Gyldengrød tryller for at få ryddet op inden Pyrus ankommer, men kommer i tanke om hvordan Pyrus er. Kong Frederik d. 7. er på besøg da Pyrus kommer og giver Gyldengrød en forskrækkelse.Josefine får en fyreseddel, da arkivet skal moderniseres, og alt skal på edb. Bertramsen og Josefine vil bevise at nisser findes, for at bevise arkivets berettigelse. Pyrus skal skrive opgave om hvem nisserne er.
Kandida er morgenfrisk og får navnet Kandis. Bertramsen sætter alarmen igang i det nye edb-rum. Kandis og Pyrus skal på biblioteket efter bøger og får Josefine til at bære dem hjem.
Gyldengrød synes Kandis er dejlig, det synes Pyrus ikke. Han vil have juleferie. Bertramsen og Uffe maler edb-rummet, men bliver syge af malerdampene. Nisserne tryller sig ind i en bog og møder Eva, den første kvinde. Derefter møder de en af verdens første nisser.
Bertramsen og Uffe er stadig dårlige, måske også af at sove på kontoret. Josefine fortæller Uffe om nisser, men det tror han ikke på. Nisserne rejser ind i de islandske sagaer, hvor de redder en nisse. Uffe har fået alle sine computere, men de virker ikke for Bertramsen har taget en vital del.
Uffe har arbejdet på sine computere hele natten. Bertramsen aflevere den manglende del, men den forsvinder igen. Det er Pyrus som har taget den, men Uffe anklager Bertramsen. Nisserne besøger Elverkongen og Pyrus danser med elverpigerne. Bertramsen får en grundig indføring i computere af Uffe.
Gyldengrød har lavet et bad, så alle må en tur under bruseren. Da Kandis og Pyrus er i arkivet samtidig med Uffe og Bertramsen, bliver Kandis opdaget af Bertramsen. Bertramsen tror han har set syner, og er dårlig resten af dagen. Pyrus og Kandis besøger en nisse i 1500-tallet.
Uffe har lukket for vandet, for han synes der drikkes for meget kaffe i arbejdstiden. Nisserne besøger en tjenestepige som er lovet betaling for at drille nissen. Nissen driller dog igen og de to ender med at komme overens. Birger er stadig forvirret over alt som sker omkring ham.
Pyrus driller så Kandis taber grødskålen. Det får Pyrus til at spise i arkivet, men Bertramsen er ved at fjerne grøden. Pyrus får dog spændt ben for ham, så han ikke tør gå i arkivet igen. Uffe laver en test af Josefine og Bertramsen, og er forundret over deres effektivitet. Ingen af dem ved dog at det er nissernes skyld. Pyrus tryller videre og det går ud over Uffes bærbare computer.
Uffe har glemt at låse døren til sit computerrum, og det kan Bertramsen ikke stå for. Han sletter alt, men computeren tager et billede af ham. Josefine redder ham dog, men Uffe mistænker stadig Bertramsen. Nisserne rejser til Sverige og Pyrus får en flyvetur på en gås.
Pyrus og Kandis leger flyvetur, men de kommer for tæt på hinanden. Birger leger med tinsoldater, selvom han prøver at bilde Uffe ind, det er til optællingen. Nisserne besøger Regensen og Nøddebo Præstegård. Uffe kender også historien fra sin skoletid, og et skuespil opføres i kontoret.
Det er Josefines sidste dag, så både hun selv og Bertramsen har pyntet op. Uffe kommer med en buket blomster og der kommer et brev til Josefine fra ministeriet. Pyrus og Kandis er forelskede og har ikke øje for andet, mens Josefine og Uffe også ser langt efter hinanden.
Josefine og Uffe er også forelskede, så hun inviterer ham på middag. Han misforstår så hun inviterer Bertramsen istedet. Pyrus og Kandis besøger nissen hos spækhøkeren, og opdager det er Gyldengrød i ung udgave. Det giver dog Pyrus lejlighed til at lære Gyldengrød nogle trylleremser. Uffe modtager invitationen så Bertramsen er jaloux.
