Yui, Haruna, Reiko e Akiko stanno visitando Detective Net e decidono di concedersi un "Tour del Mistero" sull'Orient Express, dove dovranno individuare il colpevole di un crimine. Virus corrompe però il treno, manomettendone i freni, e decide inoltre di togliere di mezzo I.R., senza il quale Yui non può trasformarsi in Virtuale. Il povero I.R. viene così rinchiuso nelle stive del treno da Virus, travestito da professor Moriarty; il mistero che dovranno risolvere Yui e le sue amiche sarà proprio la scomparsa di I.R. e solo se riusciranno nell'impresa il treno si fermerà, altrimenti finirà per schiantarsi all'arrivo. Yui intuisce che c'è lo zampino di un Corruttore, ma senza I.R. non può trasformarsi; per fortuna, sul treno trova Floppy, travestito da Sherlock Holmes. Yui e Floppy riescono a salvare I.R. e la ragazza può finalmente trasformarsi in Virtuale e sbarazzarsi di Virus. Il problema, ora, è riuscire a fermare l'Orient Express, il quale, nonostante tutto, sta continuando la sua corsa; la situazione è disperata, ma con l'aiuto di Rescue, che grazie alla sua abilità con le trappole individua l'improbabile nascondiglio del freno d'emergenza, i Virtuali riescono a fermare il treno.
Yui, Haruna, Reiko y Akiko están visitando al Detective Net y deciden hacer un "Mystery Tour" en el Orient Express, paloma tendrá que declarar al culpable de un delito.