車いす陸上に青春をかける森宮大志(奥野壮)。父親の源(つるの剛士)や幼なじみ(中村守里)に囲まれ、コーチの深井京(小芝風花)とトレーニングに打ち込む。そんなある日、空からイケメン宇宙人(林カラス)が降ってくる。さらに怪獣とそれを操る謎の異星人(水野美紀)が出現。その時、イケメン宇宙人から渡された結晶が光を発し、大志の体を包んでゆく。全身を特殊なプロテクターで覆われた大志は、怪獣に向かって突進する!
コーチの深井京(小芝風花)と車いす陸上の練習を続けながらも、使命の重さに苦しむ森宮大志(奥野壮)。一方、なぜかグー(林カラス)の意思を理解できる清名理央(中村守里)は、彼がアラート星での大虐殺から逃れてきたことを知る。そこに、グーの能力を悪用しようとラルー(水野美紀)と怪獣ラゲルトが出現、京が捕まってしまう。父親の源(つるの剛士)と工場の仲間が作った高性能車いすに乗って、ガンディーンが出撃する!
ショックを受けコーチを辞めようとする京(小芝風花)。そんな時、自分がいては皆を危険に巻き込んでしまうとグー(林カラス)が行方をくらます。必死に探す大志(奥野壮)、源(つるの剛士)、理央(中村守里)ら。なんとか救出に成功するが、そこにラルー(水野美紀)が出現。グーの隠れた能力を使って人類を抹殺するため、引き渡しを要求する。ガンディーンに変身する大志。ラゲルトとの最終決戦の火ぶたが切って落とされた。