Birger er jaloux fra i går, så han bilder Uffe ind, at Josefine kun lavede mad til ham for at redde arkivet. Uffe bliver såret og taler ikke til nogen. Pyrus tager en løbetur med Kandis, men de kan stadig ikke finde ud af hvad den anden mener. Josefine opdager sagens rette sammenhæng og bliver gode venner med Uffe. De går i biografen og nisserne ser dukketeater.
Birger er forvirret over dukketeatrets medvirkende. Uffe finder en billede af et loft i Tyskland på sin computer, men bliver sur da han opdager hvad det skal bruges til. Og så i arbejdstiden. Gyldengrød hjælper nissemor med at rydde op og tætne taget, så hun bliver glad igen.
Kandis og Pyrus får talt ud med hinanden. Josefine har indrykket en annonce for Bertramsen og en dame ankommer. Bertramsen tror det er rengøringsdamen, indtil hun bliver meget nærgående. Pyrus tryller damen lille og sender hende ind til Gyldengrød, så han ikke skal være alene. Gyldengrød slipper dog af med hende. Imens hjælper Josefine damen hjem. Efter arbejdstid kommer en ny dame, og jagter Bertramsen.
Bertramsen har forskanset sig i arkivet og kommer kun frem da Josefine og Uffe er mødt. Josefine og Bertramsen taler med en jernnisse, og Uffe kan ikke lade være med at drille dem. Nisserne tryller sig tilbage til anden verdenskrig. Uffe ender med at tale med statuen, men det er Pyrus som svarer.
Uffe inviterer Josefine til julebal, men hun hører ikke rigtigt efter. Hun vil have de alle skal se "Far til fire i byen", og den er nisserne med på. Pyrus og Kandis bliver tryllet ind i filmen, og sådan er der ingen der husker handlingen. Uffe gentager sin invitation, men henter ikke Josefine. Det er dog bare hende som ikke har hørt ordentligt efter.
Uffe og Josefine møder på arbejde direkte fra juleballet. Uffe anbefaler ministeriet at nedlægge arkivet lige efter jul, og den gode stemning er væk. Kandis og Pyrus havner i en tegneserie og må reddes af Gyldengrød. Bertramsen og Josefine læser den samme tegneserie, og Uffe får det samme på sin computer som et spil.
Bertramsen mener nissespillet i Uffes computer var en virus, så Uffe bliver dårlig. Bertramsen læser korrektur på Uffes rapport, men der er ikke andet end stavefejl. For Pyrus' far er kommet forbi og han er sætternisse. Det giver også stavefejl i Kandis' og Pyrus opgave. Pyrus tryller for øjnene af Uffe, men han tror bare han ser syner.
Nisserne driller kun Uffe, men han bliver kun mere og mere forvirret. Han tror det er Josefine og Bertramsen som driller. De tror han er blevet tosset og vil have ham til læge. Alligevel lægger de falske nissespor ud, men nisserne er også i gang, så de to ting modvirker hinanden.
Uffe overvåger Bertramsen og Josefine så de ikke kan arbejde. Ved en fejl rammer Josefine ham i hovedet med en kasse. Han bliver som et barn. Nisserne rammer ham også med en kasse, og tryller ham lille. Han inviteres ind i Nissebo, men tror ikke på det han ser. Josefine finder ham og han bliver igen slået i hovedet. Han er igen et barn. Idet Bertramsen skal til at slå igen, opdager de han er normal. Nisserne vil hjælpe, men det er Bertramsen der bliver ramt af en kasse og må lægges i seng.
Gyldengrød er begyndt at pakke. Uffe kommer med et juletræ, men det mangler toppen. Kandis forklæder sig som en alf, men bliver pakket væk i et skab sammen med Uffes julemandskostume. Pyrus prøver at redde hende, men må give op. Gyldengrød og Pyrus beslutter at trodse den ældgamle nisselov, om ikke at vise sig for mennesker.
Uffe frier og alle tre er inviteret til juleaften i Nissebo. Uffe har mailet sin rapport til ministeriet, hvor han anbefaler at nedlægge arkivet. Alle bryder op og Uffe bliver sat til at hacke sig ind i ministeriets computer. Nisserne ser ind i fremtiden og den er ikke rar. De bremser derfor Bertramsens rapport til Videnskabernes Hus. Julehyggen genoprettes, så Bertramsen og Gyldengrød kan diskuterer historiske facts.