火星から持ち帰られたパンドラボックスという謎の物体。 そのハコから生み出された壁によって日本は三つに分断された。 それから１０年。物語の舞台はその首都のうちの一つ、東都。 スマッシュと呼ばれる怪人が人々の命を脅かしていた。 スマッシュから人々を救い、パンドラボックスに秘められた謎を追う一人の物理学者がいた。 彼の名は桐生戦兎。人は彼を仮面ライダーと呼んだ。
無実の罪を背負ったままの脱獄犯・龍我をバイクに乗せ、東都政府の前から逃げたビルド。 正義の味方であるはずの仮面ライダーは一転して、指名手配犯になってしまった。 カフェのマスター・惣一にドヤされながらも、ビルドこと桐生戦兎は、自分の記憶の謎解きにつながるかもしれない龍我を秘密基地に匿い事情を聴く。 龍我が殺したとされる科学者・葛城巧の部屋を訪れた際、龍我が葛城の死体を発見したタイミングで警察が踏み込んできた。 事件は仕組まれた可能性がある。 それ以上のことは語れない龍我のはずだったが、なぜか秘密基地から一人で逃げ出して―――。
龍我の冤罪事件に“鍋島”という男が浮上してきた。 龍我の恋人・香澄を利用して殺害現場へ行かせるように仕向けた男であり、スマッシュの人体実験場へ連れていく為に刑務所で龍我を眠らせたのも、その男だった。 つまり科学者の殺人事件とスマッシュには接点がある可能性が高い。 しかし、どうやって“鍋島”の情報を調べればいいのか―――？ 一同が頭を抱えていたそんなとき、意外な人物が名乗りを上げる。 それは、ひきこもりのマスターの娘・美空だった！
胸にコブラマークがある何者かに毒を打たれた戦兎は、人体実験の夢に再びうなされる。 その記憶の中で新たに思い出したのは、パンドラボックスの一面のパネルが人体実験場所にあったこと。 目覚めた戦兎はパンドラボックスが敵組織・ファウストにつながると察知して、美空にスカイウォールの惨劇に関する情報を集めるよう依頼する。 一方、龍我は自分の冤罪を晴らす手がかりとなる鍋島の家族の保護に向けて西都に到着する。 無事に鍋島の妻と子供を保護したかに見えた龍我たちの前にファウストが現れて―――。
記憶喪失である戦兎の面倒を見てきたカフェのマスター・石動惣一は、パンドラボックスのパネルを隠し持っていた。 そのパネルはファウストしか持っていないはずのもの。 なのに、なぜ石動が持っているのか？ 石動はその重い口を開く。 一方、ジャーナリストの紗羽は驚愕の情報を持ってカフェに駆け込んでくる。 なんと戦兎の過去を知る人物を見つけたというのだが―――！
龍我が成分を戻したことで、戦兎の過去を知る立弥がふたたびスマッシュに変わってしまった。 命を脅かしかねない龍我の行動に憤怒する戦兎。 拳を交えたケンカを始めた２人を止められる者はいない。 仕舞いには龍我がビルドドライバーを使い変身をしようとして―――。
立弥の証言によって、葛城巧殺害の容疑は、龍我から一転して戦兎にかかる。 記憶のない戦兎と同じ顔をした人物である“佐藤太郎”が、事件の日に葛城の部屋を訪れていたことが明らかになったのだ。 事実を知った龍我は気が気ではない。 今まで自分を匿っていた男こそが真犯人かもしれないからだ。 戦兎を問い詰める龍我と、龍我の口撃をかわす戦兎。 そんな２人に石動がある提案をする。 「だったら調べてみりゃいいじゃねえか、葛城巧を」２人の葛城巧に関する捜索が始まる。 やがて、葛城巧を知る鍵が北都にあることが判明して―――。
葛城巧こそファウストを作った張本人。 ブラッドスタークが告げたその言葉に戦兎と龍我は凍りついた。 葛城巧の殺害事件には大きな力が働いているかもしれない。 そして、それには記憶を失った戦兎自身が関わっている可能性があるからだ。 手がかりは葛城巧が母親に託したと思われるデータ。 ２人は巧の母親と話すなかで、そのデータの存在が確かなものだということを知る。 そのデータの在り処をめぐって、再びビルドとファウストの衝突が始まって―――。
葛城巧の母親から託されたデータにはPROJECT BUILD（プロジェクトビルド）というファイルが隠されていた。 そこには葛城巧の研究データの全貌があり、ビルドドライバーのシステムについての説明をする葛城自身の姿が映っていた。 ファウストの創設者である葛城がビルドを作っていたという事実は、何を意味するのか？ ビルドという「兵器」とも「正義」とも呼べる存在を巡り、戦兎と龍我が対立を深めて―――。
