ハンターのトキト、ミスズ、ヨウスケ、ジン、アイリ、ブライアンは、今日もガーデナーと呼ばれる無人機動兵器を狩り、生活の糧を得ようとしていた。ガーデナーとは、人類の排除を目論んだ月の執政官が放ったもの。人類を追い立てる、地球に住む人々にとっては日常と隣り合わせの身近な脅威である。『タウン』と呼ばれる街に住むだけの経済力がない、彼ら少年少女にとっては、そのジャンクパーツが唯一の収入源だった。この36世紀の地球において、タウンに住む大人たちは、皆そうやってドン底から這い上がって生きて来たという…。彼らもまた、その大人たちと同じような人生を歩むのだと考えていた。そう、トキトが『テア』『セレナ』という謎の美少女たちと出逢う今日までは…。 謎の女性セレナが落としたペンダントを届けようと、彼女の後を追い、危うくケンカに巻き込まれそうになったトキト。そんな彼を救ってくれたのが、もうひとりの謎の少女テアだった。「コウイチ…会いたかった…」。彼女はトキトをコウイチと呼び、その胸に飛び込む。彼がコウイチだと信じて疑わない彼女は、半年より前の記憶を断片的にしか覚えていないこともあり、どこか不思議な雰囲気…。鉄製のチェーンが自然と切れたり、アミューズメントマシンのスイッチが自動的に入ったりと、不可思議な現象を発生させていた。しかも彼女は、ガーデナー軍団の襲撃に際して全身を青白く発光させ、海中から謎の巨大人型ロボットを呼び覚ます…!! 果たしてテアは何者か!? 巨大人型ロボットの正体とは!?
「僕はこいつを…知ってる…」…テアが甦らせた、謎の巨大人型ロボット『ズィルバーオリンシス』。それを見上げ、トキトは感じていた。初めて目にするのに、これが初めてではない奇妙な感覚…。だがその意味を深く考える余裕などない。ズィルバーがガーデナー軍団の襲撃を受けていたタウンを救おうと、移動を開始したのである!! しかも大人たちは、ズィルバーとガーデナーの区別がついていない様子…。テアを体内に宿したズィルバーに、攻撃を加え始めていた。ズィルバーから聞こえてくるテアの声に混乱しつつ、とりあえず攻撃をやめさせようと、ハンター用マシン『クロウラー』に搭乗するトキト。そのガイドモニターに、発信者不明の謎のメッセージが入る。『トキト、テアを守って。ズィルバーを救って』 ズィルバーへの攻撃を止めさせようと、砲弾の嵐の中にクロウラーを投げ出したトキト。あわや撃墜!? そう思われた瞬間、彼をフォース・フィールドのバリアが救った。そしてそのまま、彼はテアが待つズィルバーの内部へ…。そこでテアと再会したトキトは、彼女に導かれるままガーデナーとの交戦を開始。ハンター仲間であるヨウスケたちを救い、瞬く間に軍団を撃破していった。その中でハンター仲間のブラインは表情を曇らせる。「オリンシスマシンが、どうしてこの時代に…!?」…果たして、彼の言葉の意味は!? 一方、トキトの活躍を大歓迎したヨウスケたちは、得体の知れないズィルバーを引き受け、正体のわからないテアを旅の仲間に加える事を決めていた。この先待ち受けるだろう、大変な冒険を予感しながら…。
成り行きでテアを旅の仲間に加えたものの、彼女の素性は依然不明のままだった。それどころか、コミュニケーションを取れば取るほど、彼女のミステリアスな部分はさらに深まっていく…。月を見上げ、理由も分からず涙を流す姿。どこか月が懐かしいという言動。力自慢のミスズを、軽々と投げ飛ばす腕力。たった一晩で、傷跡もなく完全回復してしまう治癒能力。何より、ズィルバーとシンクロする不思議な力…。果たして彼女は、月の人間なのか？ オリンシス現象でどこかの時間軸から飛ばされてきた存在なのだろうか…? そんな中、ブライアンは、彼女が発する名前にまたもや首をかしげていた。「コウイチ…まさかな」。そう、まるで『コウイチ』という名に心当たりがあるかのように…。 