平穏で退屈な田舎に暮らす近衛刀太(Cv:高倉有加)の夢は都に行って一旗揚げること。 「私を倒せば、都へ行く許可を与える……」 育ての親であり、中学校の担任の教師でもある雪姫(Cv:松岡由貴)からそう告げられた刀太は、友人たちとともに、今日も雪姫に挑む！ そんな彼らにある日、同じ中学校の教師である橘が、「魔法を覚えてみる気はありませんか？」と持ちかけてきて…！？
雪姫の血を舐め不死人となった刀太は、雪姫と共に村を出て都を目指す旅に出ることに！ 憧れの都に胸をときめかせる刀太。 一方、雪姫は呆れつつも刀太に言いたいことがあるようで…？ そんな中、刀太は立ち寄った川で水浴び中に、九郎丸と名乗る剣士に出会う！
不死人の剣士・九郎丸と強引に親友になった刀太は、雪姫に連れられて不死人互助組織であるUQホルダーのアジト・仙境館へ行くことになった。 UQホルダーの仲間に入るには、あるテストに合格しないといけないと言われ…！？
テストに合格し、無事UQホルダーの一員になった刀太と九郎丸。 早速2人はUQホルダーの先輩である夏凜とともに、とある任務のためスラムに滞在することに。 腕相撲に勝つため一人で修行に励む刀太は、瞬動術の使い手・灰斗に出会うが…！？
刀太と九郎丸に不死狩りの一団が襲いかかる！ 刀太は封印され、九郎丸は行動不能に…。 夏凜も拘束されてしまい、あわや全滅かと思われたそのとき、刀太の両腕が変貌し……！？
不死狩りの一団を退け、仙境館へと戻った刀太たち。 夏凜に”秘密”を知られた九郎丸は、刀太のことをどう思っているか問い詰められ、女装して刀太とデートすることになるが…！？
刀太と九郎丸は塔のふもとで、大人しそうな少女・桜雨キリヱを紹介される。 キリヱの希望で二人きりで話すことになった刀太は、突然キリヱに「むのー」呼ばわりされ、さらに刺客の攻撃を受け意識を失ってしまう…。 目覚めると何故か仙境館に戻っていて…！？
刀太はキリヱたちとともにアマノミハシラで、刀太を狙うネギのかつての盟友・フェイトを迎え撃つ！ しかしフェイトの圧倒的な攻撃を前にUQホルダーは窮地に陥る。 果たして刀太たちはフェイトを捕獲できるのか…！？
フェイトから祖父の秘密を聞き苛立つ刀太。 そんな中、かつて3-Aのクラスメイトだった雪広あやかと曾孫・みぞれが仙境館にやってくる！ みぞれも交えて刀太の背中をめぐるデッドヒートが繰り広げられ…！？
雪姫から明かされた出生の秘密にショックを受け落ち込む刀太を、みぞれが『まほら武道会』へと誘う。 運良く欠場者の代わりに出場できることになった刀太はカトラスという少女と戦うことになるが…！？
まほら武道会にネギ・スプリングフィールドと伝説クラスの英雄たちが現れた！ UQホルダーの仲間たちと共に立ち向かう刀太だったが、クウネルの魔法によってエヴァンジェリンの過去を辿ることになる。 そこで刀太が見たものとは…！？
明日菜と約束した”37秒“の時間を稼ぐため、刀太と仲間たちはヨルダに憑依されたネギに再び立ち向かう！ 伝説の英雄相手の戦いに徐々に押され始める刀太たちだったが、そのとき現れたのは…！？