東都先端物質学研究所の研究員の裏切りにより、ビルドが研究所から離れた場所におびき出された隙に、驚くべき作戦が実行されようとしていた。 ファウストによるパンドラボックス強奪作戦だ。 東都の首相補佐官であり、ナイトローグというファウストを統率する立場でもある氷室幻徳の指揮のもと、ブラッドスタークによって作戦は遂行される。 戦兎から連絡を受けた龍我も研究所に向かうが、その前にはスマッシュが立ちはだかる。 一方、戦兎には研究所員が遺した言葉が引っかかっていた。 「葛城巧は生きている―――」未だ正体不明のファウストの刺客。 彼こそが葛城なのではと疑った戦兎は、パンドラボックスを奪い去ろうとするブラッドスタークにその疑問を投げかけて―――。
ファウストにパンドラボックスを奪われた上、ほとんどのフルボトルも奪われてしまったビルド。 それでもナイトローグは戦いの手を緩めることなく、残りのボトルも狙ってくる。 手元に残されたのはロックボトルとドラゴンボトル。 ビルドが変身できるのはキードラゴンフォームだけだ。 ただし、ドラゴンボトルのパワーは強大でベストマッチのロックボトルで制御しても戦い続けることは不可能だった。 八方塞がりと思われる状況の中、戦兎がひとつの可能性に触れる。 それによると、万丈がクローズドラゴンとシンクロできれば、ビルドドライバーで変身できるというのだが―――。
紗羽は難波重工のスパイだった。 軍事兵器としての“仮面ライダー”のデータを集めていたというのだ。 紗羽の情報から、難波重工とファウストとのつながりを知った戦兎たちは、パンドラボックス奪還に動きだす。 その戦いの中で、新しいベストマッチを実現するビルド。 一方、ファウストと東都政府とのつながりが明るみに出ることを恐れた幻徳は、予想もしない行動に出て―――。
鍋島からの電話に戦兎の表情が曇る。 鍋島が語ったのは万丈に殺人の罪を着せた黒幕の存在だった。 戦兎は誰にもその正体を告げることのないまま、地下の秘密基地に閉じこもる。 一方、幻徳はパンドラボックスを奪い去ったブラッドスタークと対峙していた。 パンドラボックスを見つけ出せば、北都や西都に対して優位を保てるからだ。 ボックスの在り処を問い詰める幻徳に、スタークは驚きの提案をして―――。
万丈龍我に殺人の罪を着せたとされたブラッドスターク。 戦兎は、そのスタークの正体が石動惣一だと見破った。 ボトルとパンドラボックスを奪って逃げた惣一を追いかけながら、戦兎の脳裏に過るのは惣一と過ごした日々だった。 仮面ライダービルドとブラッドスタークとしてもう一度対峙する二人の間には、悲壮に満ちた雨が降り注いで―――。
桐生戦兎 / 仮面ライダービルドと万丈龍我 / 仮面ライダークローズは、スマッシュの目撃情報を受けて現場へ向かうが、そこにこの世界には存在しないはずの新種のバグスターウイルスネビュラバグスターが現れる。戦いの中、龍我は謎の戦士カイザーが操る装置エニグマによって並行世界へ転送される。 龍我が転送された先はスカイウォールが存在せず、宝生永夢 / 仮面ライダーエグゼイドたちが存在する世界だった。エニグマの起動によって、ビルドの世界の地球にエグゼイドたちの世界の地球が送り込まれ、24時間後には2つの地球が激突し、どちらとも消滅するという状況に陥る。並行世界の存亡を脅かす危機に戦兎はレジェンドヒーローたちと力を合わせながら、衝突を阻止しようと試みる。
ブラッドスタークこと石動惣一からパンドラボックスの奪還に成功した戦兎だったが、東都政府首相代理の氷室幻徳が即座にパンドラボックス捜索に乗り出す。 戦兎には、石動の「氷室幻徳こそが本物のナイトローグ」という言葉が引っかかっていた。 つまり幻徳は、首相代理の立場を利用しながら戦兎たちを追いこむことができる上、パンドラボックスを奪還した際にはファウストとしてそれを兵器利用できるからだ。 こうして、ビルドＶＳナイトローグのパンドラボックスを巡る闘いが幕を開ける―――！
