2017年。とある屋敷の地下室で、白骨化した遺体13体が発見された。 遺体は子どものものと見られ、壁には特徴的な六角形の謎のマークが描かれていた。刑事の冴木仁（成田凌）たちは、遺体の身元確認と、屋敷の持ち主である灰川十三（小日向文世）の行方を追うことに。 そんな中、灰川を“父”と呼ぶ蓮水花音（吉川愛）が現れる。灰川とは、血のつながりも戸籍上のつながりもない花音だが、育児放棄を受けていた自分を救ってくれ、6年前まで“本当の家族”のように一緒に暮らしていたという。さらに、屋敷で暮らしていた子供は全部で19人いたと明かす。 花音の話を聞き、警部補の五味（黒木メイサ）や、巡査の鈴木（佐藤大樹）は、13体の遺体は、19人の子どもたちの誰かである可能性が高い、と考えていた。ところが、花音は「父は犯人ではありませんよ」と訴えて――。 時が経ち、2024年。若者たちが集まる繁華街では、1人の少女が行方不明となっていた。少女を捜す記者の森燈子（山下美月）は、刑事でなくなった冴木の元を訪れ、こう告げた。 「本当にあの事件はもう終わったんですか？」
2017年。灰川十三（小日向文世）の屋敷で、地下室に閉じ込められ餓死した13人の子供の遺体が見つかった。灰川は、過去に子どもたち19人を誘拐し、一緒に暮らしていたことが判明する。 事件の被害者である13人を除き、生き残ったのは刑事の冴木仁（成田凌）の弟・瀧本蒼佑（萩原利久）、蓮水花音（吉川愛）ら6人。所在がつかめていない神代健流（杢代和人）以外の全員が、灰川の犯行を否定した。 ところが、容疑者である灰川は後日、あっさり身柄を確保されることに。その手には現場に残された特徴的な六角形のマークが描かれてあり……！？ そんな中、何者かによって、花音が階段から突き落とされてしまう。病院に駆けつけた冴木に、花音は「私を突き落とした犯人は、灰川邸事件の犯人です」と伝える。そして、“新犯人”を見つけるべく、捜査を続けてほしいと願い出る。 7年後の2024年。行方不明となった家出少女・美来を捜す記者の森燈子（山下美月）は、灰川邸事件の現場に残された“リッカ”のマークについて、冴木に問いかけていた。 美来にも同じマークのタトゥーがあったことを明かした森は、「本当にあの事件は、もう終わったんですか？」と問いかけて――。
子供13人を殺害した疑いで逮捕され、自供していた灰川十三（小日向文世）が、留置場で首を吊っていた。刑事の冴木仁（成田凌）は、灰川の行動はすべて“真犯人”をかばうための可能性が高いのではないかと考えていた。 独自に捜査する冴木は、蓮水花音（吉川愛）が突き落とされた場所へ向かう。聞き込みをしていると、事故が起きた時間に“顔に傷がある男”がいたことがわかり……！？ 一方、灰川邸では、花音をはじめ、生き残った子どもたち――蒼佑（萩原利久）、マヤ（仲万美）、悟（松本怜生）、優磨（カカロニ栗谷）――で集まっていた。 「子どもたちを殺したのが父さんだなんて、どうしても思えない」と告げた花音は、さりげなく4人の表情を見て……。 “真犯人”について、悟が、現在も行方がわからない健流（杢代和人）の名前を挙げる中、マヤの背中に入った“リッカ”のマークのタトゥーが目に入った花音は、灰川邸での“ある記憶”に思いを巡らせる。 そして、他の子どもたちが去っていく中、一人その場に残る蒼佑で――。 2024年。記者の森燈子（山下美月）は、行方不明の家出少女・美来の手首に“リッカ”のマークがあったことを気にしていた。そこには、灰川邸事件で生き残った子どもたちの誰かが関わっているのではと考えていて……！？
冴木仁（成田凌）は、蓮水花音（吉川愛）に“顔に傷がある男”の写真を見せ、見覚えがないか尋ねた。男は、灰川十三（小日向文世）が死亡した後、署の周りの監視カメラに映っていた人物。花音が襲われた現場付近でも“顔に傷がある男”が目撃されていた。 男はリッカのマークを持っており、灰川邸事件の関係者である可能性が高い。冴木は、神代健流（杢代和人）ではないかと考えていたのだ。 写真の男が健流かどうかはわからない、という花音だったが――健流が、灰川をはじめ、ともに暮らしていた子どもたちを恨むことになったであろう出来事を語り出す。 さらに、健流から、灰川には血の繋がった“本当の子ども”がいる話を聞いたことがあると明かした花音。犯人は、灰川の実の子どもの可能性があると指摘し、灰川の過去を辿れば、事件の真相に繋がる手がかりがあるのではないかと言うのだった。 そんな中、冴木は、瀧本蒼佑（萩原利久）から、灰川の故郷にまつわる重要なヒントを聞くことに。 灰川の過去が少しずつ明らかになる中、ついに冴木たちは“顔に傷がある男”と対面することになる！
