Devenu chef de la Sûreté Parisienne, l'ancien bagnard François Vidocq s'est entouré d'anciens compagnons d'infortunes. Un de ses anciens compagnons de chaîne, Louis Desfossé, est compromis dans une affaire de meurtre et vient lui demander son aide : il est accusé d'avoir assassiné l'homme qui l'avait engagé. Après l'avoir aidé à s'échapper, Vidocq doit retrouver des lettres compromettantes pour la soeur de Napoléon, détenues par Fouché. Très vite, il apparaît que le "meurtre" de Desfossés et ces lettres sont liés : La victime, Rouvelart, détient les lettres et s'est fait passé pour mort pour ne pas le devenir, menacé qu'il est par le réseau auquel il appartient. C'est après avoir découvert l'imposture que ce réseau le capture et que Vidocq rencontre pour la première fois la baronne de Saint-Gely.
Le fait qu'un ancien bagnard soit devenu membre de la Police déplaît à une grande partie de cette administration. Alors, lorsque plusieurs courriers arrivent chez Mr Henry, dénonçant Vidocq comme maître chanteur, sa situation se complique particulièrement. Mais, cela n'est rien en comparaison du meurtre de l'un de ses accusateurs. En réaction, celui-ci enquête sur une mystérieuse organisation caritative qui chasse tous les mendiants qui viennent à ses portes : ses responsables sont Roxane de Saint-Gely et un certain François Vidocq... Pour les confondre, il se fait passer pour un riche trafiquant d'armes, qui ne tarde guère à être arrêté par des policiers véreux.
Joséphine de Beauharnais fait appel, en secret, à François Vidocq car son plus beau collier de diamants a été dérobé. Etonnamment, celle-ci a donné sa confiance à la baronne de Saint-Gely. Après une enquête rapide, Vidocq découvre qui est l'auteur du cambriolage : Mosco l'Alchimiste qui, à ses moments perdus, perce les coffres qu'on lui indique. L'ayant retrouvé, Vidocq est arrêté par de faux gendarmes qui l'amène en prison pour être exécuter à la place de l'Alchimiste. Se rappelant de son passé, il finit par s'évader déguisé en femme. Il ne lui reste plus qu'à découvrir le lieu où la Baronne a caché le collier. Mais, ce n'est pas si simple...
A la suite de nombreuses attaques de brigands,le préfet de Région fait appel à titre officieux à Vidocq pour mettre fin aux vols. Il a notamment reçu une lettre alarmiste d'un maire qui appèle au secours. Vidocq se rend alors sur place sous les traits d'un bucolique membre de la Préfecture, plus intéressé par la chasse aux papillons que par les affaires policières. Malheureusement, les Chauffeurs ayant pris le contrôle du village, Vidocq doit redoubler de ruse pour les confondre. Il utilise alors un moyen infaillible pour y parvenir : semer la zizanie et attendre...
Avec le retour du Roi, c'est le service de la Sûreté qui est menacé. Pour éviter tout soucis, Mr Henry envoie Vidocq enquêter à Bargeville où l'on découvre après les combats entre Bonapartistes et Royalistes plus de morts qu'il n'en faudrait. Vidocq met à jour une vaste organisation qui tue et remplace les nobles émigrants pour les spolier de leur fortunes. En parallèle, la Baronne de Saint-Gely a fait installer à son domicile Flambart pour couvrir ses coupables activités. Très vite, Vidocq est amené à suspecter la Baronne...
Le nouveau préfet de Police envoie Vidocq et Flambart à Toulon pour rétablir la sécurité dans la ville. En effet, en raison de la disette, les bagnards commencent à s'agiter : certains même disparaissent sans crier gare. Le chef de la Sûreté interroge un ancien compagnon de chaînes, Ploche, qui par peur des représailles ne lui dit rien. Pour gagner ses confidences, il le fait échapper et rend Flambart complice de cette évasion. Par reconnaissance, celui-ci lui avoue que les Banquiers du Crime sont derrière cette montée de violence. Se faisant alors passer pour l'un d'entre eux, il se rend à leur repère, où il est capturé. Il reçoit alors la visite de leur chef avant d'être exécuté...