氷室幻徳から告げられた言葉は耳を疑うものだった―――！ 戦兎こそが「悪魔の科学者」であるという事実は、その心をひどく落ち込ませた。 人体実験を繰り返し、スマッシュという怪物を創り上げた張本人が自分自身だったのである。 突然の罪悪感を感じ始める戦兎。 一方、龍我も黙ってはいない。 自分の恋人を亡き者にした技術を創り出した科学者が戦兎だと知り、いてもたってもいられない。 龍我は戦兎を呼び出し「俺と戦え」と告げて―――。
ついに戦争が始まってしまった。 首相代理の座を利用して北都を煽った幻徳の策通り、北都がその牙を剥いたのだ。 東都政府はすぐに仮面ライダーを軍事兵器として起用するという発表を下す。 「戦争の道具になるつもりはない」戦兎の言葉には悲壮感が漂っていた。 なぜなら、この戦争を巻き起こした理由の一端を、仮面ライダーやスマッシュを創った葛城巧こと戦兎自身が担っているからだ。 果たして、戦兎が下す決断とは―――？
北都からの刺客、猿渡一海が握りしめていたのはスクラッシュドライバーだった。 スクラッシュドライバーは戦兎が開発したもので、北都には存在するはずがない。 なぜ一海が持っているのか！？ そんな疑問に応える間もなく、一海は仮面ライダーグリスへと変身を遂げた！！
間違いなく戦争の兵器になると言われたスクラッシュドライバー。 そのドライバーで変身したクローズとグリスが死闘を繰り広げた。 ビルドとクローズでかかったとしても、グリスの戦闘能力がそれを上回っているのが現状だ。 このままでは東都は北都に攻め込まれ、パンドラボックスやすべてのフルボトルを奪われかねない。 どうすればグリスに勝てるのか？ 戦兎は葛城巧が残した「PROJECT BUILD」のデータベースの中に隠しコマンドを見つける。 コマンドを開けない戦兎に幻徳は、かつて葛城が創ってしまったという“禁断のアイテム”の存在を告げて―――。
ブラッドスタークから戦兎に“禁断のアイテム”と称されるハザードトリガーが渡された。 暴走する龍我を止めるには、トリガーを使ってパワーアップを図るしかない。 しかし、ハザードトリガーが“禁断”と呼ばれる所以はその副作用にあった。 一定の時間を超えると自我を失い、目の前のものすべてを壊す破壊兵器になってしまうというのだが―――。
禁断のアイテム“ハザードトリガー”を使った戦兎は、真っ黒いビルド＝ハザードフォームへと変身を遂げた。 トリガーを開発した葛城巧の遺した言葉通りならば、ハザードフォームで戦いを続けると、自我を失ってしまう。 そしてその通り、龍我を止めるために使ったアイテムが、戦兎自身に牙をむく！ ビルドが戦闘中に意識を失ってしまったのだ。 三羽ガラスとのバトルを終えた戦兎の目の前には、信じがたい景色が広がっていて―――。
東都と北都は、戦争の被害拡大を避けるべく、1対1の代表戦で決着をつけることとなった。その1週間前、戦兎は惣一から貸し出された北都と西都のフルボトルの実験を重ねていた。そんな彼の前に内海が現れ、ビルドの新ベストマッチフォームを試そうとするが、グリスとは渡り合えそうになく、ハザードトリガーを使うしかなかった。ハザードフォームを強制的に解除する装置を作るために戦兎は危険を覚悟でハザードフォームとなり、暴走状態の時のデータを記録する。実験終了直後、東都のフルボトル保管場所が狙われているという情報を受け、戦兎が向かうとそこには死んだはずのバイカイザーがいた。
戦兎は北都と西都のフルボトルを駆使してバイカイザーを倒すが、その正体は最上魁星ではなく、人体実験を受けた者が変身したカイザーシステムをベースにして作り上げられたネビュラヘルブロスであった。戦兎はデータを基に強制的に解除する装置を作り上げ、そのスイッチを美空に押してもらうことを決める。一方、内海はビルドのフォームデータを基に西都の兵器となるヘルブロスを完成させる。
