Marcelino cherche toujours à retrouver sa mère. Le renard Rufo l'envoie interroger Nurse la cigogne puisque c'est elle qui livre les bébés. Marcelino réussit à grimper tout en haut du clocher, dans le nid de la cigogne, mais Nurse ne sait pas d'où il vient. À cet instant la cloche se met à sonner, projetant Marcelino hors du nid et Frère Ding-Dong doit venir le sauver. Pendant ce temps, au château, le Duc, perpétuel-lement en colère, réclame des petits oiseaux pour son petit déjeuner, oiseaux que Caliban le chasseur doit lui apporter dès le lendemain. Marcelino, remis de ses émotions, part dans la forêt avec Léo le chien et Tata son ami le rouge-gorge, pour interroger encore Candela. Tata se fait prendre dans les filets de Caliban avec une douzaine d'autres oiseaux. De retour au château, Caliban les enferme dans une cage : ils seront rôtis demain matin ! Au cours de la nuit, Marcelino réussira à pénétrer dans le château et délivrera les oiseaux.
Une fois de plus, la poule Remé vient de pondre un œuf en or. Le coq n'en peut plus et exige qu'elle jette cet œuf dans le puits. Marcelino, témoin de cet acte cruel, tombe lui aussi dans le puits. Il atterrit dans un monde mystérieux avec des rivières souterraines et un lac de mercure, habité par des lutins menteurs, des monstres etc… Après bien des déboires, Marcelino réussira à s'échapper de ce cauchemar, sauvé par son frère-de-nid, Boni, le gypaète... Mais, est-ce vraiment arrivé, ou ne s'agit-il que d'un rêve ?
Les moines sont affairés à préparer une surprise pour le 6ème anniversaire de Marcelino. Tous ses amis animaux le félicitent, mais Marcelino est triste, il pense qu'il ne sert à rien, qu'il n'a encore rien fait de sa vie. Candela essaie de le réconforter, lui rappelant tout ce qu'il a fait : sauver l'œuf de l'aigle, les animaux lors de la Grande Chasse, les enfants dans la forêt, Jeudi, Don Silvino le fantôme... Mais elle ajoute aussi qu'elle ne peut l'aider à retrouver sa mère et qu'une seule personne le pourrait... Arrive alors le Dr Matéo qui l'emmène à la gare chercher Jeudi le magicien venu tout exprès pour lui. Le soir, tout le monde est réuni autour du gâteau de Marcelino, mais, dans la nuit, Marcelino apporte du gâteau à son "ami du grenier" lequel lui demande quel serait son vœu le plus cher. Lorsqu'il répond qu'il voudrait retrouver sa mère, le Christ lui dit "Viens avec moi". Le lendemain matin, les moines découvrent la disparition conjointe de Marcelino et de la croix.