舞台は村人の連帯が強固で一見平和な村に見える雛見沢村。ここに都会から前原圭一が引っ越してくる。新たな学校や友人と楽しい学校生活を送っていた圭一だが過去に村で起きた陰惨な未解決事件の噂を耳にしたことから日常は綻び始める。5年前、毎年6月に行われる夏祭り「綿流し」の日に、一人が死に、一人が消える怪奇な事件が起きた。それからこの怪奇事件は毎年起きるようになり、村では雛見沢村に祀られる神・オヤシロ様の祟りとして畏れられていた。 ―そして昭和58年、事件が始まって5回目の「綿流し」の日を迎え、人か祟りか偶然か、またしても事件は起き、圭一の日常も「見えない何か」に浸食され始めるのだった…。
圭一は自宅での大石との電話をレナに聞かれていたのではないか、という不安を抱き眠りにつく。 翌日圭一は風邪の引いたのか気怠さを感じ”入江診療所”へ向かった。 診察を受け帰路に着く圭一だったがどうしても疑念が収まらない。その疑念はレナだけでなく、部活メンバー、そして村全体へエスカレートしようとしていた。 そんな中、大石からの更なる事件への憶測。圭一は自分の身は自分で守る、と教室の片隅からバットを取り出した。
ある日、圭一はひょんな事からメイド服の様なコスチュームでバイトをしている魅音を発見。しかし、彼女はいつもの快活な態度とは裏腹に大人しい声音で魅音の双子の妹の詩音と名乗る。その後圭一は、詩音が実家のある雛見沢ではなく隣町の興宮に住んでいる事や魅音の家で近辺に強い影響力を持つ旧家・園崎一族の中で微妙な立場にいる事を知る。 やがて綿流し祭りの日、梨花の演舞を見ようとしていた圭一に詩音と富竹と富竹の恋人の看護婦で雛見沢の伝承に強い関心を持っている鷹野三四が接近。彼らは言葉巧みに圭一を誘って村人が梨花の舞に集中している合間を狙って、一般人は絶対に入ってはならないとされる祭具殿に潜入する。 やがて演舞の時間が終わり祭具殿から出る一同。富竹、鷹野と別れて魅音たちとの待ち合わせ場所に行こうとする圭一に詩音は問うた。「祭具殿の中でずっと聞こえていた物音が気にならなかったのか、と。」 その日を境に日常は、大きく変わっていくのだった･･･。
夜が明けて学校に向かった圭一を待っていたのは雛見沢の村長が失踪したというニュースだった。危機感を強める圭一だが、更なる衝撃が彼を待っていた。梨花が2人きりになった時に綿流しの日の演舞の時間に彼が何をしていたかを問いただしてきたのだ。重圧に耐え切れなくなって婉曲的に祭具殿に入ったことを認めた圭一に梨花は笑って「守ってあげる、だから死んだ二人のことは忘れなさい」と告げる。罪悪感に苛まれながらも帰宅する圭一。だが詩音からの電話が再び圭一を恐怖のどん底に叩き落した。行方不明になっていた村長は実は詩音から祭具殿の件で相談を受けていたのだ。 電話を切ると圭一は慌てて梨花の家に向かうが時既に遅く、梨花は同居していた沙都子ともども行方不明になっていた。
魅音やレナたちとの弁当製作対決にぼろ負けした圭一だが、その料理の腕の拙さをどうにかするために自炊に慣れている沙都子が圭一を指導する事になる。それを機に2人は以前よりも仲良くなり、沙都子は圭一を「にーにー」と呼ぶ。以前は失踪した沙都子の兄、悟史がそう呼ばれていた。 けれど、そんな穏やかな日々はすぐに終わりを告げた。かつて沙都子を虐待していた叔父が雛見沢に帰ってきて沙都子を梨花の所から引き取っていったのだ。叔父は叔母が殺された事件で恐れをなして雛見沢から逃亡していた。しかし、逃亡先でもある事件が起きたために再び雛見沢に帰ってきたのだ。 学校を休みがちになり、叔父にこき使われて心身ともにぼろぼろになっていく沙都子。だが、現実的な法律の壁により沙都子を叔父から引き離す事が出来ずに、周囲の手助けは沙都子の許へは届かない。公的機関への連絡も空振りに終わる。沙都子自身は叔父の虐待は失踪した兄が帰ってくるまでの試練だと思い込んでいる為か事情聴取にも非協力的だった。 しかしついに彼女の心が壊れるほど傷付いた姿を見て、圭一の理性は決壊。彼は1人、叔父の殺害を決意する。
殺害計画を練った圭一は土砂降りの雨が降りしきる綿流し祭の夜に、金属バットで叔父を殺害して穴に埋めて証拠を隠蔽する。 だがその帰り道、彼は偶然にも鷹野と会ってしまう。成り行きから彼女の車に乗って自宅にかえる事になる圭一。警戒しながら言葉を交わすうちに圭一は鷹野から自分と同じ殺人者の匂いを嗅ぎ取っていた。 互いに会った事を秘密にしようと約束して別れる2人。圭一は立ち去る鷹野を見ながら、死んでしまえと呪った。 翌日、これで沙都子も楽になれると思って明るい気分になる圭一だが彼を待ち受けていたのはとてつもなく奇妙な現象だった。 祭りに行かなかった圭一に仲間たちが昨日は楽しかったねと声をかけてくるのだ。まるで自分が本当に祭りに参加していたかのように話す皆の様子に戸惑いながらも、圭一は沙都子に声をかけた。 けれど沙都子の目は相変わらず死んだ魚のように濁りきっていた。そして彼女の口から、今朝も叔父に虐められたと聞かされた圭一の混乱は頂点に達する。 自分は狂っているのかと思って入江京介に相談する圭一はその弾みで、彼に叔父殺しを告白する。だが入江は圭一を理解する振りをしながら、看護婦に圭一は精神異常をきたしていると言った。それを盗み聞きした圭一は逃亡。その際に鷹野が死んだ事を知り、入江も死んでしまえと呪う。 だんだんと狂気に犯されていく圭一。殺したはずの人間が存在して、いないはずの自分が祭りで遊びまわっている奇妙な世界に悲鳴を上げながら、彼は昨夜の晩に死体を埋めた場所を掘り起こそうとする。 穴を掘っている途中、圭一は待ち伏せをしていたかのように現れた大石によって窮地に立たされる。逃げるわけにもいかず、大石の前で穴を掘り続けた圭一だが…。