Juans Erzfeind Virginio Orsini wird gefasst und sein Häscher, General Cordova, ausgezeichnet. Juan bittet seinen Vater, ihm die Bestrafung des Gefangenen zu überlassen. Rodrigo willigt ein, doch Juan plant, Kardinal Orsini zu erpressen. Cesare hat genug von den Machenschaften seines Bruders. Betrunken lauert er Juan auf. Es kommt zum Streit. Cesare ist kurz davor, seinen Bruder zu töten. Am nächsten Morgen kehrt Juans Pferd allein zurück. Juans Körper wird gefesselt, geknebelt und erstochen aus dem Tiber gezogen.
Cesare leads an investigative commission into Juan's death, but cannot find the guilty party and soon fears he himself killed his brother.
Désireux de rétablir la paix à Rome, Alexandre VI laisse à Della Rovere son cardinalat, apaisant ainsi les alliés de celui-ci. Enceinte, Lucrezia quitte le cloître. Juan est assassiné en pleine rue. Bien qu’il soit considéré comme le principal suspect, Cesare dirige les investigations. Ébranlé, Alexandre jure d’écouter ce signe que Dieu lui envoie et d’éradiquer une fois pour toute la corruption de l’Église. Cesare persuade son père de le laisser renoncer au cardinalat afin de pouvoir bâtir son empire Borgia en tant que soldat.
חואן דורש שוב מקורלה לרצוח את אחיו, צזרה, לאחר שזה גילה את סודו. אך מי שנרצח בסוף הלילה הוא דווקא חואן. צזרה פותח בחקירה בניסיון לגלות מי רצח את אחיו, ומזמן אליה את כל אויביו הרבים של חואן.
Lucrezia abbandona il convento perché aspetta un bambino da Pedro. La notizia manda su tutte le furie Cesare, impegnato nella ricerca dell’assassino di Giovanni; la morte del figlio getta Rodrigo nella disperazione e rilancia le ambizioni dello stesso Cesare, deciso a conquistare l’Italia e a creare l’impero dei Borgia.
Стремясь к восстановлению мира в Риме, Александр VI оставляет кардиналов Делла Ровере, тем самым снимая союзников последней. Беременные, Лукреция покинула монастырь. Хуан был убит на улице. Хотя он считается главным подозреваемым, Чезаре ведет расследование. Потрясенный Александр клянусь слушать то, что знак того, что Бог посылает и ликвидации раз и навсегда коррупции в церкви. Чезаре убеждает отца дать ему дать в коллегию кардиналов, чтобы построить свою империю Борджиа в качестве солдат.
Cesare comanda una comisión de investigación sobre la muerte de Juan, pero no puede encontrar al culpable y pronto teme que él mismo matara a su hermano.
Arbetare gräver fram Laokoongruppen, en staty gjord under det romerska rikets glansdagar. Statyn föreställer en överstepräst och hans två söner som blir angripna av giftormar.
