Misaka 10031 wird im Gefecht mit Accelerator getötet. Als Tōma ihre Leiche findet, wird die wahre Natur der Klonschwestern enthüllt.
Thwarted in her attempt to sabotage Tree Diagram, Misaka takes her frustration out on a nearby lab that is part of the project. Meanwhile, Accelerator and #10031 carry out their experiment, while Kamijo searches for Misaka's missing sister.
『樹形図の設計者』――学園都市が誇る、『未来予測』すら可能な超高速演算装置。すべての始まりであるそのハイテクコンピュータをハッキングし、忌まわしき計画を阻止しようと施設に赴いた美琴は、そこで衝撃の事実を知ってしまう。すでに、『樹形図の設計者』は何者かの攻撃を受けて大破、稼働していない――。自分の為すべきことを見失った美琴は、半ば自暴自棄になりながらも、手近な施設に襲撃をかける。『樹形図の設計者』が壊れてしまったのならば、計画に関わるものをすべて潰してしまえばいい。だが、破壊の限りを尽くす彼女の目に映ったのは、施設内でモニタされていた実験の光景で――。一方、見失った御坂妹を探すうち、上条は、路地裏で信じられない光景に遭遇する。
10031번째 실험이 시작되고 시스터즈는 액셀러레이터에게 처참하게 살해당한다. 사망한 시스터즈를 발견한 카미조 토우마는 레벨6 진화 계획에 대한 사실을 알게 되고 충격에 빠지고, CCTV를 통해 실험을 목격한 미코토 역시 절망하는데…
Mikoto se desespera al darse cuenta de que con Tree Diagram destruido, no tiene forma de detener los experimentos.
Misaka 10031 rimane uccisa durante la battaglia con Accelerator. Quando Tōma trova il suo corpo, la vera natura delle Sisters viene rivelata.
Gedwarsboomd in haar poging om Tree Diagram te saboteren, neemt Misaka haar frustratie over op een nabijgelegen laboratorium dat deel uitmaakt van het project. Ondertussen voeren Accelerator en -10031 hun experiment uit, terwijl Kamijo op zoek gaat naar Misaka's vermiste zus.
Misaka 10031 zostaje zabita w walce z Akceleratorem. Tōma znajduje jej ciało i odkrywa prawdziwą naturę Sióstr.