連邦軍とジオン軍の戦争が終盤にさしかかる頃、中立のスペースコロニー・サイド6で開発が進められていた新型ガンダムの情報をジオン軍がキャッチし、特殊部隊を送り込む。その一員であるバーニィは成り行きで民間人の少年・アルと情報を探ることになる。
連邦軍のシロー少尉は、サイド２から地球へと向かう途中、傷ついた友軍のＧＭを助けるためボールに乗り込み出撃する。 シローの乗ったボールは、ジオン軍の試作型ジムと戦闘になり両機は大破。宇宙を漂流するハメとなったシローと、ザクのパイロット・アイナは、生き延びるために敵味方の関係を越えて協力する。やがて救出された２人はふたたび敵と味方に分かれ、地球に降り立ったシローは仲間を得ようと奮闘しながら第０８ＭＳ小隊を率るが、やがて彼らの前にアイナの乗るジオン軍の新型器アプサラスが立ちはだかるのだった。
宇宙世紀００７９。後に“１年戦争”と呼ばれた時代。 地球連邦への独立戦争を挑んだ“ジオン公国”は、新兵器・新型機を矢継ぎ早に戦場へと投入する。一見、華々しくはあるが、過酷な現実がその背景には存在した。 本作品は、新兵器等を実用試験するジオン軍「第６０３技術試験隊」に参加した人間たちとジオン軍の試作兵器の活劇を描く「群像劇」である。
ジオン再興を目指すアナベル・ガトー少佐は、連邦軍のトリトン基地に潜り込んで試作ガンダム2号機を奪取する。連邦軍のテストパイロット、コウ・ウラキ少尉はガトーを倒し、デラーズ・フリートが目論む「コロニー落とし」を阻止できるのか？
U.C.0096、地球連邦軍情報部は、「ラプラスボックス」事件の後、「サイコフレーム」への脅威を感じています。 謎を解き明かすため、「サイコフレーム」の影響で地球への急降下を防いだ小惑星アクシスに調査チームを派遣。 調査チームのメンバーの中には、ArletteAlmageとDantonHylegがいます。どちらも、それぞれエンジニアとテストパイロットとしてZeon公国とNeoZeonに仕えました。 アクシスに潜入すると、捜査チームは誰もいないはずの基地で新しいスタイルのガンダムに襲われる。 ArletteとDantonは、想像もしなかった何かに遭遇します…