La signora Anita Pensotti racconta di Colly, un bambino nato e vissuto in Inghilterra nell'Ottocento che ha deciso di entrare in contatto con lei e suo marito. Anche i coniugi Marzano, perugini, raccontano di una presenza sovrannaturale nella loro casa. Vengono intervistati esperti in materia.
La seconda puntata si interroga sull'aldilà e sulla sua reale esistenza attraverso tre casi di contatto: si inizia con la storia di Giuseppe Veraldi, 19enne che nel 1936 venne trovato morto sotto a un cavalcavia di Siano. Tre anni dopo Maria, una ragazza che passava su quello stesso ponte, cadeva in trance rivivendo l'accaduto. Vengono ricostruiti poi un incidente stradale avvenuto a Parigi nel 1980, in cui rimasero coinvolti due coniugi che hanno vissuto un'esperienza di distacco corporeo durante il periodo di coma, e la storia dei signori Dupret che, trasferitisi in una nuova casa in Normandia, vi avvertivano strane presenze.
Due simboli del mistero per eccellenza sono i miracoli e gli Ufo: di tali fenomeni si parla in questa puntata, partendo dalla storia di Delizia Cirolli e della sua guarigione miracolosa a Lourdes. Un servizio successivo è realizzato nella vallata di Esidaven in Norvegia, dove nel villaggio di Roros si sono verificati numerosi avvistamenti UFO.
Esiste un rapporto fra noi sulla Terra e i nostri cari che ci hanno lasciato? La prima storia di cui si parla in questa puntata è quella di Andrea Sardos Albertini, triestino scomparso nel 1981, la cui terribile sorte è state rivelata al padre Lino da una medium. La seconda, invece, riguarda il caso di una lettera apparsa misteriosamente da una stampante con un messaggio della figlia del signor Mancigotti, morta alcuni mesi prima.
Questa puntata è dedicata al legame fra uomo e natura: la prima storia è quella di Gioacchina Corrado, che racconta la percezione di un fenomeno di psicofonia nella propria abitazione. Viene poi proposta la vicenda di Alan, un ragazzo scomparso nelle grotte di Choranche e ritrovato grazie al radioestesista Jean-Louis Crozier.
Una puntata sul paranormale che incrocia la cronaca giudiziaria, come nei casi del sequestro Tacchella, del delitto dell'antiquaria Maria Sconfienza o della scomparsa di Ylenia Carrisi, figlia di Al Bano e Romina Power. Nel corso delle indagini alcuni indizi potrebbero essere stati forniti agli inquirenti da parte di sensitivi, medium o veggenti.
A "Misteri" si parla di fantasmi, a partire da quello del castello di Montebello di Torriana, la bambina Azzurrina, secondo la leggenda scomparsa nel 1375 durante un assedio: la sua storia è raccontata dall'attuale residente dell'edificio, Welleda Tiboni.
Tema di questa puntata sono i sogni premonitori. La vicenda di Luigi Concilio, che nel corso della sua vita ha avuto esperienza di vari episodi di precognizione. Un ulteriore chiave di lettura del mondo onirico è quella numerologica della tradizione napoletana, mentre nella seconda parte della trasmissione l'attrice Adriana Innocenti racconta il suo incontro con una donna misteriosa, in seguito identificata con la defunta Eleonora Duse.
Esistono gli angeli custodi? Dopo il racconto di Pierre Jovanovic, che afferma di essere stato salvato da uno di loro.
A partire da un storia di qualche anno prima, quella di un gruppo di scout che nell'entroterra genovese avvistarono tre sfere di luce a pochi passi dal loro accampamento, Lorenza Foschini realizza una puntata sugli UFO e extraterrestri.
La vicenda di Dario, un tredicenne introverso e con tanta rabbia repressa che con il solo potere della mente riuscirebbe a provocare il lancio di oggetti, è lo spunto per approfondire i cosiddetti fenomeni "poltergeist".
Lorenza Foschini introduce la puntata, dedicata alle visioni estatiche ed alle apparizioni mariane, con la storia di Debora, una ragazza di Manduria che racconta la propria esperienza mistica.
Nell'ultima puntata della stagione vengono affrontati i misteri della preveggenza e della chiaroveggenza. Si parla, naturalmente, della figura di Padre Pio, ma anche del misterioso Nostradamus, nonché di Papa Pio XII, che avrebbe previsto la riunificazione delle due Germanie, la caduta del comunismo e la diffusione dell'AIDS.
Una puntata speciale dedicata ai segreti degli sciamani. Lorenza Foschini conduce un dibattito sul tema dell'incontro/scontro del mondo occidentale con altre culture, permeate dal fenomeno dello sciamanesimo.
Un numero speciale del programma di Lorenza Foschini dedicato al fenomeno delle Madonne che piangono, all'epoca molto dibattuto in seguito al presunto miracolo di Civitavecchia, dove tra febbraio e marzo di quell'anno una statua della Vergine sembrò versare lacrime di sangue.