A month has passed since the Yubel incident. Life at the Academy has started anew, but Jaden has stayed secluded in the Red dorms, not taking a step out. In the midst of things, something suddenly goes wrong with the Duel System. Cards that don't respond to Solid Vision start popping up. Chazz, Alexis and Fujiwara have examined the computer rooms in order to get to the bottom of all this. Meanwhile, Jaden has received a cell phone from an unknown sender and is told about some enigmatic information.
十代がデュエルアカデミアに戻って1カ月。ヨハン、オブライエン、アモン、ジムはそれぞれの学校に戻り、翔と万丈目とレイはブルー寮に移動し、新たな学園生活を始めたが、十代はレッド寮に引きこもったままだった。
Jaden había vuelto finalmente a la Academia de Duelos. En una carta a su difunto hermano, Syrus narra los sucesos más recientes. Las cosas han vuelto a la normalidad: Jesse, Jim y Axel han vuelto en barco a sus respectivas Academias. El vicecanciller Bonaparte y Marcel abandonan la Academia para pasar más tiempo juntos. Syrus revela que él, Chazz y Blair fueron promovidos a Obelisco Azul, pero Hassleberry rechazó su promoción de ascenso.
