Comienza un nuevo curso académico en el Hospital Universitario. Los nuevos aspirantes a médico son distribuidos según la especialidad. El equipo médico da la bienvenida a Mateo, en primer curso de residente de Pediatría.
Edu observa cómo se le acumulan los problemas ante la proximidad del juicio por la agresión al buzonero. Su abogado le indica que desea sacar a relucir en la vista el aniversario de la muerte de su novia, iniciativa a la que se opone el joven.
Nuria sufre un gran revés en su carrera de médico tras su paso por el 'Comité de la Muerte', en el que no sólo ha perdido la confianza y el respeto de su adjunta Cristina, sino que ha tenido que soportar la traición de su propio hermano.
Mateo se encuentra con un paciente peculiar, un adolescente salido que quiere acostarse con su novia antes de que ella se vaya de viaje a la India. No dudará en utilizar a Mateo para que le ayude en su propósito.
Mateo se dejará llevar por su instinto en el caso de Marta, una niña de diez años que acude sola a consulta. Su diagnóstico resultará acertado pero el residente aprenderá que en Pediatría se viven situaciones muy amargas.
Nuria se sincerará con Carmen y le confesará que está embarazada. También lo hará con el padre del bebé con consecuencias imprevistas.
Edu se muestra feliz por su relación con Paz. Los encuentros amorosos entre ellos serán cada vez más frecuentes y en lugares insospechados.
Carmen no está en su mejor momento, su relación con Nuria parece que no tiene solución. En el hospital lleva el caso de Lara, una adolescente en silla de ruedas desde la infancia que ve con temor su próxima intervención.
Mateo sufre el síndrome del R1, algo por lo que sus compañeros ya pasaron en su primer año de residencia. El residente hará un pacto con Carmen para que deje su adicción por las anfetaminas y tendrá que hacer frente a un complicado caso.
Edu seguirá sufriendo el acoso de Paz a través de amenazas que recibirá en su teléfono móvil. El MIR querrá avanzar en su relación sentimental con Gloria con la que sellará su amor con su primer beso, pero no sabrá cómo evitar la incómoda presencia de Paz.
Carmen llegará al límite en su adicción a las anfetaminas. En pleno ataque de ansiedad, la MIR intentará coger un frasco de pastillas de la farmacia, pero no lo conseguirá. Se dará cuenta de que, si quiere su dosis, deberá traspasar una frontera muy peligrosa.
La operación a vida o muerte de Edu tras sufrir un grave accidente, la boda de Gloria con su ex-novio y el cierre del Hospital Universitario por cuarentena tras el ingreso de un paciente en contacto con sustancias radioactivas, son las tramas principales del último capítulo de 'MIR'.
La vuelta de Edu al trabajo, el debut de Lea, la agresión a Carmen del hijo de un paciente, y la noche de pasión entre Mateo y Pilar componen el capítulo con el que arrancó la segunda temporada.
La angustia de Lapartida ante la enfermedad de difícil diagnóstico de su hijo, las consecuencias del encuentro amoroso de Mateo y Pilar y las secuelas de la agresión sufrida por Carmen componen las principales tramas del capítulo de 'MIR'
Gloria es contratada en el hospital como adjunta. Además, la operación del hijo de un testigo de Jehová y las trabas que encuentra Cristina para adoptar componen las principales tramas.
El poco afortunado debut de la madre de Gloria como enfermera en el Hospital y el acercamiento entre Mateo y Lea centran este capítulo.
La llegada del nuevo cirujano Alberto Sales despertará gran curiosidad entre Carmen y Nuria. Además, Mateo y Lapartida viven algunos de sus peores momentos en el plano profesional.
Un hombre se presenta en el hospital para reclamar a Alba, la niña adoptada por Cristina. Por otro lado Mateo peca de ingenuo y se lleva la reprimenda de Dávila.
Cristina tiene que devolver a la niña a su legítimo padre, pero éste sufre un infarto repentinamente. Además, Nuria se cuestionará sus sentimientos tras besar a Edu.
Elvira piensa que Rosa, la madre de Pablo, está intentando envenenarle. Además, Cristina se despide de su hija adpotiva de forma definitva.
Según Mateo, la tristeza tiene tres grados... y ha ido pasando por todos y cada uno de ellos. Además, Gloria se la juega diagnosticando a Martos una grave enfermedad.
Mateo tira la toalla, los métodos de Edu para saltarse los trámites y la angustia de Carmen ante la bancarrota de su padre completan las tramas de este cápítulo.
Se abre una comisión sobre el presunto acoso de Pilar a Mateo. Por otro lado, Carmen y Cristina atraviesan baches en el plano sentimental.
Dávila oculta que haya practicado la eutanasia a su amigo con ELA. Mateo evita a Lea, Edu a Nuria y Alberto a Carmen.
Lapartida se atribuye el mérito de un diagnóstico de Edu. Pilar se derrumba, mientras Mateo saborea su venganza.
Tras intentar suicidarse, Pilar se debate entre la vida y la muerte.Todo concluye en el último capítulo de MIR.