氷室幻徳が東都政府首相補佐官になる3年前、軍事力強化のため、学生時代からの友人で首相補佐官の布袋幸司に軍備増強を進言するが、平和主義で軍備に否定的であった布袋はそれを断る。そんな時、ある研究員が人体実験を行おうとしていることを聞いた幻徳は、その研究員・葛城巧を解雇処分にして、人体実験を秘匿するため、難波重工でネビュラガスの研究に就かせる。その一方で石動惣一は、幻徳がネビュラガスによって生物兵器を作ろうと目論んでいることを知る。布袋は幻徳の父である東都首相・氷室泰山から彼の後任となったことを幻徳に明かし、他の首都にパンドラボックスを明け渡すことで東都を平和な国に造りかえようとしていた。だが、布袋は惣一によって暗殺され、幻徳はこれが自分が望んでいたことであることを悟ると『ファウスト博士』の名前を冠した「ファウスト」と呼ばれる組織を創設し、「過去の自らの血を熱い野心によって蒸発させる」という意味の「蒸血」の掛け声でナイトローグへと変身する。
昏睡状態から復活した泰山によって東都を追われた幻徳は難波重工西都中央研究所を訪れ、自分がトカゲの尻尾切りにした元部下の内海に土下座までして仮面ライダーになるためのネビュラガスの人体実験を請う。しかしすでに西都の仮面ライダー候補は鰐淵に決まっており、幻徳はネビュラガス実験の被験者でハザードレベルの満たない者たちのいる房に収容される。そこで収容者たちから幻徳は連日暴行を受け、瀕死の状態になったため死体安置所に出されるが、そこで彼を助けたのはかつて自らが潰したファウストを追われた元研究員たちであった。スタークと内海が研究室を不在にしている間に幻徳は鰐淵を瀕死の重傷に追い込み、自らを仮面ライダーの新たな候補として認めさせる。
ネビュラガスを浴び、ハザードレベル3.5となった幻徳が仮面ライダーローグとして覚醒するには、ハザードレベルを4.0以上にしなければならない。幻徳がケージにいた他のライダー候補生たちを倒そうとしたところ、かつての部下が変身したエンジンブロスとリモコンブロスが現れ、ライダー候補生を襲う。ローグへと覚醒した幻徳はブロスたちを倒し、スタークをも倒そうと襲い掛かるが、強制的に変身が解除されてしまう。
東都代表のビルドと、北都代表のグリスの戦いが幕を開ける。 勝った方がパンドラボックスを手にし、戦争を制するのだ。 青羽を失った一海の覚悟は並大抵のものではない。 一方、戦兎も東都の街を守るため苦しみを超えて再び立ち上がった。 ハザードトリガーの使用は何としても避けたかったビルドだったが、グリスの爆発的な攻撃力の前にハザードトリガーに手を伸ばして―――。
東都と北都の代表戦は、一人の勝者も生み出すことはなかった！ 代表戦の隙を狙った西都が動き出したからだ。 西都の軍勢は、手薄になった北都に攻め入った。 そこは、グリスこと猿渡一海が所有する農場の仲間たちがいる場所。 一海はすぐさま北都に向かう。 さらには、龍我も加戦しようとするが戦兎がそれを止める。 代表戦を終えたばかりの自分たちが西都の軍勢を攻めれば、侵略行為になるからだ。 ビルドとクローズぬきで北都に到着した一海の前には、軍事兵器と化した最新の西都の戦士たちが立ち塞がって―――。
仮面ライダーローグの正体は元・東都政府首相補佐官である氷室幻徳だった。 東都から追放された幻徳は難波重工を頼り、そして西都の仮面ライダーになっていた。 「地獄を経験した」と語る幻徳の身に一体何があったのだろうか？ 一方で、戦兎の悩みは深くなるばかりだった。 「戦争の終結」を期待するたびに、また新しい戦いが幕を開ける。 背負ってしまった運命の皮肉さに落としかけた肩を支えてくれるのは、同じ境遇にある美空だった。 ところが、戦兎の想いを汲んだ美空の身体に急に異変が起こって―――。
仮面ライダーローグに完膚なきまでに打ちのめされたビルド、クローズ、グリスたち。 そんな彼らの前に現れたのは、今までと全く雰囲気の違う美空だった。 その瞳は緑色の輝きを放ち、今ビルドたちを倒したばかりのローグにおもむろに手をかざす。 そして―――。 信じられない光景を目の当たりにした戦兎は、その後、美空のバングルに秘められた謎に迫っていく。 そこには想像を超えた、ある想いが宿っていて―――。
1ヵ月後。内海は感情が排除された戦闘兵器としてクローンヘルブロスを完成させ、ホログラムのビルドハザードフォームを圧倒させるが、フルボトルの力によって強化する実際のビルドとは違うため、街へと繰り出し、彼をおびき寄せる。ビルドは、クローンヘルブロスに圧倒されるが、内海から渡された新たなフルボトルを使ってサメバイクフォームへと変身し、これを倒すが、内海は密かにナイトローグとなり、ボトルを回収する。
