東京・大田区。羽田空港近くの町で、九十九さくら(真矢ミキ)は、古本屋「九十九堂」を営んでいる。古本屋の奥には“たまりば”と呼ばれる一室がある。ここでさくらは、行き場をなくして空腹で訪れる客に無料で親子丼を提供していた。 家出少女の二宮あざみ(吉本実憂)は、正木リエ(柳美稀)らと組んで非行を繰り返す毎日を送っていた。ある夜、ヤクザに追われて逃げ込んだ公園で腹を空かしたあざみは、リエが聞きつけた「ただで親子丼が食べられる場所がある」という噂を頼りにたまりばにやってきた。たむろしていたのは、少年院出所後、アイドルを目指す妹の夢のために貧乏ながらも懸命に働く君塚達也(今井悠貴)や、絵が得意だがコミュニケーションに難がある男性・玉置玄(矢野浩二)、さらに不良少年やひきこもりの少年など、少しだけ社会からはみ出した面々。突然訪れたあざみとリエに対し、さくらは深く詮索もせず温かい親子丼を差し出す。久々に食べる心のこもった手料理をむさぼるように食べる２人。しかし「泊まる場所がないから一晩泊めてほしい」という申し出を、さくらはかたくなに断った。 親子丼の美味さに感動したあざみは、反抗的な態度をとりながらもたまりばに通うようになった。ある日、たまりばに来ていたあざみは、達也に自分の生い立ちを話し出す。あざみは１歳のころ、生みの母親に殺されそうになり、それを止めに入った高校生のウェイターが巻き添えにあい殺されたのだという。何気なくその話を耳にしていたさくらは呆然と立ち尽くす。実はさくらの息子も、事件に巻き込まれて死亡していたのだった。運命のい
さくら(真矢ミキ)の古本屋「九十九堂」の「たまりば」に、昔よく親子丼を食べに来ていた佐伯風花(浅川梨奈)が3歳になる娘を連れて訪ねてきた。シングルマザーになった風花と数年ぶりに再会したさくらは近況をそれとなく聞くが、風花は「今付き合っている人がいて、一緒に暮らすつもり」と幸せを装った。しかしその話を聞いていたあざみ(吉本実憂)は違和感を覚える。あざみは以前公園で、ブランコに乗りたがる娘を激しく怒る風花を目撃していたのだった。明るく話す風花に、あざみは疑念を持つ。そしてさくらもまた、風花の親子丼の食べ方に注目していた。 そんな折、さくらは16年前に息子 悠平(大地伸永)を殺害した少女があざみの母親だと、俊太(塚田僚一)に話していた。俊太はさくらとあざみの運命を驚くが、そんなあざみを一緒に住まわせていいのかとさくらを心配する。しかしさくらは、悠平が命を懸けて守ったあざみを守りたいと涙する。 一方、居候していた友人のアパートを追い出された風花は途方に暮れていた。あざみが思った通り、風花は決して幸せな境遇ではなかった。幼い子連れのシングルマザーというだけで、住み込みの仕事や風俗店も断られ、行き場をなくしてしまった風花は、次第に娘にもさらに厳しく当たるようになる。そしてある日、さくらの差し入れを持って風花のもとを訪れたあざみは、信じられない光景を目にしてしまう…。
実家の九十九堂を離れ、今は雑誌の編集者として働いているさくら(真矢ミキ)の娘・恭子(本仮屋ユイカ)は、未成年の少女が起こしたリンチ事件の取材をしていた。加害者の少女は少年院に一年入り、今はまた遊び回っている。そして被害者の少女は人違いでリンチされた挙句、脳挫傷で今も意識が戻らず入院中だった。その加害者はリエ(柳美稀)で、恭子はリエと不良グループの非行現場を目撃。そしてその現場にはあざみ（吉本実憂）の姿もあった。 恭子は兄の法事について相談するために、久しぶりに九十九堂を訪れる。恭子は行き場のない人にたまりばという場所を作り、親子丼を食べさせるというさくらの行動にいまだに否定的だった。そのたまりばで偶然あざみを見つけた恭子は、リエの連絡先を問い詰める。さくらはその様子を見て気が気ではない。 ある日、たまりばで小学生3人が、担任の先生に腕や足をつねられたとさくらに青痣を見せていた。するとその場に、担任の御代川由希(大西礼芳)が現れる。由希は落ちこぼれや登校拒否の子たちを受け入れるさくらを非難し、3人を連れて帰っていった。しかし後日、そんな由希が「親子丼を食べさせてほしい」と再びたまりばにやってくる。髪をばっさり短くし、雰囲気が変わった由希。黙々と親子丼を口につめ込む様子を見たさくらは、ある違和感を覚える…。
