海上都市「フォート・ダイバ・シティ」を無人兵器から守る「アルコン・グローバル・セキュリティ」。 その日のオペレーションは、都市外殻の廃墟に出現したバグメック（無人兵器）の掃討。 「ユニット・ヴァイパー」のブレードマンたちは、それぞれの腕前を披露するが、今回のバグメックは強力で掃討に手こずる。 新人オペレーターのサクラコは独眼のブレードマン・サイキとの初コンビで緊張しつつも、 的確な指示を出すがサイキは耳を貸そうとしない。 サイキの活躍で一度は動きを止めたバグメックだが、他のヴァイパー達が帰還したところで再び動き始める。 一人残ったサイキが取った行動とは――！
ユニット・ヴァイパーに新兵ハルキが配属された。 彼はアルコンの支社長の御曹司であり、その事実は噂として社内を駆け巡った。 なぜヴァイパーに配属されたのか？ ある日、ヴァイパーはパイプラインにバグメック（無人破壊兵器）の発見、掃討に向かうが、 発見できずにヴァイパーに帰還命令が下る。 しかし、疑念が消えないハルキは一人パイプラインの最下層へと向かおうとする。 だが、向かったのはハルキ一人ではなかった。 サイキもまたハルキの後に続いて――！
ハイウェイ建設予定地で行われている市民の反対運動を襲撃したバグメック・ゲリスの掃討に向かったユニット・ヴァイパー。 無事ゲリスを掃討したヴァイパーだったが、一発の銃声が響いた･･･。 銃弾は逸れたものの、銃口を向けられたのはサイキ。 先のバグメック襲撃の際、友人を亡くしたイクシマという男が、ヴァイパーを逆恨みし、抗議の声を上げたのだった。 その場は収まるが、ある日銃声と共に立ち尽くすサイキの姿とイクシマの倒れた姿が発見される。 サイキは殺人の嫌疑をかけられ追われる身に――！
ユニット・ヴァイパーが熾烈極まるバグメック掃討作戦を繰り広げていたある日。 フォート・ダイバ・シティに社会見学に来ていた少女マリーが何者かによって誘拐された。 マリーはある事情により生き別れたノーマの娘であった。身代金を用意し引渡し場所に向かうノーマ。 時を同じくしてティカーボムと呼ばれる時限式爆弾機能を備えたホバーマイン（自走地雷）が フォート・ダイバ・シティに流入していることが判明。爆破までの猶予は12時間。 2つの事件が交錯し、ノーマは窮地に立たされるのだった･･･。
企業の要人を遠距離から狙撃する殺人事件が多発する中、 アルコンのオグマ支社長が次のターゲットとして狙われることに！ 射程距離の長さから、射撃の達人ルドラに疑惑の目が向けられる。 治安警察に自白を強要されるルドラだが、彼の脳裏に一人の容疑者が浮かぶ。 かつて戦場でコンビを組んでいた女兵士マヤ。彼女とは戦場で生き別れたきり会っていない。 マヤが犯人なのか？複雑な感情に苛まれながら支社長警護に就くルドラは、 その視線の先に、横流しされた一台のマニューバ・ロイドの試作品を捕らえて...！
ガリブたちが、あるレストランで食事をしていると、その店の債権者ギレスが取立てにやってきた。 ギレスはガリブの元部下で、演習中の地雷除去の失敗により両腕を失くしていた。 彼は腕を失くしたのはガリブのせいと考えており、強い恨みを抱いていた...。 一方、レストランを切り盛りしている娘メグムも、 父親がPMCのバグメック掃討作戦の巻き添えをくらい入院しており、PMCを恨んでいた。 メグムはガリブがPMCのユニット・ヴァイパーのブレードマンとは知らず料理を習うことに...。
ある日の夕方、ショッピングモールで爆発テロが発生。 その数時間後、「ハウンド」という武装市民グループが犯行声明を発表した。 ハルキはある男に会いに出かけた――その男とはハウンドの若きリーダー・ウラ。 彼は「ハウンドの名を騙り、偽の声明文を出した奴らがいる」とハルキに告げた。 ユニット･ヴァイパーにハウンド急襲の指令が下された。 ハウンドのアジトへ向かう途中、中型バグメック・リゾビウスが立ちはだかるが、何とか掃討に成功。 アジトに辿り着いたユニット･ヴァイパーがドアを開けると――!?
再びハウンドによる爆破テロが発生。 そして、今回のテロは報復であり、責任はすべてアルコン及びブレードマンにあるとの声明を発表したのだ。 アルコン内では先日のハウンド急襲が失敗に終わった原因に、内部からの情報漏洩の疑いがあることが判明。 その容疑者としてハルキの名前が挙がる。 アルコンの支社長の息子であり、ユニット･ヴァイパーのメンバーであるハルキの立場は窮地に立たされる。 一方、ハルキは何者かに追いかけ続けられていた。 ハルキは再びウラに会いにいくと、そこに――！
ハルキが何者かに狙撃された！ そのニュースとともに「ハルキがハウンドの一員であった」という疑惑がアルコン社内を駆け巡った。 アルコンは狙撃犯をハウンドと断定、ユニット･ヴァイパーにハウンド再急襲の命令を下す。 ハウンドのアジトに突入したユニット･ヴァイパーは、遂にハウンドのリーダー・ウラと対峙する。 すると、軍が突然介入してきた。ユニット･ヴァイパーは現場を軍に引き継ぎ撤収するよう命じられる。 サイキは今回の任務を不審に思い、何かが起きていると感じて――！
ウラによるヴァイパー糾弾演説が始まった。 ウラはユニット･ヴァイパーによってハウンドのメンバーが虐殺されたと宣言。 ハウンド虐殺の容疑者として指名手配されるユニット･ヴァイパーの面々。 逃走を図る彼らは追い詰められるが、天才ハッカー・アゲハの助けにより、難を逃れ廃工場に集結した。 そして、アゲハが差し出したディスクに収められた映像を見て衝撃の事実を知る。 すべての陰謀を潰すことを決意したサイキが重い口を開いた･･･ 「マニューバ・ブレード」を奪う――ユニット･ヴァイパーの反撃が始まった！
フォート・ダイバ・シティ治安維持の指揮権がアルコンから軍に移譲された。 そんな時、中型バグメックがシティに突如出現、掃討に乗り出した軍の攻撃で市民が犠牲になってしまう。 テレビでヴァイパー殲滅を訴えるテレジア指揮官。 一方、反撃の糸口を見出せず逃走を続けるヴァイパーたちの前にガリブの元部下・ギレスが現れる。 裏社会に生きるギレスの支援を受けヴァイパーたちは動き出す。 ヴァイパーたちと軍、バグメックとの戦いの火蓋は切って落とされた！
謎のカスタム・マニューバ･ロイドが現れた！ その圧倒的な攻撃力の前にサイキ機は破壊されてしまう。 さらにこの戦いでサイキは視力をも失ってしまう。 ドクの元を訪れたサイキは昔から預けていた深紅のマニューバ･ブレードで、 陰謀を暴くための証拠となるビデオチップをテレビ局へ届けることを決意する。 サクラコの声を頼りに深紅のマニューバ･ブレードへ乗り込むサイキ。 立ちはだかる軍、無数のバグメック、そして謎のカスタム･マニューバ･ブレード･･･ 最後の戦いの末に待つ結末とは――!?