仮面ライダーローグからパンドラボックスを守るためにハザードフォームへとビルドアップした戦兎だったが、ハザードトリガーの影響で意識を失い、パンドラボックスを西都に奪われてしまう。 それどころか、遂には美空に襲い掛かったのだ！ その時、美空のバングルが再び輝きを放つ。 １週間後、西都との３対３の代表戦に臨むグリス・クローズ・ビルドのライダーたちだったが、西都のパンドラボックス強奪に関与した内部スパイの正体はまだ明らかになっていなかった。 代表戦を観戦する難波重工会長・難波重三郎が怪しくほくそ笑んで―――。
東都と西都の３対３の代表戦が始まった。 一試合目はグリスがエンジンブロスを倒し、東都が一勝をあげた。 そして、第二試合―――。 クローズの前に現れたのは、エンジンブロスとリモコンブロスの強さを合わせ持つヘルブロスだった！ 不意を突かれた万丈だったが、戦兎のため、そして戦争を終わらせるための決意を確かめ、拳を握りしめヘルブロスに猛攻を開始して―――。
東都と西都の代表戦の行方は、仮面ライダービルドと仮面ライダーローグの直接対決に委ねられた。 戦況はビルドが有利。 戦兎が新戦力であるラビットラビットフォームでローグを圧倒したのだ。 ところが、紗羽の裏切りによってラビットラビットフォームのデータが西都側に渡っていた。 次第にローグはラビットラビットフォームを攻略し始め、戦況が変わっていく。 さらに紗羽は自分が裏切り、西都にデータを渡したことを龍我と美空に告白する。 紗羽の狙いとはいったい何か―――？
代表戦の決着により、ようやく戦争が終わる―――。 誰もがそう思っていた。 しかし、戦争は終わらなかった。 それどころか、状況は悪化の一途をたどる。 難波重工と結託したブラッドスタークが遂に本格的に活動を始めたのだ。 東都が所有していたボトルのうち１０本をそろえたスタークはパンドラパネルにボトルを挿入し、パンドラボックスを起動し始める。 やがてスカイウォールが動き始め、予想を超える現象がビルドたちの目の前で巻き起こって―――。
『火星の王妃・ベルナージュ』と名乗る美空の身体に憑依した意志は、一瞬にして仮面ライダーたちを戦闘の場から避難させた。 そして、彼女の口から、万丈に対して気になる言葉が飛び出す。 「お前が希望になる……」パンドラボックスを取り戻すために再びスタークのもとへ向かう戦兎の戦いの一方で、ベルナージュの言葉を裏付けるように万丈に関するとんでもない事実が発覚して―――。
万丈龍我は人間じゃないかもしれない……。 紗羽の言葉に美空が凍りついたとき、当の本人はパンドラタワーの中でローグとのバトルに身を投じていた。 ローグによって語られるのは、龍我の恋人だった香澄に人体実験を施した目的だった。 その裏には、ブラッドスタークによる思惑があったというのだ。 龍我が人間でないことと関係しているのか？ やがて、スタークのもとに辿りついた戦兎たち仮面ライダーは、パンドラタワーを操るスタークによって翻弄される。 その時、龍我に異変が起こって―――！
龍我の体内に地球外生命体の遺伝子があることが、ついに本人に告げられる。 とり乱す龍我に対し、戦兎の脳内では、今までの龍我の謎のひとつひとつの点が線になっていった。 なぜ龍我が冤罪事件に巻き込まれたのか、なぜハザードレベルを急激に上げたのか、なぜパンドラボックスを操れたのか、そしてなぜブラッドスタークがずっと龍我の成長を狙っていたのか。 そして、ブラッドスタークが再びクローズに相対したとき、スタークの口から龍我の謎に迫るさらなる真実が語られて―――。
東都の首相・氷室泰山がさらわれた。 一体なぜ―――！？ その答えは、エボルトに憑依された石動惣一によってすぐにもたらされた。 「氷室泰山と引き換えに、エボルドライバーを用意しろ」エボルドライバーとは一体何なのか？ 困惑する戦兎たちだったが、紗羽が手に入れた戦兎の父親・葛城忍の遺した研究データの中から、エボルドライバーの設計図が現れて―――。
