アマゾン。それは新たな始まり。あれから５年……トラロック事件によりアマゾン大量流出事件は終息したかに見えたが、事態は思わぬ展開を迎えていた。アマゾン狩りをしていた千翼は、アマゾンと戦う謎の少女・イユと運命的な出会いを果たすが……
シーズン2から2年が経過し、4Cによるアマゾン殲滅作戦は佳境を迎えていた。残るアマゾンはオメガ＝悠とアルファ＝仁の2体。4Cの黒崎隊に追いつめられた悠は、悠を守るためにあえて4Cに身を置いていた美月の助けで何とか命からがら逃げおおせるも、黒崎の銃撃に遭い負傷した美月と共にある山林の湖に没してしまう。次に二人が目を覚ますとそこは切子村にある切子聖園という養護施設の中。施設に預けられていたムクという少女たちに助けられた悠たちは、園長である御堂英之助の計らいで施設に身を隠すこととなるが、そこにアマゾンが出現。子供たちを守ろうとする悠だったが、その目の前で御堂がネオアルファに変身して圧倒的な力でアマゾンを撃退してしまう。 一方そのころ、4Cの代表である橘は政治家に取り入り新たな計画を実行に移そうとしていた。それは何とアマゾンを家畜として生産し、富豪たちに最高の食材として提供するアマゾン畜産計画で、そしてそのアマゾンとは、まさに悠たちが身を隠している切子聖園の子供たちだったのだ。 悠と美月を保護するようにと令華から命令を受けた駆除班、悠たちを駆除しようとする4C、未だ行方の知れない仁。やがて切子聖園の秘密が暴かれる時、悠と仁の最後の決着が幕を開ける。
