Um Agnese zu retten, nehmen Kamijo und seine Freunde das Flaggschiff der Königin ins Visier. Beim Kampf wird er von den anderen getrennt und trifft auf Bischof Biagio.
Toma goes head-to-head with Bishop Biagio during an attempt to rescue Agnese. As the battle rages, the Queen of the Adriatic Sea is revealed to be a ship that can completely destroy Academy City.
天草式に救出された上条たちは、彼らの手を借りてアニェーゼ救出に向かう。『女王艦隊』に突入し、かつての仲間たちと戦うルチアとアンジェレネ。一方、旗艦である『アドリア海の女王』にたどり着いた上条とインデックス、オルソラは、艦内を壊しながらアニェーゼを探す。氷の鎧たちの攻撃を受け、ふたりとはぐれてしまった上条の前には、ローマ正教の司祭・ビアージオが現れる。「主の恵みを拒絶する」右手を持つ上条に、嫌悪感を隠さないビアージオは、十字架を使った術式を駆使して彼を追いつめる。一方、インデックスとオルソラはアニェーゼの囚われている中枢部へとたどり着く。驚くアニェーゼにルチアたちの言葉を伝えるオルソラ。しかし、そこにビアージオが現れ……。
Lucia et les Amasukas repoussent les nonnes de bataille tandis que Tōma, Index et Orsola continuent vers le vaisseau amiral. Alors que Tōma distrait une armée de golems de glace, il rencontre bientôt Biagio, qui utilise ses croix d'agrandissement magiques et sa magie de gravité pour le vaincre. Pendant ce temps, Orsola parvient à trouver Agnese mais est bientôt trouvé par Biagio qui révèle qu'il a besoin d'Agnese pour pouvoir utiliser les pouvoirs de la flotte pour détruire Academy City. Alors que Biagio les soumet, Tōma arrive et le renverse. Avec ses plans déjoués, Biagio active le sort d'autodestruction de la flotte qui provoquera une grande explosion. Tōma ordonne à Orsola de s'échapper avec Agnese et les autres pendant qu'il combat une fois de plus Biagio, le battant finalement et arrêtant le sort malgré le naufrage du vaisseau amiral.
El líder de la flota es el Obispo Biagio, su objetivo es en activar el hechizo "La reina del mar adriatico" cuyo poder puede destruir una ciudad. Touma decide enfrentarlo para salvar a Agnise. Luego de que la flota fue destruida, Touma e Index fueron enviados de regreso a ciudad academia y Agnise, Lucia y Angeline se unieron a Necessarius. Por otro lado en Roma investigan a Touma Kamijou si es una amenaza o no.
Per salvare Agnese, Kamijo e gli altri puntano all'ammiraglia della Flotta della regina. Combattendo, Kamijo si separa dagli altri e si trova di fronte il Vescovo Biagio.
Toma neemt het op tegen bisschop Biagio tijdens een poging om Agnese te redden. Terwijl de strijd woedt, wordt onthuld dat de "Koningin van de Adriatische Zee" een schip is dat Academy City volledig kan vernietigen.
Aby uratować Agnese, Kamijo i reszta biorą na cel okręt flagowy Floty Królowej. Podczas walki chłopak oddziela się od reszty i wpada na biskupa Biagio.