2017年。とある屋敷の地下室で、白骨化した遺体13体が発見された。 遺体は子どものものと見られ、壁には特徴的な六角形の謎のマークが描かれていた。刑事の冴木仁（成田凌）たちは、遺体の身元確認と、屋敷の持ち主である灰川十三（小日向文世）の行方を追うことに。 そんな中、灰川を“父”と呼ぶ蓮水花音（吉川愛）が現れる。灰川とは、血のつながりも戸籍上のつながりもない花音だが、育児放棄を受けていた自分を救ってくれ、6年前まで“本当の家族”のように一緒に暮らしていたという。さらに、屋敷で暮らしていた子供は全部で19人いたと明かす。 花音の話を聞き、警部補の五味（黒木メイサ）や、巡査の鈴木（佐藤大樹）は、13体の遺体は、19人の子どもたちの誰かである可能性が高い、と考えていた。ところが、花音は「父は犯人ではありませんよ」と訴えて――。 時が経ち、2024年。若者たちが集まる繁華街では、1人の少女が行方不明となっていた。少女を捜す記者の森燈子（山下美月）は、刑事でなくなった冴木の元を訪れ、こう告げた。 「本当にあの事件はもう終わったんですか？」