ソルトタウンへと向かっていたトキトたちに、ガーデナーの大群がまたもや襲い掛かった!! 迎撃に出る仲間たち。その中でトキトは、まだ自分の事を『コウイチ』だと思っているテアに、自分はコウイチではないときっぱりと言い放つ。だが彼女にとってトキトは自分にとってのコウイチでしかない。別人だと認識しつつ、彼を『私のコウイチ』として受け入れるのだった。そんな彼らの前に、謎の黒いズィルバー…『シュヴァルツ』が現れた!! 操縦者は、トキトがテアと会うきっかけとなった美女『セレナ』。彼女は、ズィルバーが受けたダメージがテアにフィードバックされると聞いて戦えずにいたトキトをサポート。ガーデナー軍団の撃退にひと役買う。そして一同に、すべてが待っているという南に行くよう提案するのだった。
謎の美女『セレナ』を加え、とりあえず南に向かうことにしたトキトたち。だがセレナが示した『空への扉』なる場所へは、まだかなり距離がある…。そこで、彼女が提案する無人の都市へと、補給のために立ち寄ることにした。苔やツタに覆われ、すっかり放棄された都市。そこは二千年前のものにも関わらず、メンテフリーで現在も尚、管理が行き届いている。食べ物も豊富で、パーツや衣服など物資も手付かずのまま残っていた。この都市の情報を集めていたブライアンに、セレナは教える。ここはかつて、シアトルと呼ばれた都市であった…と。さらに彼女はブライアンを「中尉さん」と呼び、彼が求める『情報』と引き換えに、ある取り引きを持ちかけた。それは何と、トキトとテアのデートだった。 トキトがテアとデートをしていると聞き、気が気ではないミスズ。そんな彼女の心配をよそに、二人はデートを楽しんでいた。初めて体験する映画。彼らを包む、ロマンチックなムード…。その一方でセレナは、この都市に潜んでいたガーデナーに、たったひとりで白兵戦を挑もうとする。二人の初デートは邪魔させない!! あの映画は、絶対に観ておかなければならないものなのだから…!! 全身キズだらけになりながら、デートを守ろうと必死なセレナ。彼女がそうまでする理由とは…？ キズだらけの自分を助けてくれ、さらに仲間だと認めてくれたトキトたちに親近感を覚える一方、彼女は自身が抱える『秘密』に、ひとり孤独を抱えるのだった…。
前回立ち寄った補給場所で、テアとデートしたトキト。セレナが仕組んだ事とは言え、その事実を知らない仲間たちには多少の混乱が残っていた。その中心にいるのは、トキトに淡い想いを抱くミスズ。気の強い彼女がすっかりヘソを曲げてしまったため、仲間の雰囲気がどこかギスギスしていたのである。トキトはもちろん、彼女の顔色を伺う仲間たち。リーダーのヨウスケは、そんなミスズにやんわりと注意する。一方、執政官が支配する月では、新たな動きが見られていた。執政官の配下の一人である『ボルフ』が、自分の能力を認めない執政官に痺れを切らしていたのである。そのため、独断で出撃する事を決意。執政官が求めるテアを連れてこようと、地球へと降下するのだった。 森林地帯に迷い込んだトキトたちは、ここからの抜け道を探そうとクロウラーで周辺の探索を開始していた。もちろんミスズもクロウラーに乗り込んで探索に出かける。彼女の振る舞いを心配してついて来たアイリ、ミスズと仲良くなりたいと考えていたテアと共に…。最初はテアに対し、ぶっきらぼうに答えていたミスズ。しかし三人での時間を共有するうち、次第に打ち解けていくようになる。そんな彼女たち、そしてトキトに、ボルフとガーデナー軍団が襲い掛かった!! 「ブライアン…生きていたのか!!」「やっぱりお前だったのか…ボルフ」。戦闘後もブライアンと懐かしそうに語り、彼を仲間に引き入れようとするボルフ。彼は最後にこう言い残し、ブライアンの前から去っていった。「ガーデナーは人類の敵ではない。地球の希望だ」…と。果たして、その意味は…!?
