今年創立100周年を迎える、小中高一貫教育を行う由緒ある学園・五星学園（いつぼしがくえん）。今日も3年生の真中大成（岩﨑大昇）は、ヒーローの存在を夢見ながら学園生活を送っていた。 「秘密戦隊ゴレンジャー」をこよなく愛する大成は、学園の平和を守るべく、『学園防衛部』なる部を設立。部長を務めながら、ともにヒーローとなる残り4人の部員を日々勧誘し続けていた。 目下、大成が白羽の矢を立てようとしているのは、野球部のエースピッチャーで学園一の偏差値の持ち主・滝川雄亮（那須雄登）、バスケ部のエースで学園一の運動神経の持ち主・土門龍平（佐藤龍我）、ダンス部のスターで学園一の人気者・森村直哉（藤井直樹）の3人。実は大成は、3年連続で生徒会長を務める学園一のカリスマ・大浦飛馬（浮所飛貴）から、「部員が5人集まらなければ『学園防衛部』は廃部」と通告を受けていたのだ。 だがヒーローの存在など信じてもらえるわけもなく、バカにされるばかりだったある日、学園内で野球部3年の佐々木武が暴行されるという事件が起きる！ 血だらけで倒れている佐々木の傍らに、手に血がついた雄亮が立っていたことから、周囲は雄亮が犯人だと推測。しかし大成だけは、学園に潜む“魔人”によるものではないかと考える。 10年前、小学生だった自身を襲った“黒十字魔人”と、その恐怖から救ってくれたヒーローの存在を忘れられずにいる大成。その事件後に、亡き父・大志（関智一）から言われた「人は心が弱って道を踏み外したとき、誰かを傷つける魔人になってしまう」「いざってときは学園の平和を守れる強い男になれ」という言葉が、今の大成の行動原理となっていたのだった。 やがて大成は、報道部員の森村花（箭内夢菜）と、美術部員で人気の学生イラストレーター・桜井一嘉（金指一世）の協力を得ながら、野球部に潜むある問題を解明しようとするが…？
野球部を引退した滝川雄亮（那須雄登）が加入し、部員が増えた『学園防衛部』。部長の真中大成（岩﨑大昇）は、この調子で早急に部員を集め、なんとか『学園防衛部』の廃部を回避したいと考える。 そんな中、五星学園内で女子生徒の和田梓（栗原桃花）が髪を切りつけられる事件が起きる。「うぬぼれ女に天罰を下す」というSNSの書き込みを実行に移したのは“黒髪の花”という人物。被害に遭った梓の「変なバケモノ」という証言から、大成は魔人の仕業だと確信する。 「犯人を知っている」というバスケ部の土門龍平（佐藤龍我）に話を聞きに行った大成と雄亮。襲われた梓、相沢美菜（吉田伶香）、そしてダンス部の三島純加（新條由芽）が、学園一の人気者でダンス部の森村直哉（藤井直樹）に思いを寄せているということ、しかし直哉はこれまでにどんなに告白されても誰とも付き合ったことがなく、それは妹の花（箭内夢菜）と仲が良すぎるがゆえではないか、という話を聞き、“黒髪の花”の正体は花なのではないかと疑い…？ しかしそんな大成と雄亮の疑念を、花は真っ向から否定。二年生の桜井一嘉（金指一世）も「誰かが花を犯人にしようとしてる」と、親友の花をかばうのだった。 それならば、と直哉を『学園防衛部』に誘おうとする大成だったが、案の定玉砕。その矢先、2人目の女子生徒が髪を切られる！ 悲鳴を聞きつけた大成と雄亮はアカヒーローとアオヒーローに変身し、ついに“黒髪魔人”と対峙。しかし攻撃に手も足も出なかった2人に、「あの人は誰にも渡さない」という言葉を残し、“黒髪魔人”は姿を消してしまう。 そしてその様子の一部始終を見ていた生徒会長の大浦飛馬（浮所飛貴）は、不敵な笑みを浮かべ…？
