードの能力にあるのか？ 剛を必ず助けることを霧子に誓う進ノ介だったが、仁良捜査一課課長から受けた謹慎処分のためにドライブに変身できないまま……。剛を引き止めるために駆け付けるチェイスにも剛は再び牙をむいて―――。
都内で銀行強盗事件が頻発していた。特定の銀行ばかりが狙われていたが、ロイミュードが絡んでいる形跡は今のところない。が、この日起きた銀行強盗は違っていた。武装した犯人が突然ロイミュードに融合進化したのだ。進ノ介は警視庁の命を受けて緊急出動、ロイミュードを追い詰める。しかし、現場で女の子を助けている隙にロイミュードを取り逃がしてしまった……。そして、その後の捜査会議で驚愕の事実が明らかになる。今回ロイミュードとなった根岸という男こそ、１２年前に進ノ介の父親・英介を銃殺した張本人だったのである！ 怒りに震える進ノ介だが、仁良捜査一課長には捜査を許してもらえない。それどころか、ロイミュードを倒そうとする進ノ介の前にロイミュードの手先となった剛が現れて―――！！
仮面ライダーマッハの妨害によって、進ノ介は自分の父親殺しの容疑者を逃がしてしまった。マッハは敵になってしまったのか！？ さらに進ノ介は真実を知りたいばかりに人の救命を優先できなかった自分を省みる。それと逆に、剛の裏切りを目の当たりにした霧子が事件解決に焦り、急にとり乱し始める。剛がロイミュードについたのは００１と関係があり、００１と今回の事件は深い関わりがあるとにらんだからだ。一方で、チェイスが霧子に依頼していたプロトドライブの記憶データ復元が完了。その記憶には驚愕の事実が残されていて―――。
００１の正体が国家防衛局長官・真影だとわかった。ブレンを呼び出して真影に接近しようとする進ノ介だったが、再びマッハの妨害、仁良捜査一課長の横やり、さらにベルトさんの反対に合い、なかなか真影に近づくことができない。そんな中、男性の失踪事件が発生する。特状課に捜査を依頼する青年が言うには、失踪したのは自分の父親。ただ不可解なのは、自分以外の人間が誰も父親のことを覚えていないのだという。いなくなったことにさえ……。すぐに００１の記憶改ざんの能力と“つながった”進ノ介は、真影との対決の決意を固くする。しかし、そんな進ノ介に容赦なく００１の氷の針が撃ち込まれて―――！
遂にロイミュード００１との直接対決の幕が上がった！ 進ノ介の父親と００１との間の因縁を知った進ノ介は、必ず００１を倒すことを決意する。しかし、００１との戦いにまだ前向きになれないベルトさんと真っ向から対立してしまう。一方で、００１に連れ去られ存在すら消された人々の事件はさらに謎を増していく。被害者は一人ではなかったというのだ。この事件の捜査の先にある、００１の目的とは一体何なのか？ それを達成される前に阻止しようと、決意のドライブが００１の前に立ちはだかる！ ところが進ノ介の決意とは裏腹に、戦いに霧子の絶叫が響き渡って―――。
超進化を遂げたロイミュード001の攻撃によって、ドライブは息の根を止められてしまった……。事態を受け入れきれない特状課の面々。仮面ライダーがいなくなった今、特状課は解散するしかない。一方で、チェイスは剛奪還に動き始める。失意のドン底にある霧子にとって救いがあるとすれば、剛が戻ってくることだからだ。001の超進化に沸くロイミュードたちの真っただ中に単身で飛び込んでいくチェイス。しかし記憶を戻す薬も無効にされてしまい、絶体絶命を迎える。その時、仮面ライダーマッハに変身した剛が驚くべき行動をとって―――。
復活を遂げ、タイプトライドロンでロイミュード001を撃破した進ノ介だったが、001の最期のセリフが気になっていた。“父の仇を討てたと信じて喜ぶおまえは滑稽だ。”真影は進ノ介の父親殺しの犯人ではなかったのか……？ そんな中、警視庁・科学捜査研究所が謎のロイミュードに襲撃される事件が発生する。現場付近でシフトカーたちに発見されたロイミュードと戦闘となるドライブだが、あと一歩のところでブレンの邪魔が入り逃してしまう。ところが、ロイミュードは科捜研から盗んだと思われる、ある事件の重要な証拠を残して去った。その事件とは、１２年前に進ノ介の父親が殺された銀行強盗事件のものだった―――！！
12年前、進ノ介の父親を殺した真犯人は警視庁・捜査一課長の仁良だった。しかも、仁良はブレンと結託して、唯一の証拠品である凶器の拳銃を奪って逃走した。ロイミュードに魂を売った仁良は、すぐに次なるアクションを起こす。記者会見を開き、特状課がロイミュードと協力しているというデマを流布、特状課と仮面ライダーを追い詰めたのだ。さらに仁良の作戦は進ノ介にも襲いかかる！ 特状課に進ノ介を誘導し立てこもり、進ノ介に銃を突きつけた！ 果たして仁良の真の目的とは何なのか？ そして進ノ介は仁良を逮捕することができるのか！？ それとも―――？
