士牙によってほぼ強制的に警視庁エクスアーム対策課に入れられてしまったアキラ。戸惑いつつも都内で自爆テロ事件が次々に発生し、アキラもその原因を探る事に。そんな中、爆破テロ現場の側で小春という少女と出会い、小春もテロの犠牲になりそうに!アキラは対策課のメンバーと連携して、犯人を捜すのだった。
Shiga practically forces Akira to join the Tokyo MPD's Anti Ex-Arm Squad. Akira's all at sea, but he and Rokuoin Chikage go on patrol around Tokyo, which is in full decay now, and meets a girl named Koharu. Meanwhile, several terrorist bombings happen in the city, and when Akira learns that Koharu might be in danger, he works with the rest of his squad and captures the culprits. Watching Akira's tireless efforts during the investigation leads the rest of the squad to accept him as one of their own.
Enquanto Akira tenta se acostumar com a sua situação, ele descobre que pode se tornar um alvo a ser destruído.
Akira en apprend plus sur les événements récents qui se sont produits à Tokyo. Une série d'attentats a eu lieu, et le gouvernement reçoit une nouvelle menace. Akira décide de coopérer avec la section anti-EX-ARM pour tenter de déjouer la prochaine attaque.
Selbstmordattentäter sprengen sich in Tokyo in die Luft, doch seltsamerweise ohne dabei Sprengstoff zu verwenden. Schnell wird klar, dass ein Ex-Arm damit zu tun haben muss. Als ein Bekennervideo bei der Regierung eintrifft, wird die gesamte Ex-Arm-Abteilung auf den Fall angesetzt.