さくら(真矢ミキ)の古本屋・九十九堂に、摂食障害に苦しむ小学校教諭・御代川由希(大西礼芳)の母・峰子(森口瑤子)が訪れた。たまりばにいる人たちを怪しく見ていた峰子は、由希もこの場所で親子丼を食べているとさくらから聞き、不快感をあらわにする。峰子は由希に決して九十九堂に近づかないよう警告するが、後日、由希が銀行やローン会社から多額の借金をしていることを知り驚愕する……。 そんな折、さくらは俊太(塚田僚一)が持っていた雑誌の記事から、恭子(本仮屋ユイカ)が未成年の少女が起こしたリンチ事件の取材をしていることを知る。その事件の加害者は、あざみ(吉本実憂)の不良仲間であるリエ(柳美稀)だった。恭子の記事を見て被害者がいまだに寝たきりの状態だということを知り、リエは苦しむ。「ウチの気持ちなんてわからないくせに」と言われたあざみは、自分の母親が人を殺したことを語り、泣いてリエを抱きしめるのだった。 一方、峰子のプレッシャーに耐えかねた由希は、ついに学校を無断欠勤するようになった。そんなある日、さくらの元に警察から一本の電話がかかってきた。摘発した風俗店関係者の中に由希がいたというのだ。さくらに助けを求めた由希は、峰子との縛られた親子関係を静かに話し始めた。そして泣き崩れた由希の手首に、さくらはリストカットの跡を見つける。極限まで追い詰められた由希を救おうと決心したさくらは、峰子に会いに御代川家を訪ねることにするが…。
自分の発言が元で、母のさくら(真矢ミキ)が亡き兄の部屋を跡形もなく片付けたことに落ち込む恭子(本仮屋ユイカ)。そんな恭子を必死になぐさめる俊太(塚田僚一)だったが、話の流れから口を滑らせ、あざみ(吉本実憂)が兄を刺した加害者の子どもだということを恭子に話してしまう。 たまりばに向かった恭子は、「あざみが家に入るのは許せない」とさくらに怒りをぶつける。しかしさくらは「あざみは悠平が命をかけて守った命」と話し、あざみにこの事を言わないよう強く口止めする。しかしその2人のやりとりを偶然、あざみが聞いてしまっていた…。呆然として店を出たあざみは泣き崩れる。 さくらの元に帰りづらくなったあざみは、リエ(柳美稀)たち不良仲間のもとにいた。しかし自暴自棄になったリエの体調が悪くなり、結局さくらに助けを求めるあざみ。九十九堂で看病する中で、さくらは恭子が取材している傷害事件の加害者少女がリエだったと知る。被害者が今でも寝たきりの状態であることを知り自暴自棄になっているリエに対し、同じく未成年が起こした事件の被害者であるさくらは、自身の気持ちをぶつける。その言葉を受け、リエとあざみはある行動に移す…。
さくら(真矢ミキ)は、自身との因縁を知ったあざみ(吉本実憂)に対しどんな態度を取っていいのかわからず、意識的に避けるようになった。そんな矢先、恭子(本仮屋ユイカ)が実家の九十九堂に戻ってきた。あざみを居候させるさくらの真意を知り、またジャーナリストとしての好奇心からの行動だった。急にあざみに対してよそよそしくなったさくらに対し、恭子は「母さんらしくない」と制した。一方あざみは、俊太(塚田僚一)の精肉店のアルバイトに欠員ができたと聞き、働くことにする。 ある日、“たまりば”に出入りしている剛志(柾木玲弥)がびしっとスーツでキメてやってきた。しかしこの日は、さくらは剛志に親子丼を作ろうとせず、「これから死にに行こうとするあんたに食べさせる親子丼はない」と突っぱねる。実は剛志は、ヤクザの兄貴分に組の若頭を襲撃するよう命令されていたのだった。憤然として九十九堂を後にする剛志を心配そうに見つめるあざみに、さくらは彼の悲しい過去を話す。剛志は崖から車で海に飛び込んだ一家心中の生き残りで、早く家族のもとに行こうと死に急いでいたのだ。剛志の身を案じたあざみは、翌朝剛志のアパートを訪ねる。するとそこで、衝撃の事実が発覚する…。
最近、さくら(真矢ミキ)の親子丼のリクエストがない。というのも、“たまりば”ではここのところ少年少女がピンポン大会に熱中していて、親子丼どころではない様子だ。盛り上がる様子を、あざみ（吉本実憂）も退屈そうな目で眺めていた。 そんな中、ピンポン大会の情報をＳＮＳで見た少年・東海林直晃(沖門和玖)が親子丼を食べにやって来た。久しぶりに親子丼を作り張り切るさくら。実は直晃は自宅で引きこもり状態で、母・美春(中島ひろ子)に暴力までふるうように。途方に暮れた美春はインターネットで見つけた自立支援施設に相談し、抵抗する直晃を半ば強制的に施設に入れてしまう。 自立支援施設の話は、恭子(本仮屋ユイカ)の編集部でも話題になっていた。親に代わって引きこもりの子どもを自立させるというビジネスが増える中、高額な料金を取りながらろくに教育をしない悪徳企業があるとの情報があり、恭子は取材に訪れる。その施設ではトレーナーの指示の元、厳しいトレーニングに耐える直晃の姿があった。 数日後、さくらの元に再び直晃が親子丼を食べに来る。むさぼるように親子丼を食べたあとも、どこか帰りたがらない様子の直晃……。しかしさくらはそれに気づかず、直晃を帰してしまう。帰り際、彼とすれ違った恭子から、直晃のことや施設の様子を聞いたさくらは、直晃を帰したことを後悔する。翌日、恭子と一緒に施設に乗り込むさくらだが…。