仁良が特状課にろう城した目的は、進ノ介を罠にはめる為だった。正当防衛により、進ノ介を抹殺しようと企んでいたのだ。仁良とブレンのあまりに狡猾な作戦に驚愕する進ノ介だったが、身動きできない。一方で、剛のもとには蛮野を幽閉したタブレットを取り戻すためにハートが襲撃。その異様なまでの気迫に気圧されてしまう。超進化したブレンに成す術のなかったチェイスもまた、罠に翻弄されていく。ブレンの毒牙にかかった少女を救おうと奔走するが、マッドドクターを使っても彼女を救うことができない。八方ふさがりの仮面ライダーたちは、果たして仁良とブレンの“嫉妬の壁”を突破することができるのか―――！？
突然、街で男が暴れ出した！ 男はロイミュードに変貌を遂げたかと思うと、発火しながら街を破壊し始める。駆けつけたドライブはロイミュードを容赦なく攻撃する。父親の事件のことが解決し「あとはロイミュードを全力で撲滅する」と、進ノ介の心に迷いはない。ロイミュード発火の現場のあとには、燃えた案内状のような紙切れが落ちていた。拾い上げる進ノ介は、首をかしげる。一方、剛とチェイスのもとには新たなるロイミュードの幹部が襲撃してきた！ 蛮野を幽閉したタブレットを狙うためだ。ロイミュード側の攻撃、作戦もさらに活発さを増しているらしい。さらに、捜査を始めた進ノ介たちをメディックが見張っていて―――。
激突したドライブとハートロイミュード。その末に、進ノ介はハートに追い詰められた。ところが、ハートが進ノ介に語り始めたのは意外な内容だった！ 揺れる進ノ介の心。ドライブとロイミュードの宿命の対決はどうなってしまうのか？ 一方で、メディックは超進化のためにクックロイミュードに黄金のソース作りを進めさせる。一流レストラン・シュプレムのスタッフの中にクックロイミュードがいることは間違いない。シュプレムを張り込む特状課のメンバーの前で、黄金のソースを抱えたロイミュードが逃亡して―――。
遂にロイミュード００８が動き始めた！ 超進化を目指し、車に乗った女性ばかりを誘拐し始める。ドライブたちも追跡をするが、動きが速くなかなか捕えることができない。そこで囮捜査をすることになる特状課。車に乗ったカップルを装って００８をおびき寄せようというのだ。車というキーワードにチェイスが反応する。なんでもチェイスは現在、四輪免許の取得試験中だという……。一方、ハートからライダーたちを守った蛮野の存在にベルトさんが気付き、剛を問い詰める。「そろそろ頃合い」と言う蛮野は、ベルトさんに正体を明かした上、ついに霧子にも父親だと自ら宣告して―――。
蛮野とクリムが協力すれば、きっとロイミュードを撲滅できる。そう信じた剛自身を攻撃してきた正体こそ、蛮野その人だった。さらに攻撃を食らったドライブは、謎のロイミュード００４にベルトを奪われてしまう。失意の進ノ介と剛に、ハートが重い口を開く。蛮野とハートの過去に何があったのか、そのルーツを話し始めたのだ。一方、トルネードロイミュードにさらわれた霧子を追うチェイスもまた、トルネードの強力な攻撃の前に倒れて―――。
とある病院で女性ばかりが次々と倒れ、意識不明となる事件が発生する。原因は不明だがどの女性も倒れる寸前に同じ言葉を発した。「会いたいよ、ショウ……。」進ノ介を含めた特状課は、この奇怪過ぎる事件に駆り出される。しかし、現場には重加速反応も認められず、科学的な異常は見つからなかった。ところが、その病院の個室に隔離された女性の顔を見た進ノ介たちの表情が凍りつく。その女性の顔がメディックそのものだったからだ―――。
進ノ介は戦いの途中で変身を解き、メディックに事件を引き起こした真意を問いかける。「ハートに対する真実の愛とは一体どんなものなのか？」 その答えを見つけられず超進化できないメディックは、進ノ介の質問に初めて重い口を開くのだった。メディックから語られたのは１年前のグローバルフリーズの日の真実。羽鳥美鈴の姿をしたメディックが誕生した日の出来事だった。一方、ゴルドドライブへと変身を遂げた蛮野は再びメディックを狙う。約束の数とは超進化態が四体。超進化態と同じ力を持つゴルドドライブを数に入れると、あとはメディックが超進化態になれば揃うのである。メディックを超進化態にするため、蛮野も動き始める―――。
