Yuma wird vor die Entscheidung gestellt weitere Nummern-Karten zu sammeln, Astral's Erinnerungen wiederherzustellen, den Aufenthaltsort seines Vaters Kazuma zu bestimmen oder mitzuhelfen Hart's Krankheit zu heilen. Yuma entschließt sich dazu, seinen Vater zu suchen und das Duellieren an den Nagel zu hängen.
Faced with tough decisions, Yuma decides to run away from his problems and search for his father until Master Roku confronts him and forces him to face a few hard truths!
Ayant vaincu Trey et Quattro, Kaito et Astral tentent de prendre les Numéros de leurs adversaires, mais sans succès puisque leur talisman les protège. Quinton apparaît alors pour rendre Haruto qui est encore dans le coma et annonce à Yuma que son père est toujours en vie dans Astralworld, puis la famille de Tron s'enfuit, et tout le monde rentre chez soi.
Yuma est en proie à un dilemme depuis qu'il connaît les raisons de la chasse aux Numéros de Kaito : il ne sait plus s'il doit continuer à collecter les Numéros pour restaurer les souvenirs d'Astral et connaître où se trouve Kazuma ou s'il doit aider à soigner la maladie d'Haruto. Il finit par s'enfuir de chez lui pour partir à la recherche de son père. Il est intercepté par sa famille et son maître Rokou qui défie Yuma en duel afin de lui rappeler son amour pour le duel. Il explique à Yuma qu'il ne se sert de son père que comme d'une excuse pour fuir.
