記憶を失った男ジン（与座重理久）は、謎の女エレア（加賀美早紀）から赤い眼鏡型のアイテムを手渡され、この世界を救うよう懇願される。自分が何者なのかとまどいを感じながらも、ＤＥＵＳのエージェントであることを知った彼は、ケイ（脇智史）とともに、侵略を企むエイリアンを追い詰める。だが、そこに現れたのは巨大エイリアン・ガルキメスだった。そして赤い眼鏡型のアイテムを手に彼の命がけの戦いがはじまった。
その夜、エリコ（宮下ともみ）は急いでいた。タクシー運転手に「船が出る！」という言葉を残して・・・。 そして事件は起きた。未確認飛行物体により人々がアブダクション（誘拐）されたというのだ。DEUSの指令を受け早速調査を開始するジン（与座重理久）とケイ（脇智史）。ジンは、三日前の夜バーで会った謎の男（渡来敏之）の言葉が気になり、彼を追い始める。彼は何者なのか、船とは何なのか、この世界と何か関係が・・・！
脳が異常収縮した死体が発見された。発見されたのはホープレスと呼ばれる男。ＤＥＵＳより指令を受け、ケイ（脇﨑 智史）と共にミッションにあたるジン（与座重理久）。だが調査に向かった場所は、昨日ジンがタマル（小宮孝泰）という男と会った公園だった。「いい仕事あるよ」と声をかけてきたタマルを不信に思ったジン達は、その男を訪ね潜入捜査を開始する。そこには、見たこともない巨大な機械があり・・・！？
街では、人が突如、ミイラ化して変死するという事件が相次いでいた。ジン（与座重理久）とケイ（脇﨑 智史）は、潜入捜査を専門とするアンダーカバーのエージェント・エス（伴杏里）と合流し、早速調査を開始する。変死した被害者達は、最近ちまたで評判のシャイナー０５というケミメディック（機能性化学薬品）を購入していた。この商品を開発した会社の社長・田崎（エド山口）が隠している黒い箱の正体は・・・！？
未確認飛行物体の落下が確認された。墜落現場に残っていた血液を採取した結果、侵入したエイリアン（やべけんじ）は、同星系の別のエイリアンの侵略を受け、星を負われ地球に非難してきているエイリアンの仲間であることがわかった。亡命が認められた彼らはすでに地球人の生活にとけこみ、酒屋や中華料理店でバイトをしていて危険性はないという。しかし新たに野獣のようなエイリアンの飛来が確認され、事態は思わぬ方向に…！
ＩＴ企業で働くタカオ（唐橋充）は、日々の仕事に追われ疲れきっていた。会社帰りに立ち寄るアリサ（及川奈央）のバーで、宇宙への妄想を抱く毎日。ある夜、未確認飛行物体の光の魂が確認され、人々を襲う事件が相次ぐ。行方を追っていたジン（与座重理久）は記憶をなくす前の自分に会ったことがあるというタカオと出会い再会を偲ぶ。だが、とうとう会社に嫌気がさし、部屋に戻ったタカオの前に現れたのは、その光の魂だった！
飛行物体の侵入調査に向かったケイ（脇﨑 智史）は、侵入者であるヴァイロ星人を追っている最中、不信な男と出会う。彼は、昔エス（伴杏里）と組んだミッションで殉職したはずの元エージェント・ディー（小田井涼平）だった。彼の過去にいったい何が？一方、ジン（与座重理久）は、公園でアコースティックギターを弾く女性・ナタル（石川紗彩）がヴァイロ星人に襲われている現場に遭遇！彼女の本当の正体を知り・・・！？
ドラッグシンジケートの売人ばかりが襲われる連続殺人が起きる。犯行はいずれも雷雨の夜に行われ、目撃証言から犯人は赤いコートの殺人鬼と呼ばれていた。現場に残された不可解な血文字が事件の鍵を握るのか。ある晩、売人たちを襲う赤いコートの殺人鬼はヒュプナスの姿となり・・・！一方、アガタ･キョウスケ（黒田勇樹）とアサミ（川村ゆきえ）夫婦は幸せな生活を送っていた。だが、玄関に掛けられていたのはあの赤いコートだった。
百年ぶりとなる最大級の皆既月食を明日に控え、白いドレスの女が獣人に襲われるという事件が相次いでいた。民俗学研究室の尾形（高野八誠）は、百年前の皆既月食の年、やはり同じ獣人事件が起きていたことを伝える。鷺ノ宮家令嬢のまひる（中村果生莉）が襲われた夜、同家に滞在していた異邦人・望（小笠原宙）が失踪したことに関係があるのか！？百年前に消えたはずの双眼鏡に映ったのは赤い月と・・・！そしてついに皆既月食が始まる！
石落下の影響で能朱湖が封鎖された。その報道に失った記憶の断片を感じ能朱湖へ向かったジン（与座重理久）は、逃走中のハイバラ（北岡龍貴）に遭遇しメモリーチップを手渡される。だがその直後ハイバラは政府によって射殺されてしまう。政府の行動を不信に思ったジンは、ハイバラの仲間のサキ（中丸シオン）と共にモニターを管理している政府の機関・情報局の秘密を探り始める。メモリーチップの中身とは？ジンの記憶と何か関係が？！
ジン（与座重理久）たちの捜査で、極秘裏に進められていた「AQUA PROJECT」の全貌が判明した。しかしこのプロジェクトは実現しないまま、３ヶ月前に凍結されたという。不可解なことに、この数日間でプロジェクト関係者は、次々と失踪している。すべては３ヶ月前に端を発しているようだ。真相に迫りつつあったその時、エレア（加賀美早紀）がジンたち３人を巻き添えに自爆を遂げる！？
「AQUA PROJECT」を利用して邪悪な計画を企む者がいる。エレア（加賀美早紀）が告げたその真相を信じ、世界を救う使命を果たすべく、行動を開始するジンたち。立ち塞がる敵・グラキエスの群れを前に、苦闘するULTRASEVEN X！果たして勝利の時は訪れるのか？ そして、この世界を包む謎の闇は晴れるのか？ ジン（与座重理久）、エレア，ケイ（脇﨑 智史）やエス（伴杏里）が掴む明日とは一体…！？