Die Crew ist traurig, weil Gascogne seit dem Angriff des feindlichen Mutterschiffs tot zu sein scheint. Um dem übermächtigen Feind Herr zu werden, versucht ein Infiltrationsteam von der Nirvana einen Virus ins Mutterschiffes einzuschleusen.
The second attack on the Harvest mother ship has failed, although now Hibiki and the others have a ray of hope in the form of a way to penetrate the mother ship's defenses. Forming a plan around Parfait's limited ability to stop the machine-controlled Harvest fleet, Hibiki and the others launch one last, desperate attack on the mother ship, using Pyoro to upload a virus directly from the mother ship's core. Now the Vandreads must defend the little NAVI robot as he struggles to do his job - but the new enemy form is not far behind...
Après le nouvel échec subi par le Nirvana et la disparition d'un de leurs camarades, le moral de l'équipage est au plus bas. Mais Hibiki parvient une nouvelle fois à élaborer un nouveau plan afin de mettre hors d'état les vaisseaux ennemis avec l'aide d'une nouvelle invention de Parfet destinée à les paralyser momentanément, et surtout l'emploi d'un virus qui va affecter le fonctionnement du Paksis ennemi. Pour réussir l'opération, ils doivent pénétrer à l'intérieur du vaisseau-mère...
La tripulación se lamenta por Gascuña, que se perdió agredir a la nave nodriza Harvester. La nave nodriza está infiltrada con el fin de utilizar Pyoro y el virus mensaje de la Tierra. Una nueva combinación de los tres temores emerge.
デリ機消失を目にして呆然とするクルー達。敵の激しい追撃を逃れ、ガス星雲の中に避難するニル・ヴァーナ。ヒビキ達は冥王星からのカプセルに搭載されていたウィルスを敵機に打ち込むため、再度出撃、敵機内部に突入するが、ピンチに陥る。
