10年前の「消された潜航」とは、墜落した米軍の軍用機の調査潜航だった。すべてを知った深雪は石堂に公表を迫るが、石堂はかたくなに拒否し、6Kの廃船を決定する。JAMSTECを資源に特化した団体とし、潜水船を全て資源掘削機に変えようと言うのだ。このままでは父が愛した6Kも守れず、「深海の宇宙」にもたどり着けない。深雪、高峰そして広報の正田（板谷由夏）は、石堂の決定にあらがうべくあらゆる行動に出るが…。