仮面ライダーエボルが誕生し、最初にその毒牙にかかったのは東都政府首相である氷室泰山だった。 パンドラボックスを開けるための、本格的なエボルトの活動が始まったのだ。 次のターゲットは戦兎。 エボルトは文字通り戦兎に毒を打ちこむ。 エボルト以外の誰にも取り除くことができない毒によって、戦兎の命には“期限”がつけられてしまう……。 戦兎の命と引き替えにした、エボルトの要求はただひとつ。 パンドラボックスと全てのボトルだ。 そのとき、残された仮面ライダーたちは―――！？
エボルトの遺伝子を分けた存在である万丈を利用し、エボルトは更なる進化を遂げた。 それだけではない。 ほとんど全てのフルボトルを手に入れ、さらにパンドラボックスも手中に収めたのも同然の状況だ。 エボルトの口から、万丈の真実を聞かされた戦兎だが「万丈を助けられるのは俺しかいない」と、決意を固めパンドラボックスを守ることを誓う。 戦いのカギは１本だけ残された最後のフルボトル。 氷室幻徳が持つフェニックスフルボトルだった。
エボルトの手元には６０本のフルボトルとすべてのパンドラパネルがそろった。 長い間そのエネルギーを巡っての奪い合いが繰り返されていたパンドラボックスは、いとも簡単に開放されてしまったのだ。 パンドラタワーは、凄まじい轟音をたてながら６階の頂上部分まで伸びきった。 そして地球上の全てを吸い取り始めた。 無力と思われたビルドだったが、そこに現れた人物が再びパンドラボックスを震わせた。 それは、ベルナージュが憑依した美空の姿で―――。
戦兎の作戦がうまくいけば、エボルトはビルドと共に消滅するはずだった……。 ところがエボルトは戦兎の身体をのっとることで、それを回避した。 そして、さらに大変なことが起きてしまう。 エボルトと同化していた龍我の身体からエボルトの遺伝子が抜かれたことで、龍我はクローズへの変身能力を失ってしまったのだ。 戦兎の身体を得て、さらに誰も寄せ付けないほどの強さを持ったエボルト。 クローズが変身できない状態で、エボルト攻略の道は残されているのだろうか―――？
ついにエボルトがフェーズ４という究極の姿に変貌を遂げた。 エボルト自ら“完全体”と呼ぶその強さは、常識を超えていた。 クローズ、グリス、ローグという３人の仮面ライダーが束になってかかっても、全く歯が立たない。 火星を滅ぼした究極の力を取り戻したエボルトを止めることはできるのだろうか？ そんな中、戦兎は葛城巧の記憶を取り戻して―――。
難波重工の科学者だった内海を取り込み、仮面ライダーマッドローグとして覚醒させたエボルト。 あらゆる惑星を滅ぼしてきたエボルトが、地球だけは直ぐに滅ぼさない選択をしていることに気付いたのは、葛城巧の記憶が戻った仮面ライダービルドこと桐生戦兎だった。 戦兎はエボルトが人間支配を遂げる前に、エボルトを倒すためのアイテムを開発しようと躍起になる。 その標的の中にはエボルトの遺伝子をもつ存在である万丈龍我も入っていて―――。
悪魔の科学者であり仮面ライダービルドのシステムを創った葛城巧の記憶が、戦兎に甦った。 巧は、ビルドに６０本のフルボトルの力を集中させる“究極”とも呼べるアイテム・ジーニアスフルボトルの発明に成功した。 だが、巧の精神のままではビルド・ジーニアスフォームは覚醒しなかった。 桐生戦兎として重ねてきたビルドの日々と、周りの人々に対する戦兎の想いが甦った時、ビルドは初めてジーニアスフォームへと変身を遂げた。 ジーニアスフォーム誕生はエボルトにとっても予想外の展開だった。 ところが、エボルトは既に次の作戦にうつっていた。 一海が持っている三羽ガラスの遺品（キャッスル・クワガタ・フクロウ）のロストフルボトルを奪おうと、突然エボルトが一海を襲撃して―――。
戦兎の父親であり、パンドラボックスや万丈龍我のことを研究していたとされる葛城忍が生きている―――？ その疑問に答えるように、龍我たちにはあるデータが託されていた。 葛城忍が記録したと思われるそのデータの中には、ビルドの設計に関するデータが残されていた。 さらには、ベストマッチの謎を解く記述も。 兎と戦車。 その２つはなぜ“ベストマッチ”とされているのか？ その真実を口にする戦兎の言葉に、美空の表情が変わって―――。