廃部寸前だった『学園防衛部』に、アオヒーローとなった滝川雄亮（那須雄登）、ミドヒーローとなった森村直哉（藤井直樹）、そして妹の花（箭内夢菜）の3人が新たに集結。アカヒーローであり、部長の真中大成（岩﨑大昇）は、目標の5人まであと一人の部員を集めるため、バスケットボール部のエース・土門龍平（佐藤龍我）を勧誘し、「一緒に学園の平和を守ろう」と声をかける。 祖父母と暮らし、経済的に余裕のない暮らしを送る龍平は「ボランティアで人助けするほど暇じゃない」と一蹴。 そんな龍平のもとに“ヨーヨー魔人”が現れ、学園内で秘密裏に開催されていて、学園ポイントを簡単に稼ぐことができる危険なゲーム『ハイスクールヒューマンカジノ』へと誘う。 「あれが大成が言ってた“魔人”なんだとしたら、絶対ヤバいゲームだろ…」と、わかりつつも、貧しい現状から誘惑に抗えない龍平。さっそく翌朝、『報道部顧問・風見文人（長田成哉）の財布に入っているお札は1万5千円より多いか、少ないか？』という問題とともに、ゲームを開始してしまう！ 運良く最初の問題に正解しポイントを稼ぐものの、それを最後に連敗を重ね、ついに残りが3ポイントに…。なんとかポイントを稼がなくては、と焦る龍平の前に再び“ヨーヨー魔人”が現れ、ゲームの継続と引き換えに龍平の「大切なモノ」を奪っていく。 その日一日、龍平の様子がおかしいと感じていた大成は、桜井一嘉（金指一世）から龍平が部活を休んでいることを聞き、その原因を探ろうと…。すると、龍平が校内の学園ポイントが少ない生徒を捕まえて、なにやら頭を下げて回っていることが判明する。 “心が優しくて力持ち”、だからこそ龍平はキヒーローにもふさわしいと信じてきた大成は、すっかり変わってしまった姿にショックを受ける。「魔人に何かされたに違いない…」――そう確信する大成に、アカレンジャーは「仲間の力を信じろ」と声をかけるのだった。 その頃、龍平には“ヨーヨー魔人”から新たな指令が下されていた。それはバスケットボールに打ち込んできた者にとっては屈辱的なもの…。そしてこの卑劣なゲームの背後には、大浦飛馬（浮所飛貴）率いる生徒会の存在があった――！
日輪魔人に襲われた森村花（箭内夢菜）を守りたい一心からモモヒーローに変身できた桜井一嘉（金指一世）。父・正平（嶋大輔）にも、自分の心の葛藤を打ち明けられずにいた一嘉は、モモヒーローになれたことで本当の自分を解放できたような気持ちに包まれていた。 しかし一嘉は、モモヒーローになりたがっていた花を思い、もう変身はしないと決意。病院に駆けつけた真中大成（岩﨑大昇）、滝川雄亮（那須雄登）、土門龍平（佐藤龍我）にも、自分がモモヒーローになって花を守ったことは話すことができずにいた。一嘉から、日輪魔人が「お前たちが憎い」と言っていた、と聞いた大成たちは、花を傷つけた魔人を必ず見つけ出して倒そう、と誓うのだった。 やがて、五星学園は夏休みの補習期間に。 生徒の頭を怒って叩いてしまった動画が拡散されたことで、学園長・墨友団十郎（柳葉敏郎）の逆鱗に触れた数学教師の風見文人（長田成哉）。一方で理科教師の近杉真一（橋本淳）は、生徒から何をされても笑顔で返すことから「スマイリー」と揶揄されていた。 そんな中、学校に日輪魔人が現れ、テニス部、ラクロス部、サッカー部の生徒たちを一斉に襲う！ アカヒーロー、アオヒーロー、キヒーロー、ミドヒーローに変身した４人はそれぞれの武器で日輪魔人と戦うが、圧倒的な強さの前に手も足も出ず…。４人のヒーローで戦うのには限界があると感じた大成は、早急に花の代わりとなるモモヒーローを探そうと奮闘する。そんな姿を一嘉は複雑な思いで見つめ…？ 日輪魔人の正体を探っていた雄亮は、「お前たちが憎い」という言葉から、魔人の正体は生徒ではなく教師なのではないかと考えた雄亮は、ある教師に疑惑の目を向ける！