ヨウスケたちが目指していた『空への扉』。それは、軌道エレベータのことだった!! 軌道エレベータ…それは直接宇宙空間へと通じる、天を貫く超ロングサイズのエレベータのこと。静止軌道上まで延びているため、ロケットやカタパルトなど、大掛かりな打ち上げシステムがなくても手軽に宇宙空間へ到達することができる施設である。空への扉について、セレナからは「豊かな街があり、凄いマシンが手に入る」と聞いていたつもりだったヨウスケたちは、その真の意味を知って思わず愕然とした。何故ならそこは、レジスタンスが拠点とするポイント。常に、強いガーデナーと熾烈なバトルを展開するポイントだったからだ。そこで彼らは、レジスタンスのダラスたちと出逢う。 レジスタンスのリーダー・ダラスと、その右腕のドミニク、ガーデナーを研究するシュンノスケから、その驚くべき秘密を打ち明けられたトキトたち。ガーデナーとは、ただの兵器ではなかったのか？いや、実はそれを構成するパーツそのものに緑を育てる能力があり、地球の荒廃しきった大地を復活させるという役割が与えられていたのである。つまり人間は、自然復活の妨げにしかならない害虫としか見られていなかったのだ。 トキトたちを仲間に迎えたいレジスタンス。とりあえず行動を共にすることにしたトキトたち。そんな彼らの前に、新たなズィルバー『ゴルト・オリンシス』が現れる…。操縦者は、月の執政官。名は『コウイチ』。本物のコウイチの登場で混乱したテアは、トキトとの間で揺れ動きながら、彼をかばって傷を負ってしまう…!!
トキトたちの前に現れた、月の執政官。「自分こそ本物のコウイチだ…」…その思わぬ状況に、テアは戦闘中にも関わらず混乱した。しかもそのまま、執政官の攻撃からトキトを守るために身を投げ出してしまう。重傷を負ったテア。このままでは…。そこでセレナが両者の間に介入。テアを失いたくない執政官を説得し、一時撤退してもらうことにした。そんな中、戦場の一角では、ブライアンとボルフが再び相対していた。どうしてもブライアンを月の勢力に加えたいボルフ。彼は月の執政官が、本当に地球の未来を憂いていること、その偉大さを心底訴える。だがブライアンは迷いなく拒否。「今のオレは、イモの皮むき係のブラちゃんだ」と、仲間たちの元に戻るのだった。 手術中のテアをトキトが心配する中、レジスタンスとヨウスケたちの間では不穏な空気が漂っていた。問題はブライアン。ボルフとのやり取りがレジスタンスのひとりに見られ、一触即発の状態になっていたのである。彼はダラスにあっさりと答える。「スパイってのは、完全には否定できないな」。さらに続けた。自分が50年以上前の木星圏の生まれであること。ボルフとは士官学校からの親友で、共に『木星系国家連合体の特殊作戦軍』の士官になったこと。月の執政官を偵察するためボルフと出撃。その途中、月と地球を覆うオリンシスシェルを突破できず、オリンシス現象に飲まれてこの時代に飛ばされてきたことを…。だがその告白で彼らの関係が壊れることはなく、そのまま突然現れたガーデナーとの戦闘を開始。トキトも、セレナがサポートするズィルバーに乗り込むのだった。
