Peace appears to have returned to Bakugan City after the Brawlers made short work of the invading Mechtogan; however it doesn't last long.
Nachdem die Spieler mit den einfallenden Mechtogan kurzen Prozess gemacht haben, scheint der Frieden vorerst gesicht. Doch bald taucht ein neuer Feind auf: Wiseman! Er richtet mit seiner Crew von Nonet Bakugan verheerenden Schaden an und scheint ein Problem damit zu haben, dass Menschen und Bakugan friedlich zusammenleben. Die Spieler versuchen alles, um Wiseman aus ihrer Heimat zu vertreiben.
