静かなる侵略・銀河よ武器をとれ！

それは2年前にヤマトが遭遇した敵・デザリアムによる地球侵攻だった。彼らに内通する一派により、地球防衛軍司令部は無力化されてゆく。無数の降下兵により戦渦に包まれる新首都で、からくも再会を果たした古代と雪。しかし愛するふたりには悲劇が待ち構えていた……。