Alors que Napoléon est revenu pour 100 jours à la tête de la France, de faux billets circulent en masse à Paris. Manque de chance pour lui, l'Alchimiste est accusé d'être le responsable de cette circulation et est condamné à mort. Vidocq et sa brigade mettent donc tout en oeuvre pour le faire évader et découvrir qui se cache derrière l'émission de fausse monnaie. Hélas, celui-ci, étant presque sûr de découvrir la formule de la pierre philosophale, se concentre sur son travail. Il ne reste plus alors à Vidocq qu'à s'allier à la pègre Parisienne pour découvrir les fautifs de ce trafic : la plaque d'impression de la Banque de France a été remplacée par une fausse ! Fouché confie alors à Vidocq et à son nouvel agent, la baronne de Saint-Gely, le soin d'aller chercher la véritable plaque chez les Chouans. Mais, Roxane est-elle enfin devenue honnête ?
Alors qu'il doit faire face à sa plus grande bataille, Napoléon est menacé par un complot visant à l'assassiner. Fouché charge le chef de la Sûreté d'empêcher l'attentat et de découvrir qui sont les responsables. Pour ce faire, Vidocq engage le sosie de Napoléon afin de servir de cible. Se baladant anonymement mais non discrètement dans le sillage de l'Empereur, il espère attiré à lui les conjurés. Mais le faux Napoléon est enlevé...
lors que le camps royaliste ne fait plus confiance en Fouché, celui-ci, encore ministre de la Police, charge Vidocq de ramener les bijoux du Roi en France. Arrivé en Belgique en compagnie du marquis de Modène, celui-ci est éconduit sans ménagements par l'entourage du Roi. Manquant de peu d'être arrêté, les 2 hommes se réfugient chez la baronne de Saint-Gely, qui les aide à s'enfuir. Jugeant cela louche, Vidocq décide de jouer son va-tout : voler les bijoux du Roi pour les ramener en France. S'il réussit, la Sûreté ne sera pas dissoute, mais s'il échoue...
Un complot royaliste, téléguidé par la baronne, désire remplacer le Roi par son frère. Prévenu de manière anonyme, Vidocq, qui a vu son autorité remise en cause par le nouveau régime, est éconduit par le nouveau chef de la Sûreté : Flambart ! Enquêtant (encore) pour son compte, il découvre rapidement qui sont les membres du complot, mais est capturé, ainsi que Desfossés, par la Baronne. Ses compagnons mettent alors sur ses indications un plan de bataille, dont la pièce centrale est un certain Bastien, guérisseur de son état qui reçoit les visites nocturnes de l'Archange Gabriel. Hélas, peu à près leur évasion, Vidocq et Desfossés sont arrêtés par l'Occupant autrichien qui décide de les fusiller avec le reste de la brigade...
Un ancien bagnard croit reconnaître en la présence d'un colonel de l'armée un ancien compagnon de bagne. Immédiatement après avoir prévenu la Sûreté, il est écrasé par un fiacre, convaincant Vidocq de la véracité de ses dires. Son enquête le conduit alors à reprendre ses activités "malhonnêtes" pour s'intégrer au réseau du Colonel : ce dernier organise des cambriolages chez les personnalités du Royaume pour dérober objets et documents. Ceux-ci sont récupérés par des espions anglais. Lors d'une tentative de cambriolage, Vidocq et Flambart sont arrêtés par la police...
De retour à Paris, la baronne de Saint-Gely a développé un service politique particulier : l'arrestation des opposants bonapartistes. Pour ce faire, elle a créé une confrérie secrète qui a pour but d'installer sur le trône de France, le Roi de Rome ! En parallèle, on charge Vidocq de réduire le nombre de duels qui ont considérablement augmenté sur la capitale. Alors, lorsque le mari d'une vieille amie doit laver son honneur au cours d'un d'entre eux, le chef de la Sûreté décide d'enquêter et de l'empêcher de se faire tuer.
La société des Vigilants exige de ses membres un retour à l'ordre moral. Sous leur influence, Vidocq démissionne de la Police pour fonder, avec les membres de sa brigade, une papeterie. Sa réussite attire malheureusement l'ire des habitants voisins, suspectant la présence d'anciens bagnards de tous les maux. Alors que la foule en colère est manipulée par la baronne, Flambart vient demander de l'aide à son ancien chef : il n'arrive pas à comprendre les raisons d'une effraction spectaculaire sans vol chez un notaire. La situation se complique lorsque le cadavre d'un membre de l'étude notariale est retrouvé à proximité de la fabrique de Vidocq...
