紅婦人との戦いを制し、惑星サン・ジュエルを後にしたシキたちはヴァルキリーの死を受け止め、旅を続ける。エーテルギア”リーパー”の力が目覚めて得意気なレベッカは、エデンの湯でのぼせてしまい不思議な夢を見る。レベッカが気を失っている間にシキたちはエデンズゼロをつけ狙うドラッケン・ジョーのいる巨大都市型戦艦ベリアル・ゴアへの潜入を試みる。
A huge ship chases the Edens Zero and its crew, but who is it?
Shiki et son équipage, poursuivis par un mystérieux vaisseau géant, décident de prendre les choses en main et de l'aborder… Ils découvrent à l'intérieur un secteur entier de la planète Guilst qui a échappé au Croque-mitemps, et dont le maître est un certain Drakkhen Joe…
A nave Edens Zero passa a ser alvo de uma nave maior. Shiki e companhia decidem se infiltrar lá para descobrir o motivo.
Después de derrotar a la Dama Roja y dejar el planeta Sun Jewel, Shiki y sus amigos aceptan la muerte de Valkyrie y continúan su viaje. Rebecca, orgullosa de su despertar de Ether Gear "Reaper", se baña y tiene un sueño extraño... Mientras Rebecca está inconsciente, Shiki y los demás intentan infiltrarse en el enorme acorazado urbano Belial Gore, donde Drakken Joe está tras Edens Zero.
Dopo aver sconfitto Madame Kurenai e aver lasciato il pianeta Sun Jewel, Shiki e i suoi compagni accettano la morte di Valkyrie e continuano il loro viaggio. Rebecca, euforica per il risveglio dei suoi poteri di "Leaper" dell'Ether Gear, delira leggermente dopo aver fatto il bagno nella Spa dell'Eden e fa un sogno particolare.
Shiki und seine Crew, die von einem mysteriösen Riesenschiff verfolgt werden, beschließen, die Sache selbst in die Hand zu nehmen und es zu entern... Im Inneren entdecken sie einen ganzen Sektor des Planeten Guilst, der der Chronophage entkommen ist und dessen Herrscher ein gewisser Drakken Joe ist...