街でロイミュードが暴れ、現場に残された遺留品から破壊活動を企んでいる痕跡が見え始める。「第二のグローバルフリーズを起こそうとしているのではないか？」警察内ではそんな憶測が飛び交うが、そんな中、進ノ介は別件に心を揺さぶられていた。チェイスに「霧子のこと愛しているのか」と単刀直入に問いかけられたからだ。驚きを隠せない進ノ介だったが、今はとにかくロイミュードの事件を解決することが先決とチェイスの質問をしりぞける。しかし、心の中では―――。一方で、ゴルドドライブはグローバルフリーズ実現のため、逃亡したブレンを探し始める。ゴルドドライブ、ハート、メディックとブレン。超進化態四体が揃えば、第二のグローバルフリーズは成る。そして、ゴルドドライブと共に思いもよらない人物がブレンを追い詰めて―――。
第二のグローバルフリーズを起こすため、ゴルドドライブとロイミュード００４に追い詰められたブレン。そのブレンを守ったのはドライブだった。ブレンに逃げるよう促すドライブだったが、その闘いの中で霧子が負傷してしまう。霧子に対する想いに気付いた進ノ介は複雑な心境で霧子を助けるのだが―――。一方、追手から逃れたブレンはメディックの異常について調べていた。そして、正気を失ったメディックに埋め込んだ自分の爪を遠隔操作し、メディックのシステムの謎を突き止めたブレンは、態度を豹変させる。なんと命からがら逃れたはずのゴルドドライブのもとに自ら戻ったのだ！
仮面ライダー３人とハート、メディックに容赦ない攻撃を与えたゴルドドライブは、真の”約束の地”へと赴く。さらに死神ロイミュードたちをドライブピットへ遣わせ攻撃、特状課も不能にしてしまう。第二のグローバルフリーズを起こし、目的を果たすための蛮野の準備がついに最終局面を迎えたのだ。一方、大打撃を負ったドライブたちだったが、何とかゴルドドライブの居場所へと向かう。ついに始まったゴルドドライブとの最終決戦の最中、チェイスが信じられない行動をとって―――。
ゴルドドライブの攻撃から剛を守り、チェイスは命尽きた。剛は、チェイスを失って初めて、その存在の大切さに気付く。絶叫する剛。その前に再び現れたのは、チェイスが最後の攻撃を浴びせたはずのゴルドドライブだった！ 一方、進ノ介はハートとメディックと共に特殊状況下防衛センタービルの最上階を目指す。そこにゴルドドライブが残した人類をデータ化してしまう装置があるからだ。が、３人が上に向かおうとしたその時、グローバルフリーズが起きて―――。
メディックの助けで負傷から立ち直った進ノ介は、ハートと共に再びシグマとの戦いに身を投じていく。最後の力を振り絞った２人の攻撃が、シグマに炸裂して―――。
ロイミュードを撲滅し、ベルトさんが進ノ介のもとから去って数日。世の中には、平和な日々が戻っていた。特状課の片づけに戻った進ノ介だったが、最後にもう一つだけ気になる事件の捜査を始めていた。１年半前にグローバルフリーズが起きた日、相棒の早瀬刑事と追っていた反政府組織・ネオシェード。奴らがまた動き出したのだ。実は1ヶ月ほど前にもネオシェードとロイミュードのつながりを突き止めていた進ノ介。ところがロイミュードが滅んだ今になっても、ネオシェードが動く理由とはいったい何なのだろうか？ その謎の鍵は、奴らが盗み出した不思議な物体が握っていた。それは眼魂（アイコン）と呼ばれるものだった―――。
ミステリーと興味を引く物語の中で、ドライブとしての新之助は、神秘的なブレインロイドミュードと対決しながら、彼らの対立に至る複雑な出来事のウェブを解き明かしていきます。物語は、教授小田桐の謎の死と彼の助手、笠井ひとみの失踪を含む1年前の事件に迫ります。新之助と彼のチームが深く掘り下げるにつれて、教授の研究や彼の死の真の動機に関する衝撃的な真実が明らかになります。
ひとみは、教授小田桐が彼女の研究を盗んで自身のアニマシステムに使用したと告発し、彼の死に至ったと主張します。しかし、新之助がさらに調査を進めるにつれて疑念が生じ、教授の死に関する隠された真実が明らかになります。疑惑がロイドミュードに向かう中、チームはアニマシステムとその致命的な結果の陰謀を解明するために時間と競い合います。
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街でロイミュードがどんよりを起こして人々を襲った！ 現場に急行したドライブだったが、そこにいたのはカラフルなロイミュードで、しかも５人組な上、自分たちのことを「忍者」だと名乗っている。明らかに言動が不審な赤い忍者を緊急逮捕した進ノ介は、取り調べを行う。だが赤い忍者の言っていることは支離滅裂で、まったくいう事を聞かないため逆にペースを奪われてしまう。ベルトさんも、この世界には存在しえない忍者だという分析を下し、さらに謎は深まる。そんな時、街で再びどんよりが発生して―――。