治療中のテアに代わり、セレナがズィルバーに乗り込んで挑んだバトル。その強すぎる戦いぶりはレジスタンスのメンバーを活気付かせ、続々と賛同者を集めていった。10年はかかるかと思われていた大部隊の編成も、この一戦で見事に実現。ガーデナーを月から運んでくる『空への扉』の破壊作戦を、すぐにでも実行できる状況になった。そんな中でセレナは揺れていた。トキトに対する気持ちが高まる一方で、仲間のジンの身を案じていたのである。相変わらず、セレナに猛烈なアプローチをするジン。そんな彼の『運命』を知るセレナは、不安だけを募らせる。だが彼女のそんな想いなど関係なく、トキトたちはレジスタンス参加を本格的に決定。『悲劇』に向かい、まっすぐに運命を突き進んでいった。 「ねえズィルバー…どうして私を乗せてくれないの!?」…自分もテアやセレナのようにトキトを支えたい…苦悩するミスズ。しかし彼女の想いが届くはずもなく、一同は再びバトルに突入してしまう。空への扉に侵攻する途中、ボルフとガーデナー軍団に待ち伏せされてしまったのだ!! 未来を知るセレナは、ジンがこの戦いで命を落とすのを阻止しようと、彼を気絶させてズィルバーで出撃。これまで未来を変えないようにしていたが、ジンを救うために運命を変えようとする。しかし、未来は変わらなかった…。遅れて出撃したジンが、セレナを護るために犠牲になってしまったのである。未来は変えられない。それを認めたセレナは、自分の為すべき事を遂行するのだと決意。私は未来から来た…と、トキトに打ち明けた…。
ジンが戦死した…。その衝撃は、トキトたちの間に大きな波乱を巻き起こしていた。未来からオリンシス現象で飛ばされてきたと告白し、ジンが死ぬことも知っていたと告げるセレナ。彼女はトキトに好かれたい一方で、正しい歴史をなぞるために彼に嫌われ、あえて今は姿を消すことを選ぶ。仲間たちはジンの死を哀しみ、ひどく動揺。そんな中で執政官の立体映像メッセージを見たレジスタンスの人々は、同じ顔を持つトキトに不信感を露にした。記憶を取り戻したとテアが告白したのは、そんな中での出来事だった。テアは『アーティ』と呼ばれる人工生命体。一千年もの間、月を支配していた執政官の補佐官として尽くしていた…。その事実に、レジスタンスの人々は敵意のこもった目をトキトとテアに向ける。 テアをバケモノと呼び、執政官の子孫であると思われるトキトを手先だと決め付けるレジスタンス。リーダーのダラスはトキトたちに寛容な態度を垣間見せるものの、ここは規律を厳守するべき…と、ある決断を下す。テアを拘束する一方で、彼女の連行を阻止しようとしたトキトに、そっと囁いたのだ。「必ずチャンスをやる。夜まで待つんだ」…と。そして深夜、仲間たちの元を抜け出したトキトは、ダラスが下準備をしていてくれた事に感謝しつつテアを救出。執政官と決着をつけるために彼女と共にズィルバーで出て行ってしまう。その様子を目の当たりにしてしまったミスズは、彼がテアを選んだ事、置いてきぼりにされた事実に、激しく打ちのめされてしまうのだった。
バラバラになった仲間たちの心…。トキトとテアはすべての決着をつけるべく軌道エレベータへと向かい、その様子を目撃したミスズも、トキトを追って夜闇に飛び出す。何も告げられず、取り残されたヨウスケ・アイリ・ブライアンは、レジスタンスに残留することを強要されながら、「このまま放ってはおけない!!」と、さらに彼女の後を追うのだった。ジンの死と、セレナの裏切りにも等しい行為…。もはや元の関係を修復することはできないのだろうか…。そんな中、ミスズはボルフと出逢い、思わぬ決断を下す。トキトを奪ったテアが憎い…。彼女は、ブライアンに裏切られたからと、彼に復讐を誓うボルフに共感。共に、トキトとテアが向かった月を目指すことにする。追いすがるヨウスケたちを振り払いながら…。 その頃、軌道エレベータを守護するガーデナーを振り払ったトキトとテアは、ようやく内部への侵入を果たしていた。このままいけば、二人は宇宙空間に出ることができる…。だが軌道エレベータ内にもガーデナーが!! 一方、ボルフと共に月に到着していたミスズは、トキトと同じ顔を持つ執政官と相対していた。この人物がコウイチ…。改めて意識するミスズ。彼はテアを選んだトキトとは違い、自分をすんなりと受け入れてくれた。そして必要としてくれる…。執政官…いや、コウイチからの口付けを拒否しなかったミスズは、彼の誘いに心を揺るがせた。「キミだけのトキトだよ…」。この一言で求めていたパートナーを得た執政官は、ボルフを見捨て、いよいよ金色に輝くゴルトで出撃する…!! 同じ頃、宇宙空間へと飛び出したトキトた
