ギレルとレオはそれぞれスナイプテラに乗り、真帝国の人質となった皇帝フィオナの救出を試みる。だが二人の行く手には真帝国軍の新型ゾイド、キルサイスの部隊が待ち受けていた。帝国軍の皇帝救出作戦が進行する中、フィオナは自身が抱える素直な想いを、異母姉であるメルビルへと語り始めるが……。