被害届が取り下げられ、さくら(真矢ミキ)の逮捕騒動は収まった。ラーメン屋でさくらがあざみ(吉本実憂)の育ての親について聞くと、あざみは自身のつらい思い出を語りだす。「そんなところ帰らなくていいよ」と優しく語りかけるさくら。 逮捕騒動の流れでインターネットに書き込まれた情報の中から、恭子(本仮屋ユイカ)は悠平(大地伸永)の事件の新聞記事と共に、「犯人、うちの町にいますけど」と書かれたコメントを見つけた。事件の犯人は、すなわちあざみの実の母親。しかも現在働いているというスナックの画像もはっきり写っていた。 さくらと恭子は悩んだ末、あざみにすべてを告げる。突然のことで混乱するあざみだったが、さくらと生活を共にして以来、ずっと間近で様々な母親の姿を見てきたことから、自身も実の母親に会って直接話をしたいと決断する。恭子に最寄駅まで付き添われ、スナックを訪ねるあざみ。 彼女を、母・花菜子が出迎えた…。
九十九さくら（真矢ミキ）は弁護士の三谷桃子（名取裕子）を訪ねる。16年前、高校生の息子が17歳の少女に刺され、命を落とした事件のことが自分の中でやっと整理がついたと報告するためだった。さくらは被害者の家族、桃子は加害者の弁護士だったが、いつしか立場を超え、信頼関係を築いていたのだ。
シェルターの子どもたちにも、親子の絆がきっとあるはず・・・。そのことを確かめるため、“子どもシェルター”「ハチドリの家」に残ることにしたさくら（真矢ミキ）は、食事を作るだけでなく、子どもたちの日々の生活にもあれこれと口を挟むようになる。子どもたちは誰もが迷惑顔だが、さくらは気にせず邁進する。
さくら（真矢ミキ）が通うようになってから、「ハチドリの家」の雰囲気に変化が訪れる。香（塩野瑛久）はチンピラたちを手玉に取って追い返したさくらを見て、すっかり心酔したようだった。女子たちも全員で食卓を囲むことが増えて以来、“女子会”で盛り上がることがあった。茜（柴田杏花）は心配してくれる川端（柄本時生）の優しさを自分への愛情と勘違いしていた。シェルターの子どもたちは、人に優しくされたことが殆どなく、その優しさが仇にならなければいいがと鍋島（相島一之）から聞かされるさくらだった。
クリスマス間近、さくら（真矢ミキ）は香（塩野瑛久）の今後について桃子（名取裕子）から悲しい事実を知らされる。暴力団の幹部だった父親が8歳の時に死亡し、母子家庭で育った香だったが、近々母親が再婚することになった。再婚相手は、暴力沙汰を起こし少年院に入っていた香を引き取るのを嫌がっているという。そればかりか、中学生の頃から何度も警察につかまった香に散々苦労した母親も、もう一緒に暮らすことは出来ないという。母親に捨てられた香は、淡々とした態度を見せるが…。
年が明けてすぐ、さくら（真矢ミキ）は出雲に出向いていた。話はさかのぼり正月のこと。貞子（井頭愛海）が「ハチドリの家」のリビングでテレビを見ていると、突然呻きだしたのだ。画面には初詣の参拝客でにぎわう出雲大社の様子が映っていた。貞子の足にはミサンガが結ばれていたが暴れた拍子に切れたようで、さくらがインターネットで調べると、出雲大社の“縁結びの糸”で編まれたミサンガだと判明する。
気持ちの晴れないまま出雲から「ハチドリの家」に帰ってきたさくら（真矢ミキ）を、貞子（井頭愛海）の出産が待ち受けていた。これまで一切言葉を発しなかった貞子が激痛に耐えられず、「痛い！ 死ぬッ！ 助けて‼」と大声で叫んでいる姿に驚くさくらだが、さらなる問題が起こる。頼んでいた助産師がインフルエンザで寝込んでしまったのだ。すでに赤ちゃんの頭が見え始めている状態で、さくらは直ちにシェルターで出産させる事を決意する。
「ハチドリの家」では、入居してから二か月位の間に次の進路を決める事になっている。桃子（名取裕子）は入居者一人ひとりと、今後の進路について面談する。さくら（真矢ミキ）も同席し見守る中、安易なことを考える者もいれば、まだまだ厳しい局面にいる者も。茜（柴田杏花）などは川端（柄本時生）の優しさを勘違いし、結婚すると言い出す始末。
さくら（真矢ミキ）は香（塩野瑛久）が窃盗団の一員として捕まったと知らされ、衝撃を受ける。香が無断外出を繰り返していたのを知っていただけに、自分を責めるさくらだった。その矢先、「ハチドリの家」に新たな少女が保護される。少女の顔を見て、驚くさくら。その少女とは…。