Tetsuya è ancora in cura per le ferite riportate nell'ultimo scontro, mentre Shiro, Boss e gli altri sono prigionieri del nemico presso l'Isola Vulcanica. Il dottor Kabuto, risoluto ad affrontare il nemico, decide di prendere il comando del Grande Mazinga. Venus, gravemente danneggiata, riesce a raggiungere l'isola nemica dove trova Boss, rimasto al sicuro in diparte e insieme salvano un Junior Robot immerso in un bel pasticcio.
Anche il dottore nel frattempo ha raggiunto la base vulcanica dove affronta con scarso successo i due mostri della marchesa Yanus, nonostante l'aiuto di Boss e gli altri.
Tetsuya, con un immenso sforzo di volontà, si alza dalletto e richiama il dottore alla base dove lascia il posto al pilota ufficiale che torna all'isola e sconfigge i due mostri di Mikene. La marchesa, colma d'ira per l'opposizione portatagli delle fazioni interne, decide di far saltare la base vulcanica ma gli eroi sono già in salvo.
「シロー、今のお前に必要なことは、じっと寂しさに耐えぬくことだ」(剣造所長) ジュンが大破寸前のビューナスAを操り、火山島要塞からシローやボスたちを救出。剣造も、負傷した鉄也の代わりにグレートマジンガーに乗り込んで出撃した。だが、一斉攻撃を受けて二人は窮地に陥ってしまう。それを知った鉄也は痛みを堪えて病床を離れ、隙をついてブレーンコンドルで脱出した所長と入れ替わる。