ついにアカヒーロー（真中大成／岩﨑大昇）、アオヒーロー（滝川雄亮／那須雄登）、キヒーロー（土門龍平／佐藤龍我）、ミドヒーロー（森村直哉／藤井直樹）、そしてモモヒーロー（桜井一嘉／金指一世）の5人が揃った『学園防衛部』。「学園の平和」を守ることを誓い合う5人の様子を生徒会長の大浦飛馬（浮所飛貴）は苦々しく見つめ、そんな飛馬に学園長の墨友団十郎（柳葉敏郎）は“黄金魔人”として「学園の美化」に励むよう命じる。 五星学園でオープンキャンパスが開催される中、学園を訪れた女性が魔人の戦闘員に襲われる。悲鳴を聞いて駆けつけた「ハイスクールヒーローズ」によって事なきを得るが、そこで助けた女性を「どこかで見たことがある」という一嘉。女性の素性と、結局姿を現さなかった魔人の正体を探ろうとしていた矢先、SNS上で「学園防衛部長のクズすぎる凶行」と題された動画が公開され、大炎上する。 そこに映っていたのは、無抵抗の戦闘員を一方的に痛めつける、マスクオフしたアカヒーローの姿。森村花（箭内夢菜）によって、動画は高い技術で合成処理された“ディープフェイク”だと判明するが、大成のもとには刑事が現れ、警察へ連行されてしまう！ 大成に会いに行くも、面会を許されず警察署から出てきた『学園防衛部』の顧問・天利清春（戸次重幸）の前に現れたのは、『週刊文夏』のライターをしている金井歩（片岡信和）。五星学園の卒業生でもある歩の協力を得て、大成を陥れた犯人を探し始めた『学園防衛部』はフェイク動画を編集したのが、報道部顧問の風見文人（長田成哉）だと突き止める！ 風見から動画の元素材を手に入れようとしたその瞬間！龍平と直哉、そして雄亮の前に“黄金魔人”が現れる！ ヒーローに変身し応戦するものの、“黄金魔人”の圧倒的なパワーの前に為す術もない3人…。そして、ようやく被害女性の正体をつかんだ一嘉には、“黄金魔人”の魔の手が忍び寄り…？ リーダーである大成を欠いた「ハイスクールヒーローズ」…。学園を美化しようと暗躍する飛馬＝“黄金魔人”から、平和を守ることはできるのか!?
一年前の事件をきっかけに学園長の墨友団十郎（柳葉敏郎）に弱味を握られ、以来墨友の右腕として働き続けなくてはいけなかった生徒会長の大浦飛馬（浮所飛貴）。その結果、“黄金魔人”となってしまった飛馬は、ある意味では被害者だと知った真中大成（岩﨑大昇）は、彼を“救う”ため、ハイスクールヒーローズとして“黄金魔人”を倒すことを決意する。 しかしこれまでの魔人たちとは比べ物にならない強さに、ヒーローたちは大苦戦。圧倒的な強さを見せつけたかと思った矢先、大成の「お前は本当の一番なんかじゃない」という言葉に動揺した飛馬は、苦しみながら変身を解除し、その後、なぜか再び“黄金魔人”に変身できなくなってしまう！ ヒーローたちと飛馬の戦いを遠くから見つめていた学園長秘書の鳴沢亜子（南彩加）は、事の顛末を墨友に報告。飛馬の中にある“大きな欠点”を確認した墨友は、不要となりつつある飛馬の「卒業」をほのめかし…？ その頃、『喫茶ゴン』では、飛馬との最終決戦を前に滝川雄亮（那須雄登）、土門龍平（佐藤龍我）、森村直哉（藤井直樹）、桜井一嘉（金指一世）が大成と金井歩（片岡信和）から、一年前に飛馬に起きた出来事について聞いていた。当時、飛馬が保健教師の灰谷十和子（小林涼子）と交際していたこと、その十和子が複数の男性に襲われ、それを助けようとした飛馬が逆に相手側から被害届を出されていたこと、そしてその一連の出来事をもみ消すために、墨友に服従せざるを得なかったこと――すべてを知ったヒーローズは、墨友の手から飛馬を守るため、行方をくらませた飛馬を探し始める！ しかし墨友が推し進める「学園の美化」計画は着々と進行していた…。やがて、飛馬を陥れた人物の正体が明らかに！ そしてある人物に、墨友の魔の手が迫る…！