その私服のセンスから美空にnascitaを追い出された幻徳は、戦兎から強化アイテムのプライムローグフルボトルを渡される。だが、美空との約束を忘れていた幻徳は、半ば強制的に服の買出しに連れ出されるが、そこで亡くなった父の形見の革ジャンを着た少年・名波翔に出会う。そんな中、東都にエボルが出現し、戦兎の持つジーニアスを手品で缶からに変え優勢に追い込む。エボルの攻撃から翔の母親・裕子を助けた幻徳は、翔を勇気付けると、戦兎のビルドドライバーとプライムローグフルボトルを用いて仮面ライダープライムローグへと変身する。翔の声援を受け、幻徳はエボルを退却に追い込んだ。その後、幻徳は改心した翔から革ジャンを譲り受けるが、エボルの攻撃によって破損したプライムローグフルボトルの修理には1ヶ月を要するのであった。
戦兎の父親・葛城忍は生きていて、エボルトと行動を共にしている―――。 そんな憶測がビルド陣営にも湧き始める。 忍の目的もまた、エボルトと同じように黒いパンドラパネルにロストボトルを集めることだと分かったからだ。 忍こそが黒幕という可能性さえある。 それでも戦兎は一人、父親が考案した仮面ライダーというシステムの「正義」を信じていた。 そんな戦兎の前にもう一人のビルドが現れて―――。
戦兎の前に父親である葛城忍が現れた。 驚きを隠せない戦兎を前にして、忍はさらなる驚愕の告白を淡々と続ける。 自分が創り上げてきたビルドを根本的に否定されてしまう戦兎だったが、それでも忍を信じようとするのだった。 しかし、そんな戦兎と他のライダーたちの間には、少しずつ溝が出来はじめていた。 そんな中、石動に擬態したエボルトに美空が連れ去られて―――。
一海と幻徳は、戦兎たちと行動を異にして北都のファウストの実験場へ忍び込む。 そこに、エボルトにつながる何かがあるとにらんだからだ。 ところが、二人の侵入に気付いたマッドローグの一軍は瞬く間に２人を取り囲んでしまった。 一方、二人の後を追って実験場にたどりついた戦兎の前には、忍が変身したもう一人のビルドが立ち塞がった。 「何もできない自分を呪え。お前のせいで人類は滅びる！」と、完膚なきまでに息子を叩きのめす忍に言葉も出ない戦兎は、自分の無力さに焦燥感を募らせて―――。
４人の仮面ライダーたちが力を合わせ、ついにエボルトを倒した！ エボルトからは黒いロストボトルが生み出されたが、それを横取り同然に奪ったのは戦兎の父である葛城忍だった。 忍は戦兎たち４人を黒いパンドラパネルがある場所へと案内した。 そこで、忍の本当の目的を語り始めて―――。
突如、西都首相・御堂になりすましたエボルトが世界の破壊を宣言した。 自分自身の正体を明かしたのである。 それは、エボルトVS人間の最終決戦を意味していた。 戦兎をはじめとした仮面ライダーたちも闘う決意を固めた。 勝利の鍵を握るのは、忍が遺したデータから戦兎が導き出した白いパンドラパネルだった。 そして、エボルトの惑星破壊が始まった。 最後のロストボトルを賭けた闘い。 仮面ライダーたちはエボルトのいる、パンドラタワーの頂上を目指す！
「変身してはならない」と言われたブリザードナックルを使って、一海はグリスブリザードへと変身を遂げた。 それは、一海の最期を意味していた。 クローンの三羽ガラスたちを前に最後の心火を燃やす一海。 その最期を一海にとってのアイドル・美空が見届けて―――。
仮面ライダーグリス・猿渡一海の消滅を知った戦兎たちの前にエボルトが現れた。 ついに地球の存亡をめぐる最終決戦が始まるのだ。 仮面ライダービルド、仮面ライダークローズ、そして仮面ライダーローグ。 ハザードレベルを上げ、持てる全てをエボルトにぶつける仮面ライダー達。 しかし、エボルトは１０本の黒いロストボトルを再び手に入れ、真の姿へと進化を遂げる！ そして、最後の言葉を口にするのだった。「地球よ、チャオ！」
１０本のロストボトルをはめたホワイトパネルをパンドラボックスと融合させることによって、戦兎はもう一つの世界＝「エボルトが存在しない世界」を生み出した。 あとは次元の狭間にエボルトを閉じ込めるだけだ。 しかし、同じ遺伝子をもつ龍我がエボルトに組み付いたままその狭間の中に姿を消す。 呆然となる戦兎に、記憶の中の葛城巧が呼びかける。 「万丈龍我の言う通り、エボルトの遺伝子を持つ彼が一緒に滅びるべきだ」果たして、戦兎が下す決断とは―――？