ズィルバーを駆り、宇宙空間へと飛び出したトキトとテア。そんな二人を、突然謎の艦隊が包囲した!! 彼らは木星の艦隊。オリンシスシェルが消滅したため、調査に赴いたのである。トキトたちは、彼ら対して敵意がない事を告げるものの、目の前にいるのが『禁断の兵器・オリンシスマシン』であることを悟った連中はそれを認めなかった。だが彼らはすぐに知る事となる。本当の敵が誰であるかを…。ミスズを手に入れた執政官が、金色に輝くゴルトで木星艦隊の殲滅にやって来たのだ!! 執政官にとって人類はすべて敵。そしてミスズにとって、テアはトキトを奪った憎い相手。さらに執政官(コウイチ)は、彼女にとってのトキト。そのためミスズは、自分を裏切ったトキトとテアに敵意を剥き出しにした…!! トキトとテアがゴルトに手を焼いていた頃、地上では、仲間から外れたはずのセレナが奮闘していた。軌道エレベータを破壊しようとするレジスタンスを、ひとりで阻止していたのである。仲間たちの帰る道を閉ざさないために…。一方、ヨウスケやアイリと共に宇宙に出たブライアンは、拾われた木星艦隊旗艦の中で、思わぬ再会を果たしていた。かつての部下、当時は新兵だった提督が出迎えてくれたのである。しかも医療室には、執政官に見捨てられ、重傷を負ったボルフも…。ブライアンは彼に問う。執政官が二日後に、何をしようとしているのかを…。同じ頃、トキトはテアから、思わぬ事実を打ち明けられていた。かつてコウイチと呼ばれた人物が、すでに死んでいたことを…。そしてその犯人が、今、コウイチを名乗っている、あの男である…と!!
それは西暦2577年、月での出来事…。アーティの『アル』は、とある人間の青年をの命を奪った。彼の名は『コウイチ・アイザワ』。アルは同じアーティである妹のテアと共に暮らすことだけを考え、コウイチを亡き者にしたのである。だがテアはアルの元を離れ、時空の彼方へと消えていった。その後、アルはコウイチと名を変え、テアの行方を捜しながら地球と月をオリンシスシェルで隔離。地球再生計画を開始したのである。それは、今から一千年の昔の出来事…。そして今、テアはズィルバーに搭乗、アル(執政官)はミスズと共にゴルトに乗り込み、最終決戦に臨んでいた。一方、ブライアンたちも行動を移そうとしていた。ヨウスケはミスズの救出に、ブライアンとボルフは地球への攻撃を阻止するため、それぞれ木星艦隊の艦載機で出撃!! 砲弾飛び交う宇宙空間へと飛び出す…。 ヨウスケがミスズを確保した事で、ゴルトは金色のパワーを失っていた。しかしアルを説得しようとするトキトの言葉に彼は応じようとしない。そればかりか、月基地に設置されたオリンシスシェル発生マシンを暴走させてしまった!! このままでは、オリンシス現象が月そのものを飲み込む事になるだろう…。そこへ駆けつけてくるセレナ。彼女は明かす。自分が、実は未来のテアであった…と。そしてアルに再会するために、再びこの時空にやって来た…と。彼女はアルをそっと抱きしめると、そのまま運命を共にする事を決意。トキトたちには逃げるよう言い残した。だがトキトとテアはそうしなかった。一度は離脱したものの、オリンシスシェル発生マシンの暴走を抑えるべく、