夏休みが終わり、二学期を迎えた五星学園。学園長の墨友団十郎（柳葉敏郎）が極秘に推し進めていた「五星プロジェクト」と謎の魔人“黒十字魔人”がついに始動し、魔人アプリによって生徒たちが次々に洗脳されていた。 学園内で不良生徒として知られていた豪田景樹（佐藤新）もそのひとり――アプリによって墨友に忠誠を誓い、真面目キャラに変貌した景樹は、大浦飛馬（浮所飛貴）を排除し、新たな生徒会長に就任。“黄金魔人”となって、飛馬に襲いかかる！ さらに、学園の卒業生で文部科学省秘書官の後藤勤（鈴木裕樹）の尽力により、文部科学大臣の五星学園視察が実現目前に。後藤は大臣の視察を前に『学園防衛部』を排除するよう進言する。 その頃、『学園防衛部』でも滝川雄亮（那須雄登）らが景樹の変化に疑問を抱いていた。魔人の仕業ではないかと疑う雄亮と土門龍平（佐藤龍我）に対し、森村直哉（藤井直樹）は「飛馬も心を入れ替えたし、もう魔人は生まれないのでは？」と楽観視。しかし真中大成（岩﨑大昇）は、ラスボスともいうべき“黒十字魔人”の存在を確信し、それを倒さない限りは学園に平和は訪れない、と断言する。 「ハイスクールヒーローズ」が使っているヒーローアプリと魔人アプリの類似点に気づいた大成は、母・瑠璃子（中山美穂）から、アプリの開発者である父・大志（関智一）の死の真相を聞く。初めて聞く内容に驚いた大成は、大志のかたきを討つためにも学園長を倒すことを決意する！ 『学園防衛部』の解散を宣言した大成は、父のかたきを討つべく、ひとりある場所へと向かい…？
アカレンジャーの制止の声も聞かず、黒十字魔人との戦いに向かったアカヒーロー（真中大成／岩﨑大昇）だったが、黒十字魔人の圧倒的な力の前に惨敗。父・大志（関智一）の形見であるスマホも壊され、すべての記憶を消されてしまう！ 大成のもとへ駆けつけた滝川雄亮（那須雄登）、土門龍平（佐藤龍我）らは、瑠璃子（中山美穂）から、「大成は『学園防衛部』のことも、ヒーローのことも、幼い頃に魔人に襲われたことも覚えていないの」と聞かされ、がく然。懸命にヒーローだったことを思い出させようとするが、「ヒーローなんて実在するわけねえし。高校生にもなって信じるとか痛いだろ」と鼻で笑われてしまう。 "黄金魔人"＝豪田景樹（佐藤新）を倒し、学園長・墨友団十郎（柳葉敏郎）が政治を支配してこの国の征服しようとしていることを知ったギンヒーロー（大浦飛馬／浮所飛貴）たちは、アカヒーローを欠いたまま、その計画を止めるべく動き始めなくてはならず…？ 大成の記憶が戻る方法を模索していた雄亮は、大成が黒十字魔人との対決に向かう直前に、図書室で昭和50年の生徒名簿を調べていたことを知る。大成が見ていた名簿を確認した雄亮は、そこに「真中大志」の名とともに「天利清春（戸次重幸）」の名前を発見。大志と天利が同級生だったと分かり、ついに黒十字魔人の正体を知ることとなる！ 黒十字魔人と対峙した「ハイスクールヒーローズ」だったが、黒十字魔人の猛攻に耐えきれず、全員が重傷を負ってしまう…。絶体絶命かと思ったその時、「ハイスクールヒーローズ」の前に大成が現れる！ 果たして大成はすべての記憶を取り戻すことができるのか？ そして全ての陰謀を知った「ハイスクールヒーローズ」は真の黒幕にたどり着くが、五星学園に平和を取り戻すことはできるのか？
