ある日、寝ていたケータの腕から光を放ち突然妖怪ウォッチが消えてしまった。さくらニュータウンに現れた超巨大猫妖怪デカニャンに友達を助けて欲しいと頼まれ、手がかりを探しに祖母の家のあるケマモト村に向かう。そこで、妖怪ウォッチが消えた謎の鍵を握る妖怪フユニャンと出会う。妖怪ウォッチを取り戻すため、ケータはウィスパー、ジバニャン、フユニャンと共に、60年前の世界にタイムスリップする。しかしそこには、強大な敵が待ち受けていた。