「諦めないでくださいね……何があっても」。“顔に傷がある男”に撃たれた蓮水花音（吉川愛）は、冴木仁（成田凌）にこう言い残した後、意識不明の状態に――。冴木は自分のせいだと責任を感じていた。 そんな冴木の元に顔を出した五味明日香（黒木メイサ）は、男を追っているがまだ見つかっていないことや、灰川邸事件の捜査が正式に再開されることを告げる。また、男と灰川十三（小日向文世）が共犯の可能性もあることを明かすのだった。 さらに五味は、冴木に、「公私混同には気をつけなよ」と忠告。知られざる花音の過去を語りながら、彼女の周りにはずっと死がまとわりついている、と言って……！？ そして、冴木や五味は、ある衝撃的な事実に辿り着くことに……！
2024年。記者の森燈子（山下美月）は、刑事課の五味明日香（黒木メイサ）を訪ねていた。2017年に起きた灰川邸事件について話を聞こうとするが、五味は“あんな終わり方をした”事件のことは話したくない、と言って――。 時は遡り、2017年。瀧本蒼佑（萩原利久）は、刑事の鈴木潤（佐藤大樹）に捕らえられていた。 鈴木をにらみつけた蒼佑は、「お前は誰だ？」と問いかける。 一方、冴木（成田凌）と五味は、灰川邸に飾ってあったサトゥルヌスの絵を購入したのが鈴木であることや、灰川が書いたと思われる日記に“ジュン”という子供がいたことが記されていたことを、改めて上司の川相（野間口徹）に報告する。 冴木は、鈴木の身柄を確保すべき、と訴えるが、上層部からは確実な裏付けが取れるまで鈴木の件は伏せる、と言われてしまい……！？
暴力を受けて育った子どもが、また暴力を振るうようになるなら、そんな負の連鎖は断ち切った方がいい。生きていること自体が間違っている――。 そんな鈴木（佐藤大樹）の言葉を受けて、冴木（成田凌）は思わず彼を殴っていた。制止する瀧本蒼佑（萩原利久）の言葉も届かず、ひたすら殴り続けていた…。そこへ五味（黒木メイサ）や捜査員が到着し……！？ 2024年。マヤ（仲万美）がビルの屋上で、何者かに襲われる―。灰川邸事件との関連を探る五味は、記者の森燈子（山下美月）に話を聞くことに。このことがきっかけとなり、五味は冴木と再会することになり……！？
「あなたは、何をしたんですか……？」 花音（吉川愛）と再会した冴木（成田凌）は、思わず問いかけていた。マヤ（仲万美）が殺害されたことや、美来という少女が行方不明になっていること。そのどちらにも花音の関与が疑われているからだった。 ところが、花音は「もう、冴木さんを巻き込むつもりはありません」と言って、行ってしまい……。 同じ頃、灰川邸のそばで白骨化した遺体が発見された。森（山下美月）は、これが美来ではないかと心配する。さらに、遺体が見つかった場所では、数日前に花音が目撃されていたことが判明し……！？ 後日。冴木と森は、悟（松本怜生）から話を聞いていた。悟は「健流（杢代和人）が、家族をバラバラにした」と言い、灰川邸での出来事について語り出す。 健流の過去が明らかになる中、灰川邸事件の生き残りの“ある人物”に危機が迫っていて――。
灰川十三（小日向文世）の故郷である蔵土村で、花音（吉川愛）を見つけた冴木（成田凌）。自分と一緒に“逃げること”を提案するが、そこへ顔に傷のある男が現れる。ナイフで襲われながらも、なんとか男を押さえつけた冴木だったが……。 「逃げろ、花音！」 思わぬ男の言葉に驚く冴木。そんな冴木を花音は悲しげに見つめた後、背を向けて走り出し……！？ そこへ、五味（黒木メイサ）が到着。男は殺人未遂容疑で現行犯逮捕されたが―。犯行動機や自分の身元について、一向に語ろうとせず…。一方で、灰川邸のそばで発見された白骨化した遺体は、健流（杢代和人）であることが判明する――。 そんな中で、霊園で花音と会ったことを黙っていたことを知られてしまった冴木。五味から、「これ以上深入りさせることができない」と言われてしまい……！？ 灰川邸事件の決着は自分がつける、と決意した五味は、健流の母・陽子（長谷川京子）の元へ。毎年誕生日当日には、健流から“黄色いカーネーション”が玄関の前に置かれていたと、陽子は話すが…。
花音（吉川愛）の前に現れたのは、健流（杢代和人）の母・陽子（長谷川京子）だった！灰川邸まで来てくれたことに感謝した花音は、「私がここで、全部終わらせます」と陽子に告げて……！？ 一方、警察では、優磨（カカロニ栗谷）の事故現場付近の道を後ずさりする陽子の映像を確認。五味（黒木メイサ）と川相（野間口徹）は、行方を追うが、陽子は自宅におらず仕事も休んでいた。 その頃、冴木（成田凌）と森（山下美月）は、灰川（小日向文世）の日記に書かれた13年前の真相をついに知ることに……！ 果たして、13年前に灰川邸で何があったのか？ 冴木は、花音と再び会うことができるのか？ 2017年の灰川邸事件から続いた一連の事件の行方はいかに！？