クローズチャージとグリスの決闘の最中に北都三羽ガラスが乱入する。一海はそれを反則だったとして、詫びにクマフルボトルとテレビフルボトルを龍我に渡した。その後nascitaに戻ると北都から一海たちの助っ人に来たという生方 直進（うぶかた まっすぐ）という男が店内にいた。直進は戦兎からボトルを強奪すると、美空を人質にとる。「カシラ（一海）に恩がある」という直進はアイススマッシュへと変身する。戦兎もビルドとなって応戦するが歯が立たず、美空からクマフルボトルとテレビフルボトルを受け取りクマテレビフォームとなって応戦、アイススマッシュを破った。 そこにグリスが現れビルドと決闘が始まるが直進に制止される。その時テレビハーフボディのテレビからてれびさんが直進の過去を映し出した。直進はかつて北都で祖母の生方 喜三代（うぶかた きみよ）と2人で農業を営んでいたが祖母が農作業中に心臓の痛みを訴えて倒れ、病院へ連れて行こうとするが北都政府の兵に制止されてしまう。そこに一海が現れ兵を薙ぎ倒し、なんとか祖母を病院へ送り一命を取りとめたことができたという過去があった。それ以来一海に心酔した直進は彼らの仲間となるため、「戦場へ向かう覚悟の表れ」として名前入りのドッグタグを持参し、東都まで追ってきて、一海がボトルを回収していることを知った直進は、彼に恩を返すため、スマッシュになったのだった。それを知った戦兎はクマフルボトルとテレビフルボトルを直進に渡し、祖母の下に帰るように伝えた。それを承諾した直進はボトルを一海に返し、代わりに自分のお守り代わりであったドッグタグを一海に渡すのだった。
愛と平和のために桐生戦兎 / 仮面ライダービルドがエボルトと激闘を繰り広げている中、伊能賢剛率いるブラッド族が暗躍を始める。東都、西都、北都の都知事になったブラッド族はエボルトに代わって地球滅亡を企み、邪魔なビルドを倒すためにビルド殲滅計画を始動し、日本の全国民を洗脳して暴徒化させてビルドを襲わせる。それにより、戦兎の仲間である石動美空と滝川紗羽も敵と化したうえ、猿渡一海 / 仮面ライダーグリスと氷室幻徳 / 仮面ライダーローグも捕まったばかりでなく、戦兎の相棒である万丈龍我 / 仮面ライダークローズもブラッド族の手先になってしまう。 龍我が戦兎を倒してハザードトリガーを手に入れると、伊能は仮面ライダーブラッドに変身し、パンドラボックスをも手に入れようと画策する。 史上最悪の危機に、ビルド最後の実験が始まる。
高校生活を過ごす常磐ソウゴ / 仮面ライダージオウを明光院ゲイツ / 仮面ライダーゲイツとツクヨミが追いかけていたが、ソウゴは記憶が混濁しており、普段とは異なる人格になっていた。その途中、アナザーデンライナーが墜落、その中からアナザー電王が出現した。しかし、正気を取り戻したソウゴはゲイツと共にアナザー電王に立ち向かう。 同じころ、1人の少年シンゴを襲うアナザーWに桐生戦兎 / 仮面ライダービルドと万丈龍我 / 仮面ライダークローズが応戦。その途中、前の世界の記憶を失ったはずの猿渡一海 / 仮面ライダーグリスと氷室幻徳 / 仮面ライダーローグが加勢する。しかし戦いの後、幻徳は突然戦兎たちのことを、ツクヨミはソウゴたちのことを忘れてしまった。 一方、ソウゴは仮面ライダーが大好きな少年、久永アタルと出会う。アタルは謎のイマジン、フータロスと契約していた。 そのころ、アナザー電王、アナザーWを裏で操っているスーパータイムジャッカーのティードは暗躍を始め、戦兎を洗脳し、ジオウとクローズが対処している間にグリスを倒し、シンゴを連れ去ってしまう。 シンゴが敵の手に落ち、一海も負傷した絶体絶命の状況の中、アタルは「仮面ライダーは、現実の存在じゃない」という衝撃の事実を、戦兎とソウゴに伝えるのであった。
新世界にエボルトの兄であるキルバスが襲来し、かつてエボルトに奪われたパンドラボックスを取り戻そうとする。その最中で、猿渡一海 / 仮面ライダーグリスたちはかつての記憶を取り戻すが、万丈龍我 / 仮面ライダークローズの前にクローズの記憶を持つ馬渕由衣が現れる。
