Dr. Z. startet einen erneuten Versuch Zeta Point zurück zu erobern. Er scheitert kläglich, kann jedoch mit Helgas Unterstützung fliehen. Seth hat derweil mehr Glück. Er konnte einen neuen Dinosaurier erschaffen: Einen Black T-Rex. Währenddessen erinnert sich Jonathan wieder fast vollständig und berichtet Rex von dessen Vater, Dr. Ancient. Dr. Ancient hat in der Zukunft - im Jahr 2126 - einen Stein gefunden, der aus mehreren Teilen besteht, die wiederum verschiedene Elemente darstellen. Mit der Energie dieses Steins wurde eine Zeitmaschine gebaut, mit der Dr. Ancient und seine Frau, Dr. Z, Zander, Ursula, Ed, Seth sowie Rod und Laura in die Vergangenheit reisten, um die Dinosaurier vor dem Aussterben zu bewahren. Doch Dr. Z und Seth verfolgten ihre eigenen Pläne und es kam zum Streit mit Dr. Ancient, woraufhin die Expedition abgebrochen wurde. Doch es kamen nicht alle zurück in die Zukunft ...
Mientras el equipo D busca la base secreta de los Alpha, se entera de que Rex proviene del futuro, un efecto secundario causado por la traición de Seth y del Dr. Z.